Το αρχείο αποτελείται από έγγραφα της Ελληνικής Πολιτείας για θέματα διορισμών, οικονομικά ζητήματα και επιστολές τοποτηρητών (1830-1832). Κατά τα χρόνια του Όθωνα και Γεωργίου Α΄ (1833-1915) η Γραμματεία/Υπουργείο αλληλογραφεί με τον βασιλέα, τα Υπουργεία Οικονομικών, Στρατιωτικών και Εσωτερικών, τα λιμεναρχεία, τους κυβερνήτες πλοίων, τη Θωρηκτή Μοίρα καθώς και με το προσωπικό των πολεμικών πλοίων και ιδιώτες. Μεγάλο μέρος του αρχείου καλύπτουν οι υπηρεσιακές μεταβολές προσωπικού (άδειες, διορισμοί κ.λπ.), τα θέματα απονομής δικαιοσύνης, η ναυτική εκπαίδευση, οι κατασκευές και οι επισκευές πλοίων, οι υποθέσεις προσωπικού (παράπονα υπαλλήλων κατά υπαλλήλων και υποθέσεις μεταξύ Γραμματείας και ιδιωτών), τα λιμενικά ζητήματα (ενοίκια λιμενικών καταστημάτων, λιμενικά δικαιώματα). Σημαντικό αρχειακό υλικό αποτελούν τα διπλώματα της Κυβερνήσεως σε πλοία και παρατάσεις διπλωμάτων που δόθηκαν από διοικητικούς τοποτηρητές, νομάρχες και έπαρχους (1832-1834). Για τα έτη 1837-1866 συμπεριλαμβάνεται υλικό το οποίο αποτελείται από επιστολές-αιτήσεις για έκδοση διπλωμάτων πλοιαρχίας με τα συνημμένα πιστοποιητικά και την αλληλογραφία των αρμοδίων αρχών. Τέλος, το αρχείο περιλαμβάνει την αλληλογραφία του Υπουργείου προς την «εξεταστική επί των αριστείων επιτροπή» για θέματα απονομής αριστείων. Τα έγγραφα αυτά είναι αιτήσεις- επιστολές αγωνιστών όπως και συνοδευτικά σημειώματα ως πιστοποιητικά εκδουλεύσεων κατά τη διάρκεια του Αγώνα (1821-1841). Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (88 θυρίδες) ενώ στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως ευρετήρια και πρωτόκολλα).

Ατομικοί φάκελοι πλοιαρίων και πλοίων Α΄ κλάσης

Φάκελοι:
(α) Γραφείου Επιστασίας (διαγωνισμοί, εορτές, τελετές), Πλωτών και Χερσαίων μέσων (δελτία κινήσεως, διαταγές πορείας, επιθεωρήσεις, εφοδιασμός),
(β) Γραφείου Ναυτολογίας (συλλογικές συμβάσεις, άνεργοι-επιδοτούμενοι ναυτικοί, λιμενικά τέλη, προαναγγελίες βολών, καταστάσεις πληρωμάτων κ.λπ.),
(γ) Γραφείου Διαχείρισης (μισθοδοσία, οδοιπορικά, δαπάνες), Πλοηγικού σταθμού Βόλου (αναγγελίες κατάπλων, πλοηγικά δικαιώματα κ.λπ.), Λιμενικής Αστυνομίας (κλήσεις, επαγγελματικές-ερασιτεχνικές άδειες αλιείας, σήματα καταπλεόντων πλοίων), Νηολογίων (φύλλα μεταβολών), Ναυτολογίας (άνεργοι-επιδοτούμενοι ναυτικοί, ενιαύσια δρομολόγια, βεβαιώσεις ναυτικής υπηρεσίας κ.λπ.)

Φάκελοι με Φύλλα μεταβολών νηολογίων, Αιτήσεις ερασιτεχνικών αδειών αλιείας και Αλληλογραφία

Φάκελοι Γραφείου Νηολογίων (Αποφάσεις θαλάσσιας ρύπανσης από πλοία)

Αρχειακό υλικό του Κεντρικού Λιμεναρχείου Θεσσαλονίκης και των γραφείων που υπάγονται σε αυτό, του Π.Ο.Ν.Θ., των Λιμενικών Τμημάτων Ν. Μουδανιών και Κατερίνης: Βιβλία καυσίμων. Πρωτόκολλο παράδοσης-παραλαβής πλωτού σκάφους και περιπολικών, πιστοποιητικά επιθεώρησης πνευστής σωστικής σχεδίας, πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής τηλεπ/κού υλικού 1974-1982. Φάκελοι αλληλογραφίας και αποστολής Επιδοτηρίων Λιμενικών Αρχών 1990-1991. Φάκελοι άδειας Οστρακαλιείας. Μέτρα τάξης κατά την απο-επιβίβαση επιβατών και οχημάτων στα Ε/Γ-Ο/Γ πλοία 1990-1992. Φάκελος εσωτερικής αλληλογραφίας Τμήματος Γραμματείας με ΛΑ/Δικαστικό 1990-1995. Φάκελος ΛΑ/Δικαστικού: διαβιβαστικά αποφάσεων και κλήσεων σε λιμενικές και αστυνομικές Αρχές 1992-1993. Διοικητικά θέματα, 1986-1992, ρύπανση θάλασσας 1980-1996, φάκελος Νηολογίων 1996. Πίνακες διαφόρων δαπανών Υγειονομικής Περίθαλψης 1994. Από το Α΄ Λ/Τ Ν.Μηχανιώνας: 1 φάκελος Γαλάζιες σημαίες της Ευρώπης 1997. Από Β΄ Λ/Τ Ν.Μουδανιών: 1 φάκελος Παράνομη αλιεία-άδειες αμμοληψίας- αλληλογραφία με Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων 1995-1997. 3 φάκελοι αδειών πετρέλευσης πλοίων 1996-1997. 11 φάκελοι αδειών σκαφών, γρι-γρι, κ.λπ. Από το Γ΄ Λ/Τ Κατερίνης: 1 Βιβλίο καταγγελιών για παράνομη αλιεία 1992-94. 8 φάκελοι ποικίλων θεμάτων. Από το Δ΄ Λ/Τ Ν. Μαρμαρά: 1 φάκελος κίνησης Θ/Γ σκαφών 1991-1994. Ατυχήματα πλοίων 1986. Από το Λ/Σ Πλαταμώνα: 1 φάκελος ποικίλων θεμάτων 1986-1994. Από Οίκο Ναύτου 1 φάκελος Υγειονομικών. Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: α) Αιτήσεις-εγκρίσεις φορτοεκφόρτωσης επικίνδυνων φορτίων 1988. β) Βιβλίο καταγγελιών παράνομης αλιείας 1985-1989. γ) Άδειες ανέλκυσης-καθέλκυσης 1995-1999. δ) Άδειες πετρέλευσης 1996, 1999. Γραφείο Μικρών Σκαφών: Αιτήσεις έκδοσης-ανανέωσης ατομικών αδειών αλιείας (ερασιτεχνικές/επαγγελματικές) 2000. Τμήμα Ναυτολογίας: Ναυτικοί που έτυχαν προστασίας λόγω ασθενείας ή ατυχήματος. Σημειώματα ΓΕΝΕ των προς ναυτολόγηση ναυτικών έως και 1999. Τμήμα ΛΑ/ΓΓΑ: σχετικά με άδειες καταδυτικών εργασιών, εκδηλώσεις στους χώρους λιμανιού, λειτουργία πλωτών αναψυκτηρίων, άδειες ναυτικών πρακτόρων κ.λπ. Έγραφα του ΠΟΝ Θεσσαλονίκης. Εγκρίσεις φορτοεκφόρτωσης επικίνδυνων ειδών 2000-2001. Φάκελος φορτοεκφόρτωσης φορτίου χύμα πετρελαίου-αερίων σε δεξαμενόπλοια 2001. Φάκελοι του Γραφείου Ασφάλειας με Βεβαιώσεις Ναυτολόγησης-Απόλυσης αλλοδαπών ναυτικών 2001-2003. Φάκελος του Γραφείου Επιστασίας. Φάκελοι του Γρ. Ναυτολογίας (κύρωση συλλογικής σύμβασης εργασίας για πλόες στον Περσο-αραβικό Κόλπο, 1990. Φάκελος Υγειονομικού Ελέγχου αλιευμάτων 2001. Αγγελίες – Κ/Π – Α/Π πλοίων σημαίας εξωτερικού και εσωτερικού 2015. Βεβαιώσεις ναυτολόγησης και απόλυσης αλλοδαπών ναυτικών 2015. Αγγελίες – Κ/Π – Α/Π Κ/Ζ 2012. Καταχωρήσεις σημάτων SCHENGEN-SIRENE 2012. Έντυπα πληροφοριακών στοιχείων για είδος φορτοεκφορτωθέντων πετρελαιοειδών φορτίων έτους 2013.Υπηρεσιακά σημειώματα ελεγχθέντων πλοίων ετών 2013-2014. Φύλλα εκθέσεων επιθεωρήσεων MARPOL ετών 2013-2014. Έγγραφα του ΚΛΘ/Β’ Λ/Τ Ν. Μουδανιών και του Κ.Λ.Θ./Δ’ Λ/Τα Πλαταμώνα.

Νηολόγια, λεμβολόγια, διαβιβαστικά και έγγραφα λιμενικής αστυνομίας, αποφάσεις κεντρικού λιμεναρχείου Ρόδου

Κίνηση θαλαμηγών, δελτία θερμοκρασίας θαλάσσης, δελτία παλιρροιογράφου, άνεργοι ναυτικοί, φύλλο μεταβολών νηολογίων σηματολογημένων πλοίων.

Δελτία κίνησης θαλαμηγών, δελτία θερμοκρασίας θαλάσσης και παλιρροιογράφου, φύλλα μεταβολών νηολογίων.

Επιθεωρήσεις πλοίων, τριμηνιαίες δραστηριότητες, εκθέσεις επιθεώρησης νηολογίων και ναυτικών υποθηκολογίων.

Βιβλία: Γραφείο Προσωπικού (Ημερήσια αναφορά πληρώματος), Τετράδια: Γραφείο Προσωπικού (Άδειες προσωπικού), Φάκελοι: Γραφείο προσωπικού (Ατομικοί φάκελοι, Πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής καθηκόντων, Γενική Επιθεώρηση – Φάκελος Επιθεωρήσεων Λιμενικών Σταθμών, Φάκελος Μονίμων Διαταγών – Επιθεώρηση Λ/Σ – Υ/Λ [4580.5]), Γραφείο Νηολογίων (Τμήμα Ναυτιλιακής Πολιτικής, Επιθεώρηση Νηολογίου από Εισαγγελική Αρχή, Χορήγηση Διεθνών Διακρατικών Σημάτων, Μεταβολές – Υποθηκολόγια, Εποπτεία Ναυτικού Επιμελητηρίου), Γραφείο Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας – Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (ΒΝΓ κοινή αλληλογραφία ναυπηγικών θεμάτων πλοίων, Μηνιαία στατιστικά δελτία ναυτιλιακής κίνησης).

Πειθαρχικές-ποινικές υποθέσεις προσωπικού, μεταθέσεις, τοποθετήσεις, αποσπάσεις, θαλάσσιες έρευνες-υποβρύχια δραστηριότητα, έλεγχος αλιείας, αλιευτική εργασία-εκμετάλλευση αλιευτικών σκαφών, μέτρα προστασίας αιγιαλού, ευρετήρια πλοίων, πλοιαρίων και πλωτών ναυπηγημάτων που εγγράφονται στα ελληνικά νηολόγια, μελέτες και εισηγήσεις επί θεμάτων ναυλολογίου κ.λπ.

Το αρχειακό υλικό τεκμηριώνει τις αρμοδιότητες του Τμήματος Νηολογίων, Υποθηκών και Κωδικοποίησης της Διεύθυνσης Νομικών Υποθέσεων της ΥΠΑ : Τήρηση μητρώων και βιβλίων ελληνικών πολιτικών αεροσκαφών (Εθνικό Νηολόγιο, Βιβλίο Υποθηκών Αεροσκαφών κλπ) και χορήγησης στοιχείων ελληνικού νηολογίου σε πολιτικά αεροσκάφη. Περιλαμβάνει: συμφωνίες, πιστοποιητικά νηολογίων, αεροπορικά τέλη, εγγραφές και κυριότητα κινητήρων, ελληνικών αεροσκαφών, ιδιωτική αεροπορία και πινακίδες ταυτότητας αεροσκαφών σύμφωνα με τα προβλεπόμενα από τον ICAO.

Φάκελοι Τμημάτων: Λιμενικής Αστυνομίας- Ναυτολογίας, Γραφείου Νηολογίων και Γραφείου Γραμματείας.

Φάκελος με τίτλο "Ιδιοκτησίαι πλοίων", τμήμα των Ηγεμονικών Αρχείων Σάμου.