Το αρχείο διαρθρώνεται σε τρεις σειρές ως εξής: όπως: α) γνωματεύσεις της Επιτροπής του Εκκλησιαστικού Ταμείου για την εκκλησιαστική και μοναστηριακή περιουσία, β) πρακτικά συνεδριάσεων Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, γ) κτήριο και προσωπικό Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, δ) συντάξεις αμνηστευθέντων κληρικών (θυρίδα 100/3) καθώς επίσης και φάκελοι που αφορούν στην οικονομική λειτουργία του Ταμείου: μισθοί προσωπικού και Επιτρόπου, χρηματικά εντάλματα του Γενικού Ταμείου Εκκλησιαστικού, εγγυητές και χρέη προς το Ταμείο κά. (θυρίδα 100/4). Περιλαμβάνονται ακόμα φάκελοι "διοικητικών ταμείων" Μήλου, Σκιάθου, Σκοπέλου, και διάφορα ποικίλα του Υπουργείου Εκκλησιαστικών.
Στην Β΄ σειρά της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως περιλαμβάνονται έγγραφα που αφορούν: Δημοτικά σχολεία αρρένων, Δημοτικά σχολεία κορασίων, Νηπιακά σχολεία, Δημοδασκάλους και δημοτικά σχολεία του κράτους γενικά, το Προσωπικό δημοτικών σχολείων και τα βοηθήματά τους, το Αρχιτεκτονικό Σχολείο, τα Ιδιωτικά Σχολεία, των Καθολικών Σχολεία, τα Ναυτικά Σχολεία, την Μουσική Εκκλησιαστική Σχολή, το Πανεπιστήμιο, το Πολυτεχνικόν Σχολείον, το Σχολείον Πυροβολιστών, τη Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή, τη Σχολή κορασίων Ρόμπερτσον, τα Σχολεία της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας, το Χειρουργικόν Σχολείον, τη Σχολή Χίλλ, τη Μαιευτική Σχολή, την Αρχαιολογική Εταιρεία, τις Αρχαιότητες Αιγαίου, Πελοποννήσου και Στερεάς Ελλάδος, το Αστεροσκοπείο, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη: Γενικά-Πώληση και διανομή βιβλίων, τις Ειδικές Βιβλιοθήκες των Ελληνικών Σχολείων, το Βιβλιοπωλείο της Βασιλικής Τυπογραφίας και Βιβλία διδακτικά, Βιβλιοπώλες και απαγόρευση βιβλίων, Εφημερίδες, την Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, Κληροδοσίες, Προσφορές, τις Οικοδομές, τους Καθυστερούμενους μισθούς διδασκάλων του κράτους, τα Μουσεία, τη Νομισματική Συλλογή, τις Συνδρομές συγγραμμάτων, το Βασιλικόν Τυπογραφείον, τα Καταστήματα Κωφών, την Ιατρική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Σχολή, τη Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία, τη Φιλολογική Λέσχη, τη Φυσικοϊστορική Εταιρεία, την Εταιρεία Ωραίων Τεχνών και την Παιδεία γενικά. Η Γ΄ σειρά των Χρηματικών Ενταλμάτων δημιουργήθηκε για λόγους πρακτικούς και περιλαμβάνει στελέχη χρηματικών ενταλμάτων που σχετίζονται με τις δαπάνες της Γραμματείας/Υπουργείου Εκκλησιαστικών και Δημοσίου Εκπαιδεύσεως, επιμεριζόμενες σε δύο τμήματα που αντιστοιχούν στις σειρές Α΄ και Β΄.

Περιέχει υπηρεσιακή αλληλογραφία του Μινιστερίου/Υπουργείου/Γραμματείας της Θρησκείας και Παιδείας με διάφορες αρχές της κεντρικής επαναστατικής διοίκησης (Εκτελεστικό, Βουλευτικό, Αντικυβερνητική Επιτροπή, Υπουργεία κλπ.), με τοπικές αρχές (έπαρχοι, αντέπαρχοι, δημογεροντίες, εφορείες κλπ.) με αρχιερείς (Επίσκοπος Σκιάθου και Σκοπέλου Ευγένιος, Επίσκοπος Αιγίνης και Ύδρας Γεράσιμος, Επίσκοπος Καρύστου Νεόφυτος, Επίσκοπος Φαναρίου και Φαρσάλων Γεράσιμος, Επίσκοπος Ελαίας Παΐσιος, Επίσκοπος Κορίνθου Κύριλλος, Επίσκοπος Θηβών Παΐσιος, Επίσκοπος Καρπάθου και Κάσου, Επίσκοπος Μοσχονησίων Τοποτηρητής της Επαρχίας Σίφνου και λοιπών νήσων Βαρθολομαίος, Επίσκοπος Λέρου Ιερεμίας, Επίσκοπος Άρτης Πορφύριος, Έξαρχος του Αιγαίου Πελάγους Σωφρόνιος, Επίσκοπος Κερνίκης Προκόπιος, Επίσκοπος Παροναξίας Ιερόθεος, Επίσκοπος Αθηνών Διονύσιος, Επίσκοπος Δαμαλών, Επίσκοπος Άνδρου, Πρωτοσύγκελος Αμβρόσιος, Αρχιεπίσκοπος Σάμου Κύριλλος, Επίσκοπος Μηλέας Ιωσήφ, Επίσκοπος Σκύρου Γρηγόριος, Επίσκοπος Μενδενίτσης Τοποτηρητής Σαλαμίνος και Δερβενοχωρίων Διονύσιος, Επίσκοπος Καρύστου Νεόφυτος, Επίσκοπος Κομάνων Ευγένιος, Επίσκοπος Μυρίνης Τοποτηρητής της Επαρχίας Παροναξίας Σωφρόνιος, πρώην Επίσκοπος Τριπόλεως Τοποτηρητής της Επαρχίας Ναυπλίου, Επίσκοπος Τριπόλεως Δανιήλ, Επίσκοπος Ταλαντίου Τοποτηρητής της Επαρχίας Αθηνών Νεόφυτος κ.ά.) καθώς και ιερείς, ηγουμένους μονών κ.ά. σχετικά με υπηρεσιακά θέματα αρμοδιότητας του υπουργείου, όπως διαταγές, γνωστοποιήσεις, αποφάσεις, κλήσεις σε απολογία, προσκλήσεις προς αρχιερείς, ιερείς και άλλα πρόσωπα και επιτροπές περί θεωρήσεως διαφορών (οικονομικές, κληρονομικές, οικογενειακές κ.λπ.) και οι αποφάσεις τους, διορισμοί και καθήκοντα ιερέων, ιεροκηρύκων, διδασκάλων, καταγραφή των ιερών σκευών και κειμηλίων μονών, αποστολή ιεροκηρύκων σε διάφορες επαρχίες, καταχρήσεις μοναχών (υπεξαίρεση ιερών σκευών κ.λπ.), διορισμοί ηγουμένων για τη συγκέντρωση χρυσών και αργυρών σκευών από εκκλησίες και μονές, αποδεικτικά με τις ποσότητες ασημιού που παρέδωσαν διάφορες μονές στο Εθνικό Ταμείο κ.ά.

Επίσης, περιλαμβάνει αναφορές προς το Μινιστέριο/Υπουργείο/Γραμματεία της Θρησκείας και Παιδείας και προς τη Διοίκηση, το Εκτελεστικό Σώμα, την Αντικυβερνητική Επιτροπή κλπ. από ιερείς, μοναχούς και άλλα πρόσωπα για θεώρηση διαφόρων υποθέσεων, όπως καταχρήσεις αρχιερέων, ιερέων και μοναχών, υποθέσεις καταχρήσεων εις βάρος ιερέων και μοναχών, οικονομικές, κληρονομικές και κτηματικές διαφορές, κλοπές, ζητήματα προγαμιαίων δωρεών, υποθέσεις διάλυσης αρραβώνα, υποθέσεις παράνομων συνοικεσίων και γάμων, αιτήσεις διαζυγίων, αναφορές χηρών να τούς επιστραφεί η προίκα τους, αναφορές περί χορηγήσεως αφοριστικών κ.λπ. Τέλος στο αρχείο εντοπίζονται διάφορα αποδεικτικά, λογαριασμοί, διαθήκες, πωλητήρια έγγραφα, συμφωνητικό ανταλλαγής (αντίγιον), συμφωνητικά πωλήσεως, αναφορές περί συστάσεως και χρηματοδοτήσεως σχολείων κ.ά.

Το αρχείο αποτελείται από επτά σειρές το περιεχόμενο των οποίων προέρχεται από τη διοικητική δραστηριότητα των αντίστοιχων τμημάτων του Υπουργείου και μία σειρά που περιέχει σχέδια εγγράφων. Οι σειρές αντιστοιχούν στα παρακάτω τμήματα: Τμήμα Α’- Εκκλησιαστικά και Γενικά Θέματα, Τμήμα Β’- Ανωτέρα και Μέση Εκπαίδευση, Τμήμα Γ’-Δημοτική Εκπαίδευση, Τμήμα Δ’-Αρχαιότητες και Τμήμα Ε’-Λογιστικό. Δύο επιπλέον σειρές περιέχουν ποικίλα και χρηματικά εντάλματα.

Παραχώρηση γαιών, εκ μέρους των βενετικών αρχών στον Νικόλα Μακρή, στην περιοχή Απιδιά της Μονεμβασίας (1703).
Έγγραφα αναφερόμενα στην ελληνική επανάσταση (1819-1827): πατριαρχικό γράμμα του Γρηγορίου Ε' (1819)· εγκύκλιος αφορισμού εκ μέρους των αρχιερέων της Πελοποννήσου (1821)· διακήρυξη των επισκόπων Πατρών και Κερνίκης προς τους έγκλειστους στο κάστρο της Πάτρας, Τούρκους (1821)· πατριαρχική απανταχούσα του Γρηγορίου Ε' για τον αφορισμό του Αλέξανδρου Υψηλάντη και της επανάστασης (1821).
Διαταγές του Εκτελεστικού, της Πελοποννησιακής Γερουσίας, του Υπουργείου Ναυτικών· διακηρύξεις του Βουλευτικού· αποφάσεις δημογερόντων (1822-1827). Πρακτικά της Εθνοσυνέλευσης Άστρους (1823)· Επιστολές των: Αδαμάντιου Κοραή (1821), Παλαιών Πατρών Γερμανού (1823), Ανδρέα Μιαούλη (1824, 1831), Θεόδωρου Κολοκοτρώνη (1826), Θεόδωρου Κίνδ (1828) κ.ά. Αναφορές και διακηρύξεις του Βουλευτικού (1823), των προκρίτων των Σπετσών (1824) και των πολιτών.
Πρωτόκολλο εισερχομένων εξερχομένων της Επιτροπής της Συνέλευσης (1826)· πρακτικά της Επιτροπής της Συνέλευσης (Ναύπλιο, 1826). Εναρκτήριος λόγος του Ιωάννη Καποδίστρια κατά την ανάληψη των καθηκόντων του (1828)· εγκύκλιοι, διαταγές και ψηφίσματα του Κυβερνήτη. Διακηρύξεις του Πανελληνίου (1827-1828). Πρακτικά συνεδριάσεων της Προσωρινής Κυβέρνησης (1862)· Ονοματοθεσία δρόμου της Βιέννης με το όνομα του Ρήγα Φεραίου (1930).

Συλλογή εγγράφων που αφορούν τη Χίο:
Δικαιοπρακτικά έγγραφα (1646-1799 και 1818-1893).
Αφορισμός Θεόδωρου και Νικολή Τζητζή από τον Αρχιεπίσκοπο Γρηγόριο (1800).
Εξοφλητική απόδειξη αμοιβής εργάτη (1816).
Κατάσταση εμπορευμάτων (1824).
Λογαριασμός εξόδων εορτής Αγίου Παντελεήμονος (1835).
Σύσταση αδελφάτου κατασκευής ναού της Παναγίας (1835).
Κατάσταση εξόδων (1837).
Λύση συνεταιρισμού του Σωτήρη Μαδιανού και του Αναγνώστη Κατζηρού (1839).
Χοτζέτια 19ου αι., κ.ά.