Το αρχείο διαρθρώνεται ως εξής: Ι. Υπο-αρχείο Γραµµατείας επί των Οικονομικών (1833-1844, Μάρτιος) Α. Υπο-αρχείο Ανακτόρων Β. Υπο-αρχείο Γραµµατείας - Κεντρική Υπηρεσία ΙΙ. Υπο-αρχείο Υπουργείου των Οικονομικών (1844, Απρίλιος- 1862) Α. Υπο-αρχείο Ανακτόρων Β. Υπο-αρχείο Υπουργείου - Κεντρική Υπηρεσία Τα υπο-αρχεία Ανακτόρων περιλαμβάνουν τα εξερχόμενα έγγραφα της Κεντρικής Υπηρεσίας της Γραμματείας / Υπουργείου προς τα Ανάκτορα: αναφορές, υπομνήματα, εκθέσεις του Γραμματέα / Υπουργού των Οικονομικών με επισυνημμένα σχέδια νόμων και διαταγμάτων υποβαλλόμενα στα Ανάκτορα προς επικύρωση καθώς και αναφορές άλλων Γραμματειών. Περιλαμβάνουν επίσης αναφορές και υπομνήματα διαφόρων διοικητικών αρχών καθώς και αιτήσεις πολιτών απευθυνόμενες στον Βασιλέα. Το υλικό των υπο-αρχείων συμπληρώνεται με τοπογραφικά σχέδια, αρχιτεκτονικές αποτυπώσεις κτηρίων, στρωματογραφήσεις πετρωμάτων, σχέδια μητρών του Νομισματοκοπείου, σχέδια εμβλημάτων δασονόμων, συμβόλαια και συμφωνητικά με οίκους και εταιρείες της αλλοδαπής. Τα υπο-αρχεία της Κεντρικής Υπηρεσίας της Γραμματείας / Υπουργείου των Οικονομικών περιλαμβάνουν τα εισερχόμενα στην Κεντρική Υπηρεσία έγγραφα προερχόμενα από τα Ανάκτορα, τις υπόλοιπες Γραμματείες/Υπουργεία, τις υπάλληλες οικονομικές αρχές, και από ιδιώτες. Λεπτομερέστερα, το αρχειακό υλικό απαρτίζεται από: Βασιλικά Διατάγματα διευθυνόμενα στην Κεντρική Υπηρεσία προς ενέργεια, αναφορές των υπαλλήλων οικονομικών αρχών -με συνημμένα πολλές φορές δικαιολογητικά έγγραφα- ισολογισμούς και λογαριασμούς ληψοδοσίας εφοριών, τελωνείων, ταμείων, αλυκών, έγγραφα και φόρμες τελωνείων, υγειονομείων και λιμεναρχείων, καταλόγους αποδεκατώσεων και επιτροπικά έγγραφα συνταξιοδοτούμενων αγωνιστών, χηρών και ορφανών, οθωμανικά έγγραφα και τίτλους κυριότητας. Όλα τα υπο-αρχεία διαιρέθηκαν σε σειρές σύμφωνα με τα αντικείμενα της αρμοδιότητας της Γραμματείας / Υπουργείου: 1) Οργάνωση-Προσωπικό, 2) Οικονομικοί Επίτροποι/Έφοροι, 3) Δημόσια νομήματα και καταστήματα: α) Δάση, β) Ορυκτά, γ) Αλυκές, δ) Αλιεία-Ιχθυοτροφεία, ε) Βασιλικό Νομισματοκοπείο και Σφραγιστήριο, 4) Τελωνεία, 5) Δημόσια Ταμεία, 6) Προϋπολογισμοί, 7) Συντάξεις, 8) Νεόφυτοι (Νεοφώτιστοι), 9) Δωρεές, 10) Διαφορές με το Δημόσιο. Στο υλικό του αρχείου συγκαταλέγονται επίσης πρωτόκολλα και κατάστιχα/βιβλία της Κεντρικής Υπηρεσίας και των υπαλλήλων υπηρεσιών της Γραμματείας.

Το αρχείο αποτελεί τμήμα του αρχείου της Κεντρικής Υπηρεσίας του Υπουργείου Οικονομικών και περιλαμβάνει τεκμήρια της διαχείρισης των εθνικών (δημόσιων) κτημάτων από το ελληνικό κράτος, σχετικά με παραχωρήσεις, εκποιήσεις και ενοικιάσεις των εθνικών (δημόσιων) αγαθών. Οι φάκελοι περιλαμβάνουν αιτήσεις ιδιωτών, αναφορές τοπικών διοικητικών και οικονομικών αρχών, πρακτικά καταμετρήσεων και δημοπρασιών εθνικών γαιών, πρωτόκολλα ένορκων εξομολογήσεων και πιστοποιητικά ταυτοπροσωπίας, στατιστικούς πίνακες παραχωρούμενων εθνικών γαιών, παραχωρητήρια, δικόγραφα, αποδεικτικά πληρωμών κ.α.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί τηρήσεως κανονισμών Ευρωπαϊκής Ένωσης, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας
Β. Στοιχεία αλιείας: ονομαστικές καταστάσεις αλιεργατών, καταστάσεις αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αδειών αλιείας, ιχθυοκαλλιέργειας και Συλλόγων Αλιέων
Γ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: στατιστικά στοιχεία μικρών σκαφών, έγγραφα περί απόπλου πλοίων.

Φάκελοι:
Επιτροπές – Γεωργικά βραβεία – Συσκέψεις – Εκπομπές, Συνεταιρισμός Κεραμιδίου, Πεστροφοκαλλιέργεια, Ιχθυοκαλλιέργειες, Αλληλογραφία, σύλλογος, ρύπανση, Μέση αλιεία – Παράκτιος – Ερασιτεχνική, Λιμενικά έργα, Ιχθυοτροφεία, Επιτροπές – Μετεκπαίδευση – Σεμινάρια – Συλλογικά όργανα, Γενικές διατάξεις προσωπικού, Ε.Ο.Κ. – Διάφορες εγκύκλιοι, Εγκύκλιοι οικονομικής φύσεως, Επιδοτήσεις αλιευμάτων, Επιδοτήσεις σπόγγων, Βιοτεχνίες αλιπάστων - Αλιευτικοί σύλλογοι – συνεταιρισμοί, Υπαλλήλων τέως λίμνης Κάρλας

Βιβλία:
Πρωτόκολλο Τεχνικής Εποπτείας Αλιείας Βόλου, Πρωτόκολλο Τεχνικής Εποπτείας Λίμνης Κάρλα, Πρωτόκολλο Αλληλογραφίας, Μισθολόγια και βιβλία Μισθοδοσίας.

Φάκελοι:
Νικόλαος Φουντούλης – Κωνστάντα Φλώρου Ο.Ε., Μυδοτροφείο Ν. Αγχιάλου, Αφοί ΤΕΠΕΜ Ο.Ε., Ιχθυοκαλλιέργειες Αλοννήσου, Διαταγές περί ιχθυοτροφείων και λιμνών, Μονάδα περιοχής Μαραθιάς, Νιές ΕΠΕ, Αλιευτικός Σύλλογος Αλοννήσου, Ιχθυοκαλλιέργεια Περιστέρα, Βατραχοτροφείον Αλόννησος, Συνταξιούχων Υπαλλήλων ατομικός φάκελος, Ρούσσας ΕΠΕ (τυροκομείο), FISHCO ΕΛΛΑΣ Α.Ε., Ιππόκαμπος Ιχθυοκαλλιέργειες, λοιπές επιχειρήσεις αλιευτικού χαρακτήρα.

Πειθαρχικές και ποινικές υποθέσεις, μετεκπαίδευση και επιμόρφωση προσωπικού, μητρώα απογραφής ναυτικών, φορτοεκφόρτωση πλοίων, μεταφορά επιβατών – τροχαία κίνηση, στατιστικά στοιχεία για το απασχολούμενο και άνεργο ναυτεργατικό δυναμικό, επιδότηση άνεργων ναυτικών, εξοπλιστικά προγράμματα πλωτών-χερσαίων μέσων, στελέχωση ελληνικών πλοίων - σύνθεση πληρωμάτων, εκτέλεση τουριστικών πλόων, ιχθυοκαλλιέργεια κόλπου Μεσσαράς κ.ά