Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, βιβλία εισερχομένων και εξερχομένων σημάτων, έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιων χελωνών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία απόπλου και κατάπλου πλοίων και σκαφών, βιβλία ημερήσιων αναφορών πληρωμάτων, βιβλία και ημερολόγια συμβάντων, βιβλία μεταβολών πληρωμάτων, μητρώα ναυτικών γραφείων και πρακτορείων
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: εκθέσεις βεβαίωσης παραβάσεων, βιβλία τιμωρηθέντων ναυτικών
Δ. Οικονομικά στοιχεία: βιβλία εισπράξεως Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), βιβλία ταμείου και εισπράξεως Λιμενικής Αρχής, μπλοκ αποδεικτικών είσπραξης, βιβλία δικαιολόγησης πενθημέρων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: διαταγές, καταστάσεις διακίνησης αλληλογραφίας, αποφάσεις καθαρισμού αιγιαλών, έγγραφα περί διακομιδών ασθενών, βλαβών αναμεταδοτών και αξιοποίησης υλικών και μέσων Λιμενικών Αρχών
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί ανάπαυσης, μετάθεσης, εκπαίδευσης προσωπικού, πίνακες οργανικής σύνθεσης και βαρδιών
Γ. Οικονομικά στοιχεία: δικαιολογητικά περί ύδρευσης, προμηθειών και επιδομάτων προσωπικού Λιμενικού Σταθμού
Δ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: έγγραφα περί αστυνόμευσης και τάξης οχημάτων και ατόμων, περί καταπολέμησης φοροδιαφυγής, καταπολέμησης και διαχείρισης κρουσμάτων Covid, κατασχέσεων πλωτών και χερσαίων μέσων και περί μεταφοράς επικίνδυνων εμπορευμάτων, διαταγές Εισαγγελίας Πρωτοδικών Σπάρτης
Ε. Στοιχεία Αλιείας: δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, διαταγές περί αλιείας ερυθρού τόνου, έγγραφα περί αλιείας στα ελληνικά χωρικά ύδατα από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας και περί αλιευτικών ελέγχων
ΣΤ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, επαγγελματικών πλοίων αναψυχής, επιβατικής κίνησης και πρόσδεσης σκαφών στους λιμένες, συμβάσεις εργασίας πληρωμάτων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: έγγραφα περί περιστατικών εξαφάνισης, περί καταπολέμησης φοροδιαφυγής, και εφαρμογής κεκτημένου Schengen, νομοθεσία περί καπνίσματος, πολυθεσίας και εισόδου μεταναστών
Β. Αλληλογραφία: περί υλοποίησης ψηφιακών υπογραφών
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: καταστάσεις εργασίας προσωπικού κατά τις νυχτερινές ώρες
Γ. Οικονομικά στοιχεία: υποβολές καυσίμων και λιπαντικών
Δ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: δελτία ελέγχων φορτηγών πλοίων προερχομένων από Τουρκία – Αίγυπτο – Συρία, πίνακες προσεγγίσεως κρουαζιερόπλοιων, έγγραφα περί στελέχωσης και κατάπλου πλοίων, ναυλώσεως σκαφών και σύνθεσης προσωπικού δρομολογημένων πλοίων, έγγραφα Τοπικού Κλιμακίου Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (Τ.Κ.Ε.Π.)
Ε. Στοιχεία Αλιείας: δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, υποβολές αλιευτικών επιθεωρήσεων, έγγραφα περί έκδοσης και ανανέωσης αδειών αλιείας, περί διαμαρτυρίας για την αλιεία ξιφία από αλιευτικά σκάφη με ξένη σημαία, έγγραφα περί εθνικού προγράμματος αλιείας ξιφία και τόνου και περί του αλιευτικού εργαλείου γρίπου – βενζινότρατας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλιάρια ενσήμων, χρηματικοί κατάλογοι, έγγραφα περί φαρικών τελών, μισθολογίων - αποδοχών- οδοιπορικών εξόδων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα που αφορούν σε πρόστιμα και παραβάσεις αλιευτικού κώδικα
Γ. Στοιχεία Πλοίων: καταστάσεις πληρωμάτων, δελτία κατάπλου πλοίων, ναυτολόγια
Δ. Αλληλογραφία: έγγραφα που αφορούν στην έκδοση αδειών αλιείας, διαβιβάσεις στατιστικών Λιμεναρχείου, επιθεωρήσεις λιμενικών σταθμών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας, αναγγελίας θυελλωδών ανέμων, στρατολογίας
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα και βιβλία περί διαγωνισμού κατάταξης λιμενοφυλάκων
Γ. Οικονομικά Στοιχεία: πιστοποιητικά αποζημιώσεων, έγγραφα περί φαρικών τελών και οδοιπορικών εξόδων προσωπικού
Δ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, κατάπλου πλοίων, αποκόμματα εισιτηρίων πλοίου γραμμής Γυθείου – Κυθήρων, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων (Κ.Ε.Ε.Π.)
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου – Λιμενικών Αρχών: Εκθέσεις Επιθεώρησης Λιμενικών Αρχών, έγγραφα επιθεώρησης Λιμεναρχείου Γυθείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: αποδείξεις, τιμολόγια, έγγραφα που αφορούν σε μισθολόγια προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: έγγραφα δρομολόγησης πλοίων και επιθεώρησης εμπορικών πλοίων, δελτία κινήσεως πλοίων, ποινολόγια πληρωμάτων
Γ. Αλληλογραφία: έγγραφα εισερχόμενα και εξερχόμενα, έγγραφα που αφορούν στις τοπικές συγκοινωνίες.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Τμήματα – Διευθύνσεις - Γραφεία Διοικητικής Μέριμνας, Προγραμματισμού, Οργάνωσης και Εκπαίδευσης, Ασφάλειας, Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης, Εθιμοτυπίας, Εσωτερικών Υποθέσεων, βιβλία παραδόσεως αλληλογραφίας, έγγραφα περί σύστασης Επιτροπών Ναυαγίων και Ναυαγοσωστών πολυσύχναστων παραλιών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί πληρωμάτων και δρομολογίων των πλοίων «ΣΑΡΩΝΙΚΟΣ», «ΜΑΡΙΑ», «ΚΑΝΤΙΑ», «ΑΝΔΡΕΑΣ ΙΙ», “ΠΗΓΑΣΟΣ», «ΜΗΛΟΣ ΕΞΠΡΕΣ» , «EL GRECO», «ΕΛΑΦΙ», «ΠΑΝΑΓΙΑ ΚΟΙΜΗΣΙΣ», περί δρομολογίων των πλοίων στη γραμμή Πούντα – Ελαφόννησος, δελτία ναυτιλιακής κίνησης
Γ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις ατομικών επαγγελματικών αδειών αλιείας, δελτία αλιευτικής δραστηριότητας
Δ. Στοιχεία Ναυτικών: καταστάσεις ανέργων ναυτικών
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: πίνακες βαρδιών προσωπικού, ατομικοί φάκελοι υπαλλήλων Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας και εισερχομένων σημάτων, ενημερωτικά έγγραφα περί τοποθέτησης «Γαλάζιων Σημαιών», εορτασμού «Παγκόσμιας Ναυτικής Ημέρας» και διεξαγωγής «Special Olympics»., έγγραφα περί προστασίας ακτών από απορρίμματα, αδειών καύσεως πυροτεχνημάτων, έγγραφα και βιβλία περί της εκτελέσεως ραδιοεπικοινωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία κατάπλου σκαφών και θαλαμηγών, μητρώο ναυαγίων, έγγραφα περί μεταβιβάσεων σκαφών, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, βιβλία ελευθεροικοινωνίας
Γ. Στοιχεία Αλιείας: δελτία ατομικών αδειών αλιείας
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλίο περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων υπαξιωματικών στο Λιμενικό Σώμα, έγγραφα Οπλονομείου Αγίας Πελαγίας
Ε. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί καταγγελιών και προστίμων επιβληθέντων από τη Λιμενική Αστυνομία.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: βιβλία διεκπεραίωσης αλληλογραφίας, πρωτόκολλα εισερχομένων εγγράφων, αλληλογραφία περί παραεμπορίου, ναυαγοσωστών και λουτρικών εγκαταστάσεων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: πρωτόκολλο αιτήσεων υποψηφίων υπαξιωματικών και λιμενοφυλάκων, βιβλία αδειών προσωπικού και νυχτερινής απασχόλησης
Γ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία διαίρεσης φυλάκων πληρώματος, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα περί επαγγελματικών πλοίων αναψυχής και περί πλοίου «Οddin Finder», πίνακες ελέγχων επιθεωρήσεων πλοίων
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων και Προστίμων: ανακλήσεις αποφάσεων, πρόστιμα
Ε. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα δαπανών απορρύπανσης Κάβου Μαλέα (εμπεριέχονται φωτογραφίες), υποβολές μισθώματος κτηρίου Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων και καταστάσεις κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια κίνησης πλωτών, πιστοποιητικά επιβατηγών και οχηματαγωγών πλοίων, πιστοποιητικά γραμμής φόρτωσης πλοίων και ασφαλούς διαχείρισης, έγγραφα και βιβλία περί απόπλου και δρομολογίων πλοίων, άδειες σκοπιμότητας πλοίου στη γραμμή Πούντας – Ελαφονήσου – Νεάπολης Βοιών, άδειες πετρελαίου, άδειες λειτουργίας τηλεπικοινωνιακού σταθμού πλοίων, άδειες VHF, έγγραφα περί επιθεωρήσεων πλοίων, ναύλων, εθνικότητας πλοίων, άγονης γραμμής Κυθήρων – Αντικυθήρων, τακτικής δρομολόγησης στην γραμμή Ελαφόνησος – Πούντα, μεταφοράς επικίνδυνων φορτίων, φάκελοι πλοίων: «Ελαφόνησος», «ΒΕΡΟΝΙΚΗ», «Χρυσή Άμμος», «Μαράκι», «ΑΘΗΝΑ», «Ανδρέας ΙΙ», «ΕΤΖΙΑΝ ΓΚΛΟΡΥ», «ΡΟΜΙΛΝΤΑ», «ΔΕΛΦΙΝΙ Ι», «ΔΕΛΦΙΝΙ ΙΙ», «ΔΕΛΦΙΝΙ V», «ΔΕΛΦΙΝΙ XIV», «ΣΠΥΡΙΔΟΥΛΑ», «ΕΛΑΦΙ», «ΔΩΡΑ», «ΜΥΡΤΙΔΙΩΤΙΣΣΑ», βιβλία ημερήσιας αναφοράς και παρουσίασης πληρώματος, έγγραφα περί σύνθεσης πληρωμάτων και καθορισμού συνδέσεως πληρωμάτων επιβατηγών – οχηματαγωγών, φωτογραφίες του επιβατηγού – οχηματαγωγού «ΜΑΡΘΑ»
Β. Οικονομικά στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεων και εκμισθώσεων θαλάσσιων μέσων αναψυχής, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και καυσίμων, καταστάσεις μισθοδοσίας προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επιδομάτων και αμοιβών πληρωμάτων, καταστάσεις ενοικίου οικήματος Λιμεναρχείου.
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα διαγωνισμών δοκίμων υπαξιωματικών και λιμενοφυλάκων, μηνιαία προγράμματα βαρδιών προσωπικού, έγγραφα περί νυχτερινής απασχόλησης, ατομικοί φάκελοι των υπηρετούντων στο Λιμεναρχείο Νεάπολης Βοιών και στους Λιμενικούς Σταθμούς Αγίας Πελαγίας, Καψαλίου, Ελαφονήσου και Μονεμβασίας
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δελτία συμβάντων, πίνακες παραβάσεων και ατυχημάτων. Έγγραφα περί προστίμων, ατυχημάτων εργασίας στη θάλασσα, παραβάσεων κανονισμού λιμένος, ύποπτων σκαφών και καταζητούμενων λέμβων
Ε. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Διευθύνσεις και Τμήματα Υπαξιωματικών και Λιμενοφυλάκων, Διοικητικής Μέριμνας, Προγραμματισμού, Οργάνωσης και Εκπαίδευσης – Μετεκπαίδευσης, Απλούστευσης Διαδικασιών και Ποιότητας Υπηρεσιών, Υγειονομικού, Έρευνας και Διάσωσης, Νομοπαρασκευαστικής Εργασίας, έγγραφα περί αντιμετώπισης κλοπών, διεξαγωγής παιγνίων, συναλλάγματος, βουλευτικών και δημοτικών εκλογών, λειτουργίας θαλάσσιων λουτρών και ύπαρξης λουόμενων και ναυαγοσωστών
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: κατάλογοι και δικαιολογητικά ανέργων ναυτικών.
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις και άδειες κινήσεως αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αλιευτικών επιθεωρήσεων και προστίμων, έγγραφα περί σπογγαλιείας
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: στατιστικά στοιχεία δραστηριοτήτων Λιμενικού Σώματος.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα κοινών εισερχομένων εγγράφων και εισερχομένων σημάτων, βιβλία ταχυδρομικής υπηρεσίας Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας, υποβολές εντύπων επιθεώρησης υλικών και μέσων απορρύπανσης, έγγραφα περί μεταφοράς νεκρών, εξαφάνισης ανηλίκων, ναυτικών ατυχημάτων και ελέγχων αλκοτέστ
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί των δρομολογίων των πλοίων «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Αγιαννάκης» και «Κάτω Νησί», πίνακες εκδοθέντων εισιτηρίων επιβατών ανά λιμένα, έγγραφα περί διακίνησης επιβατών την Καθαρά Δευτέρα, πίνακες καταχώρισης λέμβων, στατιστικά στοιχεία ναυτιλιακής κίνησης, βιβλία διαίρεσης φυλάκων πληρώματος
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλία αδειών προσωπικού, έγγραφα περί του υπηρετούντος προσωπικού στους Λιμενικούς Σταθμούς Μονεμβασίας και Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Ελέγχων - Απολογισμοί: έγγραφα περί ετησίου ελέγχου συμμόρφωσης υπόχρεων λιμενικών εγκαταστάσεων, απολογισμού προστασίας της θάλασσας, ελέγχου φορτηγών οχημάτων, εξαμηνιαία δελτία δραστηριότητας λιμενικής αρχής
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: πίνακες προστίμων, έγγραφα περί εφαρμογής νόμων και κοινών υπουργικών αποφάσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:

Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, αλληλογραφία Λιμεναρχείου με την Λιμενική Αστυνομία, την 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), την Εισαγγελία Πρωτοδικών, τη Διεύθυνση Λιμενικής Πολιτικής, τη Διεύθυνση Λιμενικών Υποδομών, τη Διεύθυνση Προστασίας Θαλασσίου Περιβάλλοντος, τη Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας, τη Διεύθυνση Πληροφορικής και Νέων Τεχνολογιών, το Τελωνείο Νεάπολης, το Λιμενικό Σώμα Μονεμβασίας και το Λιμενικό Σώμα Αγίας Πελαγίας, γενική αλληλογραφία περί της λειτουργίας των φάρων Μαλέα και Γυθείου, έγγραφα για την αντιμετώπιση της λαθρομετανάστευσης, τη μεταφορά σορών, την εφαρμογή του κεκτημένου Schengen, έγγραφα περί ελέγχου ελαιοτριβείων και τουριστικών εγκαταστάσεων
Β. Πρακτικά - Αξιολογήσεις: πρακτικά καιρικής κατάστασης, έγγραφα περί αξιολόγησης δραστηριότητας Λιμενικών Αρχών
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας – Παραβάσεων - Προστίμων: πίνακες προστίμων σε πλοία και εγκαταστάσεις ξηράς, έγγραφα περί κυρώσεων αναφορικά με την παράβαση της νομοθεσίας για την προστασία αιγιαλού και παραλίας, έλεγχοι εφαρμογής διατάξεων και νομοθεσίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης, έγγραφα περί καταχωρίσεως λέμβων και μηχανών με ένοχες βεβαιώσεις, έγγραφα ελέγχων χρήσης αλκοόλ από χειριστές και κυβερνήτες σκαφών, μηνιαίες εκθέσεις για το οργανωμένο έγκλημα, έγγραφα περί αλιευτικών παραβάσεων
Δ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: φάκελοι πλοίων «Αγιαννάκης», «Αρχάγγελος», «Βιτσέντζος Κορνάρος» «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Παναγία Κοίμησις», «Μυρτιδιώτισσα», μηνιαία δελτία κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια σταθμού VHF, έγγραφα περί δρομολογίων πλοίων και προσεγγίσεων κρουαζιερόπλοιων, μπλοκ για άδειες ανέλκυσης και καθέλκυσης σκαφών και για άδειες εισόδου στην αποβάθρα, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, έγγραφα περί εφοδιασμού φορτηγών δημοσίας χρήσεως με ηλεκτρονικό σήμα
Ε. Στοιχεία Αλιείας: δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, ερασιτεχνικές άδειες αλιείας
ΣΤ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων, έγγραφα Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος, ατομικοί φάκελοι προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης Βοιών, έγγραφα περί βαρδιών του προσωπικού
Ζ. Οικονομικά Στοιχεία: μπλοκ είσπραξης υπέρ του ειδικού λογαριασμού κεφαλαίου Λιμενικής Αστυνομίας, αποδεικτικά είσπραξης Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικού (ΕΚ.Ο.Ε.Μ.Ν.), αποδεικτικά είσπραξης Λιμενικής Αρχής υπέρ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, δικαιολογητικά δαπανών προσωπικού, μισθολογικές καταστάσεις προσωπικού.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: φάκελοι των πλοίων «ΠΑΝΑΓΙΤΣΑ», «ΕΛΑΦΟΝΗΣΟΣ», «ΜΥΡΤΙΩΤΙΣΣΑ», «ΠΑΝΑΓΙΑ ΚΟΙΜΗΣΗΣ», «ΕΛΑΦΙ», «ΑΡΧΑΓΓΕΛΟΣ» και «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Διεύθυνση Προγραμματισμού Οργάνωσης και Εκπαίδευσης, Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας (Δ.Λ.Α.), Διεύθυνση Ασφαλείας Ναυσιπλοΐας (Δ.Α.Ν.), Διεύθυνση Οργάνωσης και Ποιότητας Υπηρεσιών, Διεύθυνση Προσωπικού Λιμενικού Σώματος (Δ.Π.Λ.Σ.), Γραφείο Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης (Γ.Ε.Μ.Μ.Ε.) και 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί έκδοσης αδειών τραπεζοκαθισμάτων, καύσης πυροτεχνημάτων και μεταφοράς νεκρού
Γ. Στοιχεία Αλιείας: ατομικές άδειες επαγγελματικής αλιείας, έγγραφα περί ανανεώσεως αδειών αλιείας
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: πίνακες βαρδιών προσωπικού, ανακοινώσεις και έγγραφα περί συνδικαλιστικών θεμάτων, προερχόμενα από την Πανελλήνια Ομοσπονδία Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος και την Πανελλήνια Ομοσπονδία Αξιωματικών Λιμενικού Σώματος
Ε. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί οδοιπορικών εξόδων και καταστάσεις μισθοδοσίας προσωπικού Λιμεναρχείου
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: έγγραφα περί εγγεγραμμένων ναυτικών και ναυτολόγησής τους, θεωρήσεις αποδεικτικών ναυτικής ικανότητας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα εισερχομένων εγγράφων και βιβλία παραδόσεως αλληλογραφίας, έγγραφα αλληλογραφίας Λιμεναρχείου Νεάπολης Βοιών με το Λιμενικό Τμήμα Κυθήρων, το Α΄ Λιμενικό Τμήμα Παλαιάς Μονεμβασίας, το Κεντρικό Λιμεναρχείο Καλαμάτας, το Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης, τη Διεύθυνση Αλιευτικών Εφαρμογών και Εισροών Αλιευτικής Παραγωγής και το Τμήμα Αλιείας Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης Λακωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: καταστάσεις θαλαμηγών και ιστιοφόρων, πίνακες εγγραφής στα λεμβολόγια, πίνακες προσεγγίσεων κρουαζιερόπλοιων, έγγραφα περί μεταλεμβολογήσεων επαγγελματικών και ερασιτεχνικών σκαφών, στατιστικά στοιχεία μικρών σκαφών, έγγραφα ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη και θαλάσσια μέσα αναψυχής, πίνακες εκδόσεως αδειών πλοών ερασιτεχνικών σκαφών, άδειες διάλυσης σκαφών, έγγραφα περί επενδυτικών σχεδίων κατασκευής νέων σκαφών
Γ. Στοιχεία Αλιείας: άδειες αλιείας, πίνακες και βιβλία εκδόσεως αδειών αλιείας, δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, εκθέσεις αλιευτικών επιθεωρήσεων, έγγραφα περί ένταξης σκαφών με αλιευτικό εργαλείο σε μέτρο, έγγραφα περί αλιείας μεγάλων πελαγικών ψαριών και τόνου
Δ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: δικαιολογητικά περί εφαρμογής της ΚΥΑ 811.1/41/2009, έγγραφα περί ελέγχων και προστίμων καπνίσματος, ελέγχου της κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, εθνικού προγράμματος καταπολέμησης της φοροδιαφυγής.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: δικαιολογητικά ναυτολογίας, έλεγχοι στελέχωσης πλοίων, έγγραφα των πλοίων « ΑΓΙΑΝΝΑΚΗΣ», «ΕΛΑΦΟΝΗΣΣΟΣ» «ΚΑΤΩ ΝΗΣΙ», «Β. ΚΟΡΝΑΡΟΣ», «ΠΡΕΒΕΛΗΣ», «ΠΑΝΑΓΙΑ ΤΗΝΟΥ», «ΜΑΡΙΑ Τ.» και «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ»
Β. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί παραεμπορίου, εξαφάνισης ανηλίκων και ναυτικών ατυχημάτων, υποβολές δελτίων ελέγχων, στατιστικά στοιχεία παραβάσεων, έγγραφα περί επιβολής διοικητικών κυρώσεων.

Πειθαρχικές και ποινικές υποθέσεις, μετεκπαίδευση και επιμόρφωση προσωπικού, μητρώα απογραφής ναυτικών, φορτοεκφόρτωση πλοίων, μεταφορά επιβατών – τροχαία κίνηση, στατιστικά στοιχεία για το απασχολούμενο και άνεργο ναυτεργατικό δυναμικό, οδηγίες για την ασφάλεια της ναυσιπλοΐας, στελέχωση ελληνικών πλοίων - σύνθεση πληρωμάτων, εκτέλεση τουριστικών πλόων κ.ά

Πειθαρχικές και ποινικές υποθέσεις, μετεκπαίδευση και επιμόρφωση προσωπικού, μητρώα απογραφής ναυτικών, φορτοεκφόρτωση πλοίων, μεταφορά επιβατών – τροχαία κίνηση, στατιστικά στοιχεία για το απασχολούμενο και άνεργο ναυτεργατικό δυναμικό, επιδότηση άνεργων ναυτικών, εξοπλιστικά προγράμματα πλωτών-χερσαίων μέσων, στελέχωση ελληνικών πλοίων - σύνθεση πληρωμάτων, εκτέλεση τουριστικών πλόων, ιχθυοκαλλιέργεια κόλπου Μεσσαράς κ.ά

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων, πίνακες προσεγγίσεως πλοίων υπό ξένη σημαία, άδειες, καταστάσεις και στατιστικά στοιχεία απόπλου και κατάπλου πλοίων και θαλαμηγών, καταστάσεις φορτώσεως σε πλοία, έγγραφα περί ονομασιών και σημαιών πλοίων και περί ελέγχων στελέχωσης πλοίων, στατιστικά στοιχεία θαλάσσιων συγκοινωνιών, δελτία συμβάντων, βιβλία διαιρέσεως φυλάκων πληρώματος, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος
Β. Οικονομικά στοιχεία: μπλοκ με αποδεικτικά εισπράξεως Λιμενικής Αρχής και Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), βιβλία αποθήκης και κατανάλωσης καυσίμων Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, έγγραφα περί τηλεπικοινωνιακών και φαρικών τελών
Γ. Αλληλογραφία: περί κανονισμού χερσαίας ζώνης και αδειών χρήσης αιγιαλού, έγγραφα περί κίνησης μοτοσυκλετών και περί λειτουργίας αιγιαλού και παραλίας
Δ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων : έγγραφα περί οργανωμένου εγκλήματος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: ατομικές, ερασιτεχνικές και επαγγελματικές άδειες αλιείας, άδειες αλιείας πελαγικών ψαριών, ημερολόγια αλιείας
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: απογραφές ναυτικών, έγγραφα Οίκου Ναύτου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: καταστάσεις επιβατών και οχημάτων, έγγραφα περί κίνησης κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών, περί περιπολιών πλωτών, χερσαίων μέσων και λέμβων και περί ατυχημάτων μελών πληρώματος, άδειες ερασιτεχνικών και επαγγελματικών σκαφών
Β. Οικονομικά στοιχεία: πινάκια δαπανών ιατρών και Νοσοκομείου Σπάρτης, απολογισμοί φαρμάκων, δώρων και οδοιπορικών εξόδων, απολογισμοί Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, μισθοδοτικές καταστάσεις υπαλλήλων Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, δικαιολογητικά είσπραξης λιμενικών τελών, τελών προσόρμισης πλοίων και παγίων προκαταβολών, δικαιολογητικά Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), έγγραφα περί πόρων ασφαλιστικών ιδρυμάτων, πίνακες καυσίμων και λιπαντικών, έγγραφα περί μισθώσεως ακινήτου Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, έγγραφα περί εκκαθαρίσεως συντάξεων Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.)
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί υπηρεσιών, εκπαίδευσης και μετεκπαίδευσης προσωπικού Λιμενικού Σώματος
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας
Ε. Αλληλογραφία: περί αδειών χρήσεως και έργων επί αιγιαλού, εκλογών, ελέγχων λυμάτων και ρύπανσης
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: έγγραφα περί ανέργων ναυτικών
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις, υπεύθυνες δηλώσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ερασιτεχνικών και επαγγελματικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί παρουσίας Αιγυπτίων αλιεργατών σε αλιευτικά σκάφη, αλιευτικές επιθεωρήσεις
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: πίνακες με στατιστικά και συγκριτικά στοιχεία

Το αρχείο εκτείνεται από το έτος 1863, καλύπτει κατά συνέπεια την Οθωμανική περίοδο, στο πλαίσιο της οποίας είχε παραχωρηθεί στην Κάλυμνο αυτονομία, με την υποχρέωση καταβολής ενός φόρου κατ’ αποκοπή που ονομάζονταν «μακτού». Τα προνόμια του νησιού επιβεβαιώθηκαν το 1835 με σουλτανικό φιρμάνι. Το έτος 1869 η Κάλυμνος αποδέχεται την παρουσία «Καϊμακάμη» (δικαστή).
Στο αρχείο περιλαμβάνεται η αλληλογραφία της δημογεροντίας με την Καϊμακαμία (Υποδιοίκηση), στην οποία καταγράφονται ζητήματα προνομίων, φόρων, ενοικιάσεων, μηνύσεων και καταγγελιών σε βάρος πολιτών για παραβατικές συμπεριφορές, αδικήματα, για μη ανταπόκριση σε οικονομικές υποχρεώσεις κ.ά. Περιλαμβάνονται ακόμα σπουδαίες πληροφορίες για την σπογγαλιεία του νησιού, καθώς ζητήματα εκπαίδευσης, διορισμών και μισθοδοσίας, δημόσιας υγείας και πρόνοιας (ιατροφαρμακευτική κάλυψη), δημοσίων έργων, διακηρύξεων, απαγορεύσεων κ.λπ.
Το αρχείο καλύπτει επίσης την περίοδο από το 1912 και εξής οπότε το νησί βρισκόταν υπό ιταλική διοίκηση, μέχρι την ένωση με το ελληνικό κράτος το 1948 έως το έτος 1968.
Συγκεκριμένα περιλαμβάνονται οι εξής ενότητες:

1. Πρακτικά Δημοτικού Συμβουλίου και γενικών συνελεύσεων (1863-1927 και 1946-1951)
2. Αλληλογραφία εξερχομένων εγγράφων δημογεροντίας – δημαρχίας των ετών 1864 – 1922
3. Πρωτόκολλα αλληλογραφίας των ετών 1919 – 1957
4. Βιβλία συμβολαιογραφικών πράξεων των ετών 1879 – 1947
5. Βιβλία συμβολαιογραφικών πράξεων ακινήτων (πωλητήρια-υποθήκεςς κ.α.) των ετών 1879 – 1948
6. Σπογγαλιευτικά – ναυτολογήσεις των ετών 1881 – 1926
7. Προνομιούχες εκκινήσεις-άδειες σπογγαλιείας-σπογγαλιευτικά πληρώματα κ.α. των ετών 1902 – 1947
8. Πωλητήρια-ενοικιάσεις-ιδιοκτησίες πλοίων των ετών 1902 – 1947
9. Οικονομικά διάφορα των ετών 1885 – 1965
10. Διάφορα των ετών 1902 – 1968
11. Σύμμεικτοι τόμοι των ετών 1881 – 1946