Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού χρονολογείται από τη δεκαετία του 1880 έως το 1932, έτος του θανάτου του. Το αρχείο διαιρείται σε εννέα σειρές,
Ι: Αλληλογραφία,
ΙΙ:Έργα του Ι. Γενναδίου,
ΙΙΙ: Προσωπικά έγγραφα,
IV: Πολεμικές αποζημιώσεις,
V: Κοινότητες του απόδημου Ελληνισμού,
VI: Η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, VII: Φωτογραφίες,
VIII: Συλλογή Κωνσταντίνου Μαγκάκη,
IX: Διάφορα.
Το Αρχείο Ιωάννου Γενναδίου αποτελεί τμήμα, το μεγαλύτερο, του συνολικού Αρχείου Ιωάννου Γενναδίου που βρίσκεται διαμερισμένο σε δύο άνισα μέρη με πρωτοβουλία του ιδρυτή της βιβλιοθήκης: το εκτενέστερο, κείται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. και το βραχύτερο περιέχεται στο ποικίλο υλικό ενός σημαντικού αριθμού Λευκωμάτων (Scrapbooks), των ιδιότυπων αυτών θεματικών κολλάζ στα οποία ο Γεννάδιος συνέλεξε και απέθεσε με περισσή γνώση και θαυμαστή επάρκεια υλικό, συνήθως εφήμερο, (χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες, αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών, αλλά και επιστολές, προσκλήσεις, ταχυδρομικά δελτία, έντυπα μενού κ.α.) που αφορούσε μια συγκεκριμένη κάθε φορά θεματική σχετικά με την πολιτική, την ιστορία, την βιβλιογνωσία, τον τύπο, την αρχιτεκτονική, την τοπογραφία, τα αρχαία μνημεία. Συγκεκριμένα, 24 Λευκώματα (αρ. 2-24 και 38) περιέχουν αρχειακό υλικό το οποίο, κατά κανόνα, προηγείται χρονολογικά εκείνου που απόκειται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. Ειδικότερα, το υλικό του 19ου αιώνα τοποθετήθηκε από τον Ι. Γεννάδιο σχεδόν αποκλειστικά στα Λευκώματα, ακολουθεί αριθμητικά εκείνο των πρώτων ετών του 20ού, και τέλος σποραδικά των υπόλοιπων ετών ως τον θάνατό του (1932). Το υλικό εδώ παρουσιάζεται θεματικά συγκροτώντας μικρές ενότητες αποτελούμενες από αλληλογραφία, αποκόμματα εφημερίδων, προσκλήσεις κλπ. σχετικά με την οικογένεια Γενναδίου, την ίδρυση και ανέγερση του Γενναδείου, την ελληνική και διεθνή πολιτική, την ελληνική οικονομία, την κρίση και τα δάνεια, την βουλευτική υποψηφιότητα του Ι. Γενναδίου στις εκλογές του 1907, την ελληνική ορθόδοξη Εκκλησία και τις σχέσεις της με τις δυτικές ομολογίες. Περιλαμβάνονται επίσης η αρθρογραφία του Ι. Γενναδίου στον ελληνικό και ξένο τύπο-κυρίως τον αγγλόφωνο, τα διπλωματικά του ταξίδια στην Ευρώπη και την Αμερική, η συλλογή των βιβλίων του και τα ex libris, βραβεύσεις του από πνευματικά ιδρύματα και οργανισμούς, και πλείστα λεπτομερή στοιχεία από την συμμετοχή του σε εκδηλώσεις της κοινωνικής ζωής, ιδίως στο Λονδίνο. Το σημαντικότερο όμως τμήμα υλικού του 20ού αιώνα διαμοιράστηκε σε φακέλους συγκροτώντας το Αρχείο Ι.Γ. Κατά συνέπεια ο ερευνητής που μελετά το Αρχείο Ι.Γ. θα πρέπει να έχει συνεχώς υπόψιν αυτή την ιδιαιτερότητα και ως εκ τούτου να ανατρέχει και στις πλούσιες θεματικές συλλογές των Λευκωμάτων προκειμένου να εξασφαλίζει την κατά το δυνατόν πληρότητα στις αναζητήσεις του.

Το αρχείο περιλαμβάνει επαγγελματική αλληλογραφία, προσωπικά ημερολόγια και έγγραφα, και σημειώσεις, μεταγραφές, και βιβλιογραφία σχετικά με τις επιστημονικές δημοσιεύσεις του Topping.
Το αρχείο έχει ένα εξειδικευμένο ερευνητικό ενδιαφέρον: περιλαμβάνει πολλές μεταγραφές πρωτότυπων ενετικών εγγράφων από το Κρατικό Αρχείο της Βενετίας (Archivio di Stato di Venezia) σχετικά με την ιστορία της Πελοποννήσου κατά τη διάρκεια της Ενετοκρατίας (1686-1715). Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η τεράστια συλλογή εγγράφων σχετικά με το ενετικό κτηματολόγιο του Ναυπλίου (Αργολίδα - Πελοπόννησος) που μελετήθηκε από τον Peter Topping με σκοπό τη δημοσίευσή του (Σειρά V). Ο Peter Topping συγκέντρωσε επίσης βιβλιογραφία και μεταγραφές ιστορικών εγγράφων σχετικά με την ιστορία της Βυζαντινής, Φραγκικής, Ενετικής και Οθωμανικής Ελλάδας με σημειώσεις και σχόλια σε φακέλους ανά θέμα. (Αυτό το υλικό οργανώθηκε στις σειρές VI-XIV.) Πληροφορίες για τους Έλληνες, την Ελληνική Εκκλησία και τις Ελληνικές Σπουδές στις Η.Π.Α. περιλαμβάνονται στη Σειρά XVI.

Αρχείο του νομικού συμβούλου του Οικουμενικού Πατριαρχείου Αυρήλιου Σπαθάρη και γιου του καθηγητή της Μεγάλης του Γένους Σχολής Ανδρέα Σπαθάρη. Το αρχείο καλύπτει ποικίλα νομικά ζητήματα που αφορούν το Οικουμενικό Πατριαρχείο και την ελληνική μειονότητα της Κωνσταντινούπολης από τις αρχές του 20ου αιώνα έως το 1957. Συγκεκριμένα, περιλαμβάνονται φάκελοι που αφορούν τα δικαιώματα των μειονοτήτων στη Συνθήκη των Σεβρών, τις διαπραγματεύσεις στη Συνδιάσκεψη της Λωζάννης καθώς και το μειονοτικό καθεστώς των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης μετά το 1923. Περιλαμβάνονται, επίσης, φάκελοι για τη διεκδίκηση κληροδοτημάτων από το Οικουμενικό Πατριαρχείο, για το εκκλησιαστικό καθεστώς των Νέων Χωρών, το εκκλησιαστικό ζήτημα της Κρήτης και για τη δικαστική δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας. Η αλληλογραφία του Σπαθάρη με διάφορους Κωνσταντινουπολίτες παρέχει στοιχεία για την ελληνική μειονότητα της Κωνσταντινούπολης και το Οικουμενικό Πατριαρχείο, όπως πληροφορίες για την οικονομική και εκπαιδευτική κατάσταση της μειονότητας, τις διενέξεις και τις αλληλοκατηγορίες στους κόλπους του Πατριαρχείου κ.ά. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η αλληλογραφία μεταξύ προσφύγων στα καραμανλίδικα, όπου προβάλλονται πτυχές της κοινωνικής ζωής των τουρκόφωνων προσφύγων μετά την Ανταλλαγή των Πληθυσμών.

Φάκελοι των διατελέσαντων Μητροπολιτών Αθηνών (1833-1923) και Αρχιεπισκόπων Αθηνών και πάσης Ελλάδος (1923-1974). Φάκελοι εκκλησιαστικής τέχνης και λειτουργικής, χειροτονιών, διορισμών και μεταθέσεων, οφφικίων και προαγωγών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, νομοκανονικών θεμάτων, θανάτων, βαπτίσεων, ιδρυμάτων, θείας λατρείας, επιτίμιων, γάμων και απόπειρας συμβιβασμών, υπαλληλικών θεμάτων, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Καισαριανής, Πεντέλης, Ασωμάτων Πετράκη, Ευαγγελισμού Καλολειβαδείνου, Παντοκράτορος Νταού Πεντέλης, Κοιμήσεως Θεοτόκου Ηλιουπόλεως, Αναστάσεως Πεντέλης, Αγίου Ιωάννου Θεολόγου Παπάγου.

Φάκελοι χειροτονιών, διορισμών και μεταθέσεων, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, θανάτων, γάμων, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Αγίας Παρασκευής, Αγίου Γεωργίου Βουλγαρελίου, Θεοτοκίου, Μελάτων, Μελισσουργών, Πεφανερωμένης, Ροβελίστης, Σκουλικαργιάς, Κάτω Παναγιάς.

Φάκελοι χειροτονιών, διορισμών και μεταθέσεων, οφφικίων και προαγωγών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, στρατιωτικών ιερέων, αντιαιρετικών θεμάτων, παλαιοημερολογιτών, θανάτων, βαπτίσεων, επιτίμιων, γάμων και απόπειρας συμβιβασμών, υπαλληλικών θεμάτων, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Αγίου Συμεώνος, Αρέθα, Κοζίτσης, Λιγοβίτσιου, Κατερινούς, Παντοκράτορος, Ρόμβου.

Φάκελοι χειροτονιών, διορισμών και μεταθέσεων, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, αντιαιρετικών θεμάτων, παλαιοημερολογιτών, θανάτων, βαπτίσεων, επιτίμιων, γάμων και διαζυγίων, εγκαινίων ναών, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Αγίου Μερκουρίου Λυγουρίου, Αγίου Θεοδοσίου, Αυγού, Εισοδίων της Θεοτόκου Ναυπλίου, Ζωοδόχου Πηγής Αγίας Μονής, Κοιμήσεως της Θεοτόκου Κοιλάδος, Αγίου Δημητρίου Καρακάλα, Μονή Αγνούντος, Παμμεγίστων Ταξιαρχών Επιδαύρου, Ταλαντίου.

Φάκελοι χειροτονιών, διορισμών και μεταθέσεων, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, οφφικίων, θανάτων, βαπτίσεων, επιτίμιων, γάμων και διαζυγίων, εγκαινίων ναών, Μετοχίων Παναγίου Τάφου και Μεγάλου Σπηλαίου, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Αγίας Παρασκευής, Αγίας Τριάδος, Αγίου Γεωργίου, Αγίου Νικήτα, Αγίου Αχιλλείου, Αγίων Πάντων, Βαϊδενίτσης, Γενεσίου της Θεοτόκου Αρεοπόλεως, Γενεσίου της Θεοτόκου Καρδαμύλης, Γιατρίσσης, Ζερμπίτσης, Κοιμήσεως της Θεοτόκου (Φανερωμένης), Μεταμορφώσεως του Σωτήρος, Προφήτου Ηλίου Αβίας και Λεύκτρου.

Φάκελοι διορισμών και μεταθέσεων, διορισμών πνευματικών, οφφικίων, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, εγκαινίων ναών, θανάτων, επιτίμιων, γάμων και διαζυγίων, υπαλληλικών θεμάτων, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Αγίου Γεωργίου Ρεκίτσης, Αγίων Θεοδώρων, Αιμυαλών, Αμπελακίων, Κερνίτσης, Μπούρας, Αγίου Προδρόμου, Φιλοσόφου.

Φάκελοι χειροτονιών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, γάμων και διαζυγίων, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Εισοδίων της Παναγίας, Ευαγγελισμού της Θεοτόκου Σωσίνου, Κοιμήσεως της Θεοτόκου, Μακραλέξη, Μολίστης, Αγίου Ιωάννου Κάτω Μερόπης.

Φάκελοι χειροτονιών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, γάμων και διαζυγίων, Μονών Αγίας Παρασκευής Γιαννιτσών, Αγίου Γεωργίου Περιστερεώτα, Αρχαγγέλου Μιχαήλ Αλμωπίας, Μπαμπιανής, Οσίου Λουκά, Τιμίου Προδρόμου, Τιμίου Σταυρού Μεσημερίου και Αγίας Τριάδος.

Φάκελοι χειροτονιών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, γάμων και διαζυγίων, μοναστηριών, Μονών Γλυκόβου, Δεμεράδων, Κλημάδων, Αγίου Αντωνίου Σιάπκας, Σαρανταπόρου, Αγίας Τριάδος Σπαρμού, Αναλήψεως και Ολυμπιωτίσσης.

Φάκελοι χειροτονιών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, γάμων και διαζυγίων, θανάτων, επιτιμίων, ιεροκηρύκων, εγκαινίων ναών, μοναστηριακών θεμάτων, Μονών Αγίου Ανδρέου Ελατίων, Αγίου Γεωργίου Κρημνών, Αγίου Νικολάου Ξένων, Αγίου Διονυσίου Στροφάδων, Παναγίας Σπηλαιωτίσσης και Τιμίου Προδρόμου.

Φάκελοι διορισμών και μεταθέσεων, χειροτονιών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, θανάτων, επιτιμίων, γάμων και διαζυγίων, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Δίβρης, Αγίου Νικολάου Φραγκοπηδήματος, Βλαχερνών, Κρεμαστής, Σκαφιδιάς, Αγίου Νικολάου Σπάτων, Αγίας Τριάδος Κουντουρά, Πορετσού, Αγίου Αθανασίου Καρακουζίου.

Φάκελοι διορισμών και μεταθέσεων, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, θανάτων, επιτιμίων, γάμων, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Κορώνης, Αγίου Γεωργίου Καραϊσκάκη, Αγίας Τριάδος Σκλαταίνης, Αγίας Τριάδος Βουνεσίου, Μονή Βραγγιανών, Γεννήσεως Θεοτόκου Κωστή, Γεννήσεως Θεοτόκου Μεσοβονίου, Γεννήσεως Θεοτόκου Βλασίου, Γεννήσεως Θεοτόκου Κατουσίου, Κοιμήσεως Θεοτόκου Πέτρας, Ρεντίνας, Σπηλιάς, Φανερωμένης Καλλιφωνίου.

Φάκελοι διορισμών και μεταθέσεων, χειροτονιών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, θανάτων, επιτιμίων, γάμων και διαζυγίων, επιστροφής λειψάνων Αγίου Δημητρίου, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Αγίας Θεοδώρας, Κοιμήσεως Θεοτόκου, Κοιμήσεως Θεοτόκου Πανοράματος, Μεταμορφώσεως του Σωτήρος.

Φάκελοι διορισμών και μεταθέσεων, χειροτονιών, ενοριακών και εφημεριακών θεμάτων, επισκοπικών θεμάτων, καταγγελιών, αδειών και αποδημιών, ιεροκηρύκων, εγκαινίων ναών, θανάτων, επιτιμίων, γάμων και διαζυγίων, εκποίηση μοναστηριακής περιουσίας για την κατασκευή Αλουμινίου Ελλάδος, θεμάτων μοναστηριών, Μονών Αγίας Τριάδος Πλαταιών, Γενεθλίου της Θεοτόκου Πελαγίας, Κοιμήσεως της Θεοτόκου Ιερουσαλήμ. Μακαριωτίσσης, Μεταμορφώσεως του Σωτήρος Σαγματά, Οσίου Λουκά, Ταξιαρχών, Ευαγγελιστρίας, Αγίου Γεωργίου Λαφυστίου, Προφήτου Ηλίου Τζατζάρεως, Οσίου Σεραφείμ.

Κείμενα:
α) Η σπουδαιότης των αρχείων της Ιεράς Μονής Τατάρνης. Ομιλία εκφωνηθείσα κατά την 18ην Ιουνίου 2014,
β) Δια την έκδοσιν Συναξαριστού της Μονής Σίμωνος Πέτρας,
γ) Δια το λεύκωμα Τρεις Εκκλησίες, Αγία Σοφία, Παμμακάριστος, Μονή της Χώρας. Ημερολόγια Οικουμενικού Πατριαρχείου: έτη 2003, 2007, 2001, 2012.

Ηχητικό υλικό:
Κασέτα "Γέρων Δοσίθεος στο Ραδίοφωνο", 22-3-2007

1. Ομιλίες-παρεμβάσεις σε Ραδιοφωνικό Σταθμό Εκκλησίας Ελλάδος, 2000-2006,
2. Ημερολόγια οικουμενικού Πατριαρχείου, 3 ετών 2012, 2015, 2016,
3. Κείμενα σε ηλεκτρονικές εκτυπώσεις (επιστολή περί ρωσικών εικόνων μονής, κείμενο περί Αγίας Σοφίας),
4. Εκτυπώσεις χωρίων εκκλησιαστικών πατέρων,
5. Φάκελος με στοιχεία για οικογένεια Ιατρίδη

α) "Ο όρος 'Ελλάς' κατά τον Ευγένιον τον Αιτωλόν και τον Ηλίαν Μηνιάτην",
β) "Σηλυβρίας τον γόνον και Αιγίνης τον έφορο",
γ) "Ο αειδίνητος Βόσπορος γιορτάζει",
δ) "Η θεία χάρις, η τα ασθενή θεραπεύουσα",
ε) "Το Πέραν πανηγυρίζει",
στ) "Αι ανά τους αιώνες μεταβολαί και αλλιώσεις... των τυπικών διατάξεων της Εκκλησίας Κ/πόλεως",
ζ) δελτία τύπου Οικουμενικού Πατριαρχείου

Αποτελείται κυρίως από χαρτόδετα τεύχη στα οποία διασώζεται η εισερχόμενη αλληλογραφία των πατριαρχών και των επιτρόπων τους με βάση συνήθως τη γεωγραφική της προέλευση (αλληλογραφία Ιερουσαλήμ και Παλαιστίνης, Συρίας και Αιγύπτου, «επαρχιών Τουρκίας», Μολδοβλαχίας και Ρωσίας, ή μερικοί ειδικότεροι φάκελλοι). Με μικρές εξαιρέσεις ανάγεται στις εξής δύο άνισες χρονικές περιόδους: (α) Αλληλογραφία των πατριαρχών Δοσιθέου και Χρυσάνθου (1669-1731)· (β) Αλληλογραφία από την εκλογή του πατριάρχη Αβραμίου (1775) ως το 1900. Οι αποστολείς είναι κυρίως άρχοντες και αξιωματούχοι, αρχιερείς και κοινοτικές αρχές, κληρικοί και λαϊκοί επίτροποι ή έξαρχοι ή πατριαρχικοί απεσταλμένοι στις Ορθόδοξες κοινότητες και τα υπόλοιπα αγιοταφίτικα μετόχια, δανειστές, δωρητές και προμηθευτές του πατριαρχείου, ή άλλοι ιδιώτες που ζητούσαν τη συνδρομή του.

Επιπλέον σώθηκαν: (1) Κώδικες αντιγράφων εξερχόμενης αλληλογραφίας, 1831-1911 (σχεδόν πλήρεις σειρές)· (2) κατάλοιπα των λογιστικών καταστίχων του Μετοχιού και άλλοι σκόρπιοι κώδικες του 18ου και 19ου αι.· (3) κατάλοιπα της ιδιαίτερης αλληλογραφίας του εξάρχου στην Αθήνα και το Ιάσι Αθανασίου Καμπάνη (1841-1861) και άλλων αγιοταφιτών στη Μολδοβλαχία, τη Ρωσία και αλλού· (4) αντίγραφα πρακτικών των συσκέψεων των «κυριαρχών» των Αγίων Τόπων και άλλα επίσημα έγγραφα για το μοναστηριακό ζήτημα της Μολδοβλαχίας· (5) συλλογή από 500 σχεδόν φιρμάνια, σουρέτια και άλλα επίσημα οθωμανικά έγγραφα από τα τέλη του 16ου αι. κ.ε., καθώς και μεταφράσεις τους· (6) διάφορα άλλα μεμονωμένα επίσημα ή ανεπίσημα έγγραφα και αντίγραφα (σιγίλλια, διπλώματα, συμφωνητικά, αποδείξεις, απογραφές, ομολογίες, λογαριασμοί, αφηγήσεις, εγκύκλιοι, σημειώματα, σχέδια, τηλεγραφήματα, συγχωροχάρτια κ.ά.), ενταγμένα ή όχι στην υπόλοιπη αλληλογραφία.

Έγγραφα από το αρχείο του πρώην Μητροπολίτη Ελευθερουπόλεως Σωφρόνιου (Σταμούλη), αλληλογραφία και άλλα στοιχεία του Θρακικού Κέντρου, του Οικουμενικού Πατριαρχείου και διάφορα έγγραφα που αφορούν την Ανατολική Θράκη και την Κωνσταντινούπολη, κυρίως, του πρώτου μισού του 20ού αιώνα.

Κ85α:
Αλληλογραφία Μητροπολίτη Ελευθερουπόλεως 1932-1956

Κ85β:

1. Εννιά (9) επιστολές του Οικουμενικού Πατριαρχείου (1918-1923).
2. Έξι (6) επιστολές της Αρχιγραμματείας και Υπογραμματείας της Ι. Συνόδου Κωνσταντινουπόλεως και τρεις (3) εγκύκλιοι.
3. Μία (1) επιστολή του Πατριάρχη Αντιόχειας Γρηγορίου.
4. Δύο (2) ισολογισμοί κοινοτήτων Μυριοφύτου.
5. Πέντε (5) Δελτία του Γραφείου Τύπου της Γενικής Διοίκησης Θράκης 1922.
6. Μία (1) εγκύκλιος του Αναπληρωτή Γενικού Διοικητή Θράκης Δεκάζου και
7. Δεκατέσσερα (14) αποτυπώματα σφραγίδων Μητροπόλεων και Σωματείων της Ανατολικής Θράκης.

Κ85γ:

1. Εικοσιεννιά (29) γράμματα Πατριαρχών, τοποτηρητών και προέδρων συλλόγων (1914-1926).
2. Εννιά (9) Εγκύκλιοι Πατριαρχείων (1919-1943).
3. Επτά (7) διάφορα έγγραφα εκκλησιαστικά (1911-1924).
4. Έξι (6) έγγραφα Ύπατης Αρμοστείας Κωνσταντινουπόλεως (1920).
   5.Εικοσιπέντε (25) έγγραφα Γενικής Διοικήσεως Θράκης και υπηρεσιών (1922-1923).
5. Τρία (3) έγγραφα κυβερνητικά (1932-1933).
6. Τέσσερα (4) διπλώματα συλλόγων (1892, 1919, 1927).
7. Τρία (3) έγγραφα σχετικά με τοπωνυμίες Ανατολικής Θράκης.
8. Πρακτικά συσκέψεων Βουλευτών Προσφύγων Θράκης (1929).
9. Έξι (6) έγγραφα Θρακικής Ενώσεως Κωνσταντινούπολης (1919-1920).
10. Έξι έγγραφα (6) Μητροπόλεως Μυριοφύτου.
11. Δύο (2) στατιστικά περιοχής Μυριοφύτου (1913-1923).
12. Δεκαέξι (16) δελτία Τύπου Γενικής Διοίκησης Θράκης (1920-1922).
13. Τέσσερα (4) διάφορα έγγραφα.
14. Δεκαέξι (16) αποτυπώματα σφραγίδων και δεκατέσσερα (14) αποκόμματα εντίτλων εγγράφων διαφόρων υπηρεσιών.

Κ85δ:

1. Είκοσι (20) γράμματα Οικουμενικών Πατριαρχών, τοποτηρητών, κ.λπ (1912-1931).
2. Ένα (1) έγγραφο του Πατριάρχη Αντιόχειας Γρηγορίου (1923).
3. Ένα (1) σημείωμα Κωδίκων Βέροιας-Ναούσης (1924).
   4.Οκτώ (8) έγγραφα Κεντρικής Επιτροπής Μετατοπισθέντων Πληθυσμών (1919).
4. Έξι (6) επιδοτήρια και προικοσύμφωνα (1919-1920).
5. Δύο (2) έγγραφα της Θρακικής Ένωσης Κωνσταντινουπόλεως (1919).
6. Τρεις (3) εγκύκλιοι Πατριαρχείων (1911-1921).
7. Επτά (7) έγγραφα σχετικά με τους διωγμούς του ελληνικού πληθυσμού στην Οθωμανική Αυτοκρατορία (1914).
8. Πέντε (5) Δελτία Τύπου (1921).
9. Δώδεκα (12) έγγραφα της Πολιτικής Διοικήσεως Θράκης (1921).
10. Τρία (3) έγγραφα υπουργείων (1924-1930).
11. Πέντε (5) καταστάσεις συμβολαίων κ.ά. Μυριοφύτου (1921-1924).
12. Δεκατρία (13) έγγραφα της Υποδιοικήσεως Μυριοφύτου (1920-1922).
    14.Δύο (2) έγγραφα της Διοικήσεως Ραιδεστού (1920).
13. Οκτώ (8) διάφορα έγγραφα της Μητροπόλεως Μυριοφύτου (1913-1920).
14. Μία (1) εγκύκλιος του Διοικητή 13ου Συντάγματος (1921).
15. Ένα (1) έντυπο "Ecoles Hellen, Bulgares, Serves en Macedoin",
16. Ένα (1) έντυπο "D. Russo, Din Corespondenta doameni Ana Racovita" (1708-1709) του 1911.
17. Ένα (1) Φιρμάνι ιδρύσεως Σχολής Πλατάνων (Μυριοφύτου) (1911).
18. Έξι (6) ενδεικτικά σπουδών της Μεγάλης του Γένους Σχολής (1888-1889).
19. Ένα (1) αντίγραφο διαθήκης του Θεμ. Γρηγορίου (1854).
20. Ένα (1) δίπλωμα Αδελφότητας Αγ. Ιωάννου Περιστάσεως (1919).
21. Οκτώ (8) επιστολές διαφόρων (1912-1922).
22. Δέκα (10) αποδείξεις πληρωμών σωματείων, κ.λπ. (1911-1917).
23. Εννιά (9) έγγραφα Αρχιγένειων Καθιδρυμάτων Επιβατών (1911-1912).
24. Ένα (1) έγγραφο της Επιτροπής προς ανέγερσιν σχολής εν Χαλκηδόνι (1920).
25. Ένα (1) έντυπο "Πασχάλιοις Πίναξ Πατριαρχείων" (1928).
26. Τέσσερα (4) διπλώματα διαφόρων εταιρειών (1895-1920),
27. Ένα (1) έντυπο "Πρόγραμμα Εθνικού Συνδέσμου Κωνσταντινουπόλεως" (1919).
28. Τρία (3) αποτυπώματα σφραγίδων.
29. Φάκελος με, περίπου, 100 επιστολές Κ. Μυρτίλου Αποστολίδου και αντίγραφα επιστολών Μ. Σταμούλη (1929-1942).

Κ85ε:
Φ. Ι:

1. Εννιά (9) γράμματα Πατριαρχικά και Τοποτηρητών (1919-1930).
2. Ένα (1) έγγραφο της Κεντρικής Επιτροπής Μεταναστεύσεως Πληθυσμών (1919).
3. Πέντε (5) έγγραφα Αρμοστειών και Γενικής Διοικήσεως Θράκης (1921-1923).
4. Δύο (2) έγγραφα Θρακικής Ενώσεως (1919).
5. Δύο (2) Πατριαρχικοί Εγκύκλιοι (1914, 1919).
6. Έντεκα (11) εικόνες.
7. Δύο (2) έγγραφα Υποδιοικήσεως Μυριοφύτου (1920, 1923).
   Φ. ΙΙ:
8. Επιστολές προς τον Μητροπολίτη Σωφρόνιο (Ν. Καζάζη, Π. Παπαγεωργίου, Σ. Λάμπρου, Α. Κουρτίδου, Γερμ. Στρινοπούλου, κ.ά.).
9. Δώδεκα (12) αποδείξεις Σωματείων.
10. Μία (1) Κεντρ. Επιτρ. Ζαγορισίου (1919).
    Φ. ΙΙΙ. Διάφορα στατιστικά επαρχίας Μυριοφύτου και Περιστάσεως.
    Φ. IV: Διάφορα διωγμών πληθυσμών Θράκης (1919-1923)
    Φ. V: Διακόσιες τριάντα τρεις (233) επιστολές Φ. Αποστολίδη, Γ. Βαλέτα, Ν. Βασιλειάδη, Κ. Βουτσόπουλου, Αθηνάς Γαϊτάνου Γιαννιού, Απ. Δοξιάδη, Λ. Εννάλη, Δ. Καμπούρογλου, Κορυτσάς Ευλογίου Κουρίλα, Κ. Κουρτίδη, Γ. Μπακαλάκη, Πολ. Παπαχριστοδούλου, Παντοκρατορινού Αθαν. Αρχιμανδρίτη, Σ. Παπαδοπούλου, Παραμυθίας Αθηναγόρου, Δ. Πασχάλη, Μεγ. Πρωτοσυγκέλλου Αδαμάντιου, Ν. Ροδοπούλου, Αχ. Σαμοθράκη, Έκτορος Σαραφίδου, Ι. Σπαθάρη, Τραπεζούντος Χρύσανθου, Τρωάδος Ευσταθίου, Μέν. Φιλήντα, βιογραφία Ξενοκράτους, Μ. Γεδεών.

Το αρχείο της Νομαρχίας Αττικής περιλαμβάνει έγγραφα που αφορούν τη δημόσια ασφάλεια (ζητήματα αστυνομικά, δικαστικά, κλοπών, ληστείας κ.ά), τις αρχαιότητες, ζητήματα εκλογικά, εκπαιδευτικά, εκκλησιαστικά, ιατρικά, δημοτικά, δημοσίων και δημοτικών έργων, στρατολογικά καθώς και ζητήματα σωματείων και εταιρειών.
Το αρχείο ως προς τη θεματολογία προσομοιάζει με τη θεματολογία των εγγράφων του Υπουργείου Εσωτερικών. Οι φάκελοι του αρχείου λειτουργούν συμπληρωματικά με τους φακέλους του αρχείου του Υπουργείου Εσωτερικών. Άλλωστε τα θέματα της δημόσιας ασφάλειας, των δημοτικών έργων και της δημόσιας υγείας εμπίπτουν στις αρμοδιότητες των νομαρχών και των επάρχων .

Το αρχείο αποτελείται από έγγραφα με προέλευση την Κίμωλο, κατανεμημένα σε δύο ενότητες: Η πρώτη ενότητα (φ. 1-2), που φέρει τίτλο «Αρχείον Πρωτοπρεσβυτέρου Ιωάννου Σπ. Ράμφου» περιλαμβάνει ποικίλα έγγραφα του 18ου και 19ου αιώνα, τα περισσότερα από τα οποία αφορούν την οικογένεια Ράμφου. Η δεύτερη ενότητα (φ. 3-4), με τίτλο «Αρχείον Αρχιερατικού επιτρόπου Κιμώλου» [Σπυρίδωνος Ι. Ράμφου] περιέχει αλληλογραφία και εγκυκλίους του Αρχιερατικού Επιτρόπου που καλύπτουν την περίοδο 1834-1903. Στο πρωτότυπο υλικό των φακέλων έχουν προσαρτηθεί μεταγενέστερα έντυπα με δημοσίευση των περιεχομένων του αρχείου.

Το μεγαλύτερο μέρος του αρχείου περιλαμβάνει τεκμήρια από την επαγγελματική δραστηριότητα του Σπ. Ζώη ως ιερέα και διδάσκοντα σε σχολεία της ομογένειας: αλληλογραφία με την Αρχιεπισκοπή Αμερικής και το Οικουμενικό Πατριαρχείο, από τη λειτουργία και τις δραστηριότητες ορθόδοξων ναών σε ελληνικές ενορίες διαφόρων περιοχών της Αμερικής, επίσης μεγάλο αριθμό έντυπου υλικού: εκπαιδευτικά βιβλία για χρήση των σχολείων των ελληνικών κοινοτήτων και κατηχητικών της Αμερικής, έντυπα της Αρχιεπισκοπής Βορείου και Νοτίου Αμερικής, έντυπα θρησκευτικών φορέων και οργανώσεων, και φωτογραφικό υλικό.

Περιοδικό Ποντιακή Εστία (τέυχη ετών 1975-2016), εβδομαδιαία έκδοση Πολεμικός τύπος (λείπουν 3 από τα 52 τεύχη της σειράς (2,48,49)). 8 έργα του ιδίου με τίτλο: 1. Βεροιώτικα και Ναουσαίικα σημειώματα. 2. Η Ελληνική Αστική Σχολή Βέροιας (1898-1908), όπως παρουσιάζεται μέσα από ανέκδοτο αρχειακό υλικό. 3. Οι ευεργέτες της Βέροιας. 4. Η θρησκευτική κατάσταση στη Βέροια κατά την εποχή της επισκέψεως του Αποστόλου Παύλου. 5. Ανέκδοτα στοιχεία για τη Μονή Τιμίου Προδρόμου "Σκήτη Βεροίας" (1825-1922). 6. Η κοινωνική προσφορά της Εκκλησίας στη Βέροια με βάση ιστορικά τεκμήρια. 7. Πανελλήνων Θρακών απαύγασμα. 8. Η Εκκλησία στον Αγώνα της Ελευθερίας.

Εγκύκλιοι της Ιεράς Συνόδου της Εκκλησίας της Ελλάδος προς τις Μητροπόλεις, για θέματα που αφορούν μοναστηριακά ζητήματα τις δύο πρώτες δεκαετίες του ελληνικού κράτους. Τα θέματα που καλύπτονται είναι διοικητικά, οικονομικά, εκπαιδευτικά: διαδικασία εκλογής ηγουμένων και έγκυρο των υπογραφών τους, συγκέντρωση των περιουσιακών στοιχείων των μονών που διατηρούνται και όσων καταργούνται, σύνταξη και αποστολή οικονομικών απολογισμών από τις μονές, αποστολή πολιτών για εκπαίδευση στη Ριζάρειο Σχολή και τις δυσκολίες των μονών να καλύψουν τα έξοδα συντήρησής τους, απότιση φόρου εκκλησιαστικού δέκατου, χειροτονίες πρεσβυτέρων. Αναφέρονται επίσης στις απαγορεύσεις υποθήκευσης και ενοικίασης μοναστηριακών κτημάτων, επιτροπείας ανηλίκων και ιδιωτικών περιουσιών από μοναχούς, απόδοση μοναχικού σχήματος σε φυγόστρατους, παροχής ασύλου σε ληστές. Περιέχεται επίσης ένας απολογισμός εσόδων – εξόδων της Μονής Πετράκη του έτους 1883.

Αλληλογραφία της Αμαλίας Κολοκοτρώνη με φορείς της Εκκλησίας για την ανέγερση ορθόδοξου ναού στη Γενεύη (αντίγραφα επιστολών, 1961-1966). Αλληλογραφία με φορείς της Εκκλησίας σε σχέση με την ίδρυση του Ελληνικού Ορθόδοξου Ιδρύματος του Οικουμενικού Πατριαρχείου στη Λωζάννη (Fondation Orthodoxe du Patriarchat Oecumenic) καθώς και για διάφορα ζητήματα (1966-1997).

Το αρχείο περιέχει αλληλογραφία, δικαστικά έγγραφα (αποφάσεις, κλητήρια θεσπίσματα, αποδεικτικά επίδοσης κ.ά.), αποδείξεις, εκθέσεις, υπομνήματα, πίνακες προσωπικού και πίνακες οικονομικών στοιχείων που αφορούν τη λειτουργία της «Χρυσαλίδος» και τις φορολογικές υποθέσεις των Στυλιανού και Κλεονίκης Παπαδοπούλου.

Το τμήμα του αρχείου που αφορά τη «Χρυσαλίδα» περιέχει υλικό που αναφέρεται στη μετατροπή της σε ανώνυμη εταιρεία, τις σχέσεις της με προμηθευτές κουκουλιών και εμπόρους των προϊόντων της (πτωχεύσεις, χρέη προς «Χρυσαλίδα», αγορά κουκουλιών, συμβάσεις κ.ά), εργατικά ζητήματα (κυρίως απολύσεις και αποζημιώσεις για εργατικά ατυχήματα) , την αγορά οικοπέδων στον Ποδονίφτη, τη μίσθωση κτημάτων της εταιρείας σε τρίτους, την επιβολή φορολογίας από τις κοινότητες Γουμένισσας, Νέας Χαλκηδόνας και το Δήμο Αθηναίων κά.

Το τμήμα του αρχείου που αφορά τον Στυλιανό περιλαμβάνει σημειώματα, ενστάσεις, εφέσεις και αποφάσεις επιτροπών επί των ενστάσεων διαφόρων εφοριών (Α΄ και Δ΄ εφορίας Πειραιά, Ζ΄ Αθηνών), αποφάσεις του Ελεγκτικού Συνεδρίου που αφορούν στους φορολογικούς ελέγχους για απόκρυψη κερδών της εταιρείας όταν ήταν ιδιωτική επιχείρηση και συγκεκριμένα για τα οικονομικά έτη 1916-1917 και 1921 έως 1927. Τα στοιχεία για τη δραστηριότητα της «Χρυσαλίδος» ως ιδιωτικής επιχείρησης, μπορούν να βρεθούν εδώ.

Το υλικό που αφορά την Κλεονίκη Παπαδοπούλου αναφέρεται σε κληρονομικά ζητήματα, μισθώσεις ακινήτων και διάφορες φορολογικές υποθέσεις της Κλεονίκης.

Το αρχείο περιλαμβάνει έγγραφα σχετικά με το Μετόχι του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων στην Αλιστράτη Σερρών:επιστολές Πατριάρχη Κύριλλου -επιτροπικό και απανταχούσα πρωτοσυγκελίας Σαμουήλ- (1848), αλληλογραφία Πατριάρχη Ιεροσολύμων με τον Έξαρχο του Παναγίου Τάφου αρχιμανδρίτη Γερμανό σχετική με οικονομικά ζητήματα -εκποίηση μετοχών Εθνικής Τραπέζης- (Φεβρουάριος-Ιούνιος 1878), επιστολές των επιτρόπων του Πατριάρχη, Κυρίλλου και Πολυκάρπου προς Γερμανό σχετικές με την κτηματική περιουσία του Παναγίου Τάφου και έγγραφα για δικαστικές υποθέσεις (1878-1887). Καταγραφές και κτηματολόγια κτημάτων Παναγίου Τάφου στις επαρχίες Δράμας, Ζίχνας και Σερρών (1828-1885), πωλητήρια και ενοικιαστήρια (1851-1879), καταγραφή επίπλων Μετοχίου στην Αλιστράτη (1882), αφιέρωση οικίας Μαυρούδας Γιάγκου (1885) και διάφορα τουρκικά έγγραφα -χοτζέτια, τεσκερέδες κλπ.- για τα παραπάνω κτήματα (1831-1906).

«Κτηματολόγιον Ιεράς Μονής Πετράκη». Στο εσωτερικό υπάρχει η ένδειξη: «Παρελήφθη τηv 15ηv Ioυλίoυ 1936 άvευ παραβoλής με τo πρoτότυπov». Πρόκειται για βιβλίο καταγραφής της κτηματικής περιoυσίας της I.Μovής Πετράκη (γήπεδα, αγροτικές εκτάσεις) στις περιοχές: Αθήναι, Αμαρούσιον, Κερατέα, Μενίδιον, Κορωπίον.

Το αρχείο περιλαμβάνει αλληλογραφία του Δ. Πετρακάκου, έγγραφα σχετικά με τους διορισμούς και τις απολύσεις του, ομιλίες και άρθρα του, διπλώματα, εφημερίδες, φωτογραφίες, προσωπικά κ.ά. Περιλαμβάνει επίσης τρία έγγραφα της περιόδου 1879-1891 που αφορούν τον πατέρα του Νικόλαο Πετρακάκο.

Προεπαναστατικά έγγραφα των ετών 1451-1820: λιθογραφημένο αντίγραφο του 19ου αι. από χρυσόβουλο του Κωνσταντίνου Παλαιολόγου (1451).
Νοταριακά έγγραφα από την περιοχή της Κεφαλληνίας (1653, 1671, 1689)· αντίγραφό της προκήρυξης της Μεγάλης Αικατερίνης προς τους Έλληνες με την οποία τους καλεί να εξεγερθούν (1769)· εκκλησιαστικά των ετών 1684-1803· οθωμανικοί τίτλοι ιδιοκτησίας για αγοραπωλησίες κτημάτων, ελαιοδένδρων κ.ά. στις περιοχές Αθηνών, Λιβαδειάς, Τήνου, Μυκόνου, Αίγινας και αλλού (1768-1820)· φορολογικό κατάστιχο της περιοχής Πύργου της Τήνου (1805).
Έγγραφα των ετών 1821-1827: αναφορές και επιστολές αγωνιστών, χρεωστικές ομολογίες, πωλητήρια κ.ά. Έγγραφα φιλελλήνων (1822-1828, 1853). Αναφορές, διαταγές, εγκύκλιοι του Ιωάννη Καποδίστρια (1828-1831).
Οθωνικά (1832-1861): επιστολές προς τον βασιλιά Όθωνα και απαντήσεις του ίδιου (1840-1853)· πιστοποιητικά συμμετοχής στον Αγώνα· χρεωστικές ομολογίες και αποδείξεις πληρωμών· βασιλικά διατάγματα Όθωνα και Αμαλίας.
Επιστολές του Γεωργίου Α’ και της βασίλισσας Όλγας (1878-1879). Διαθήκη της Aspasie von Schottenberg (1927).

Η συλλογή περιλαμβάνει τις παρακάτω μικρές μονάδες και τα λυτά έγγραφα, που περιήλθαν στην κατοχή του Δαμιανού Κυριαζή από αγορές του ίδιου, καθώς και από το αρχείο της οικογένειας Μαυροκορδάτου.
Μικρές Συλλογές:
1) Εκκλησιαστικά έγγραφα (1691-1861)
2) Δικαιοπρακτικά έγγραφα (1712-1840): χρεωστικές ομολογίες, κατάστιχα.
3) Αρχείο Πασχάλη Βασιλείου (1778-1798) και Αμπελακίων (1793-1818)
4) Επιστολές Ιωάννη Καποδίστρια προς Νικόλαο Καλλέργη (1828-1830)
5) Επιστολές Αδαμαντίου Κοραή προς Chardon de la Rochette (1796)
6) Έγγραφα Φιλελλήνων (1795-1840): αναφορές, αλληλογραφία του H. Fauvel προς τον Cousinery, αυτόγραφα του Fabvier, κ.ά.
7) Αλληλογραφία εμπορικού περιεχομένου (1733-1839)
8) Έγγραφα Ηγεμόνων Μολδοβλαχίας (1714-1849): Μαυρογένη, Καρατζά, Σούτσου, Υψηλάντη
9) Οικογενειακό αρχείο Μουρούζη (1792-1826)
10) Έγγραφα Αγωνιστών (1820-1865)
11) Αρχείο αδελφών Ποστολάκα (1819-1850)
12) Αυτόγραφα του βασιλιά Όθωνα (1840-1856): επιστολές, διατάγματα, σημειώματα
13) Αρχείο Σπυρομήλιου (1829-1868)
14) Δικαιοπρακτικά Ιονίων νήσων (1638-1860): Σφραγίδες Επτανήσου και Πάργας
15) Αρχείο αδελφών Παπαδάκη (1820-1823)
16) Αρχείο Αλή Πασά (1794-1836).Το κύριο σώμα του αρχειου βρίσκεται στη Γεννάδειο Βιβλιοθήκη.
17) Αρχείο A. Bassano (1800-1847)
18) Οικογενειακό αρχείο Δεληγεώργη (1837-1881)
19) Αρχείο Ιωάννη Παπαρρηγόπουλου (1797-1848). Έγγραφα Κωνσταντίνου και Μαρίας Ι. Παπαρρηγοπούλου (1863-1907) ˑ Λουκία Νεγρεπόντη (1904-1933)
20) Ανακτορικό Κεντρικό Ταμείο (1867, 1895, 1908-1913)
21) Αρχείο René Puaux (π. 1917-1935): σημειώσεις, αλληλογραφία, βιβλιογραφία κ.ά. για θέματα που τον απασχόλησαν, όπως: γαλλογερμανικές σχέσεις (18ος – 19ος αι.), φιλελληνικά θέματα, Α’ Παγκόσμιος πόλεμος κ.ά.
22) Οθωμανικά έγγραφα (1809-1898)
23) Μονόφυλλα (1781-1939)

Οικογενειακό αρχείο Μαυροκορδάτου
Αρχείο Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1820-1865): έγγραφα αναφερόμενα στον Κωνσταντίνο, Δημήτριο και Ανδρέα Μεταξά των ετών (1820-1854) ˑ προκηρύξεις του Αλέξανδρου Υψηλάντη ˑ επιστολες του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου ˑ έγγραφα της Φιλικής Εταιρείας κ.ά. (1820-1823). Αλληλογραφία Γεωργίου Πραΐδη (1821-1822). Επιστολές, αυτόγραφα και η διαθήκη του Λόρδου Βύρωνα (1823-1824).
Έγγραφα των ετών 1824-1827 ˑ έγγραφα και επιστολές των ετών 1832-1841. Αλληλογραφία Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1842-1865) ˑ προσωπικά έγγραφα, ημερολόγια κ.ά.
Αρχείο Χαρίκλειας Μαυροκορδάτου (1837-1885): περιλαμβάνει κυρίως αλληλογραφία των ετών (1837-1871), προσωπικά ημερολόγια (π. 1867-1884), καθώς και έγγραφα αναφερόμενα στο θάνατό της (1884-1885).
Αρχείο Γεωργίου Μαυροκορδάτου (1858-1902): αλληλογραφία, λογαριασμοί, αποκόμματα τύπου για το θάνατο του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1865), σημειώσεις, βιβλιογραφικά δελτία (1858-1902).
Αρχείο Νικολάου Μαυροκορδάτου (1857-1903): προσωπικά ημερολόγια Νικολάου Μαυροκορδάτου (1857-1893) ˑ αντίγραφα επιστολών του Νικολάου Μαυροκορδάτου προς διαφόρους (1859-1903). Αναφορές προς το Υπουργείο Εξωτερικών υπό την αρμοδιότητά του ως πρεσβευτή στις πόλεις: Παρίσι (1882-1886), Πετρούπολη (1886-1889) και Κωνσταντινούπολη (1889-1902). Έγγραφα σχετικά με τα καθήκοντά του ως Νομάρχη της Κέρκυρας. Οικογενειακή αλληλογραφία (1859-1903). Διπλώματα, παράσημα, γενεαλογικά Μαυροκορδάτων. Έντυπα, μονόφυλλα, πορτρέτα σε λιθογραφίες ˑ δελτία της βιβλιοθήκης Νικολάου Μαυροκορδάτου.
Αρχείο Ελένης Μαυροκορδάτου (1801-1917): αλληλογραφία (1872-1917) ˑ κτηματικά Ρουμανίας (1834-1906) ˑ συμβόλαια ακινήτων της οικογένειας στην Αθήνα (1866-1914) ˑ προσκλήσεις (1866-1890) ˑ λογαριασμοί (1896-1916). Κτηματικά της οικογένειας Balsch στη Ρουμανία: Bloesti, Bobulesti, Halaucesti, κ.ά. (1847-1888). Υπόθεση Sion (1835-1836). Οικογενειακά και κτηματικά οικογένειας Μουρούζη (1801-1903).
Φάκελος Σοφίας Balsch και Δημήτρη Μαυροκορδάτου (1851-1894)
Αρχείο Αλέξανδρου Νικ. Μαυροκορδάτου (1870-1895): έγγραφα σπουδών και σταδιοδρομίας (1877-1893). Οικογενειακές επιστολές, γάμος με Ραλλού Μουρούζη, μονομαχία (1889-1895) ˑ επιστολές (1870-1893). Έγγραφα σχετικά με τη γεωδαιτική υπηρεσία (1890-1892) ˑ επιστολές (1893-1895) ˑ υδροδότηση Λάρισας (1892) ˑ λογαριασμοί (1873-1875) ˑ τοπογραφικές εργασίες (1888-1889).
Φάκελος Σοφίας Ν. Μαυροκορδάτου – Σούτσου (1875-1926): αλληλογραφία, λογαριασμοί Αλέξανδρου Σούτσου.
Φάκελος Γεωργίου Ν. Μαυροκορδάτου (1882-1883): μαθητικά τετράδια και σχολικές σημειώσεις.
Οικογενειακό αρχείο Μπαλτατζή (1774-1924)
Προσωπικά έγγραφα Δημητρίου Μπαλτατζή (1774-1825). Κτηματικά κυρίως οθωμανικά έγγραφα οικογένειας Μπαλτατζή (1844-1907). Επιστολές προς τον Νικόλαο Μπαλτατζή (1893) ˑ κατάστιχα των ετών (1841-1844) και (1853-1854).
Επιστολές προς τον Γεώργιο Μπαλτατζή (1893-1899) και (1900-1904) ˑ οικογενειακή αλληλογραφία (1899-1902). Έγγραφα Υπουργείου Εξωτερικών (1921). Αποκόμματα τύπου για τη δίκη των έξι (1922). Συλλυπητήριες επιστολές (1922). Έγγραφα του Εμμανουήλ (Νώλη) Μπαλτατζή (1898-1924).

Γράμματα πατριαρχικά και συνοδικά, πατριαρχική απανταχούσα (περγαμηνό), σιγίλλια, επιβεβαιωτήρια, πρωτότυπα ή αρχαία απόγραφα καθώς και δύο (2) επίσημα γράμματα, ανάμεσά τους και σιγίλλιο του Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Μητροφάνους Γ΄ σχετικά με την ανανέωση προνομίων της Μονής Μετεώρων.

1. Δεκαέξι (16) τακρίρια (takrir) των Πατριαρχών Κωνσταντινούπολης, Ιπεκίου και Αχρίδας (Αρχιεπισκοπής) προς την Υψυλή Πύλη, ορισμένα εκ των οποίων φέρουν αυτόγραφες διαταγές του Σουλτάνου και σημειώσεις του Δεφτερδάρη (defterdar).
2. Έξι (6) αναφορές του Μεγάλου Βεζύρη στο βοεβοδιλίκι Αθηνών και σε επαναστατικά κινήματα στην Πελοπόννησο και τη Μυτιλήνη.
3. Πέντε (5) έγγραφα αναφερόμενα στα προνόμια των παρά τη Οθωμανική Αυτοκρατορία ξένων και ελληνικών αρχών.

Συλλογή πατριαρχικών και εκκλησιαστικών εγγράφων και σιγιλλίων: σιγίλλιο του Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Κυρίλλου Α΄ (Λουκάρεως) (1620), του Πατριάρχη Διονυσίου Δ΄ σχετικά με τη Μονή Ευαγγελιστρίας Ζαγαρά (1679), του Κυρίλλου Ε΄ για τη Μονή της Υπεραγίας Θεοτόκου της Ζωοδόχου Πηγής στη νήσο Πιπέρι Αλοννήσου (1753), του Γρηγορίου του Ε΄σχετικά με τη Μονή Ευαγγελιστρίας Ζαγαρά (1798), κ.ά.

1. Οθωμανικά έγγραφα, εκ των οποίων ένα φιρμάνι, του 19ου αιώνα για την περιοχή της Καβάλας.
2. Προϋπολογισμός δαπάνης για την κατασκευή ανδριάντα του Γρηγορίου του Ε΄ στη Δημητσάνα (1899)
3. Έγγραφα της οικογένειας Καμπανάρη: αποδείξεις καταβολής χρημάτων στην Τράπεζα της Κρήτης (1901) και το Κοινωφελές Ταμείο Κρήτης (1904), συμβολαιογραφικές πράξεις (1901-1912) και έντυπη απεικόνιση της σύνθεσης του γλύπτη Γιάννη Καμπανάρη με θέμα "Η εξέγερση της Κρήτης".
4. Έγγραφο της Εταιρείας Σιδηροδρόμων Πειραιώς - Αθηνών - Πελοποννήσου σχετικά με την αύξηση του μισθού του επιθεωρητή Ευθ. Καζάκου (1903).
5. Έγγραφα της Δ/νσης Επιμελητείας του Γ΄ Σώματος Στρατού, της Σχολής Υπαξιωματικών και άλλων στρατιωτικών υπηρεσιών σχετικά με ζητήματα επιμελητείας και λειτουργίας στρατιωτικών σχολών.
6. Ποιήματα των Κυπριώτη και Πολέμη που απαγγέλθηκαν στο Ελληνικό Προξενείο Μανσούρας (Αίγυπτος) και στη Δημαία Σχολή Μανσούρας για την εκατονταετηρίδα της Ελληνικής Επανάστασης.
7. Προκήρυξη των Τούρκων στρατιωτών προς τους Έλληνες στρατιώτες κατά τη Μικρασιατική Εκστρατεία.
8. Ανυπόγραφη επιστολή προς τη βασίλισσα της Ελλάδας (1931;).
9. Επιστολή προς τον στρατηγό Δούσμανη από το Παρίσι (1932).
10. Εγκύκλιοι της Μητρόπολης Δράμας, Φιλίππων και Νευροκοπίου (1933-1939) και έγγραφο του Πρωτοσύγκελου του Ιεράς Μητρόπολης Δράμας προς το Υπουργείο Παιδείας σχετικά με τις βουλγαρικές βιαιοπραγίες κατά την κατάληψη της Δράμας και της Ανατολικής Μακεδονίας (Ιούνιος 1941).
11. Φάκελος Συνταγματάρχη Θεοχάρη με υπηρεσιακή αλληλογραφία για ζητήματα κυρίως επιμελητείας και προμηθειών (1939-1944).
12. Ασπρόμαυρη φωτογραφία έφιππου αξιωματικού.
13. Προκηρύξεις Ε.Ο.Ν. (1940-1941)
14. Λιθογραφημένο μήνυμα του Γεωργίου Β΄ προς τους στρατιώτες του αλβανικού μετώπου για το νέο έτος (1940-1941).
15. Ποίημα "Η Ελλάδα θα ζήση" της Δέσπω Παναγιωτίδη.
16. Αντίγραφο επιστολής των Ελλήνων του Καΐρου προς τον πρόεδρο της Ελληνικής Κυβέρνησης Αλ. Παπάγο σχετικά με αναπήρους και θύματα πολέμου.

Το αρχείο του μητροπολίτη Τραπεζούντος και αρχιεπισκόπου Αθηνών Χρύσανθου (Κομοτηνή 1881-Αθήνα 1949) περιλαμβάνει υπηρεσιακή αλληλογραφία, προσωπικά έγγραφα, φύλλα και αποκόμματα εφημερίδων, υπομνήματα, εκθέσεις και αναφορές, χειρόγραφες και δακτυλόγραφες σημειώσεις, έντυπα, φωτογραφίες, χάρτες που αφορούν την εκκλησιαστική και πνευματική δράση του και αποτελείται από 10 φακέλους.
Οι δύο πρώτοι φάκελοι (φάκελοι 1 και 2) του αρχείου του Χρύσανθου αφορούν την υπηρεσία του ως αρχειοφύλακα του Πατριαρχείου και μητροπολίτη Τραπεζούντος μέχρι το διορισμό του ως αντιπροσώπου του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Ελλάδα το 1926. Το υλικό αποτελείται από υπομνήματα, αλληλογραφία και αποκόμματα εφημερίδων που αφορούν τη δράση του για την αυτοδιάθεση του Πόντου και την αντίθεσή του στην εκλογή του Μελέτιου Μεταξάκη ενώ περιλαμβάνονται επίσης πρωτότυπα και φωτοτυπημένα αντίγραφα των εφημερίδων Εκκλησιαστική Αλήθεια και Οι Κομνηνοί, άδειες διδασκαλίες από μητροπόλεις της Μικράς Ασίας, αποδείξεις αγοράς βιβλίων από το Leipzig και λίγα τεκμήρια σχετικά με το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας (Μελέτιος Μεταξάκης) και την συμμετοχή του Χρύσανθου στην Επιτροπή για τον καθορισμό κανονικού συστήματος για την οργάνωση και τη διοίκηση μητροπόλεων των Νέων Χωρών.
Στους φακέλους 3 και 4 συγκεντρώθηκε το υλικό που αφορά την υπηρεσία του ως αντιπροσώπου του Οικουμενικού Πατριαρχείου στην Ελλάδα: αλληλογραφία, εκθέσεις, αναφορές και υπομνήματα κυρίως για τα ζητήματα των παλαιοημερολογιτών, του Πατριαρχείου Αντιοχείας, των σχέσεων με το Βατικανό, της διαχείρισης των περιουσιών της Μονής Ιωάννη Θεολόγου στην Πάτμο και των πατριαρχικών και σταυροπηγιακών μονών Σάμου. Καλύπτονται επίσης η δράση της Χ.Α.Ν-Χ.Ε.Ν. στην Ελλάδα, η λειτουργία της φοιτητική στέγης «Αθηνά» του Όμηρου Πιζάνη στο Βερολίνο και των των σχολών: Αθωνειάδο, Αναργύρειο και Κοργιαλλένειο Σχολή Σπετσών κ.ά. Περιέχεται, τέλος, αλληλογραφία με τον μητροπολίτη Χαλκηδόνος Μάξιμο, το Οικουμενικό Πατριαρχείο, και διάφορους μητροπολίτες. Το υλικό χαρακτηρίζεται από αποσπασματικότητα.
Οι φάκελοι 5 και 6 αφορούν την Αρχιεπισκοπή Αθηνών: αλληλογραφία με ιερείς Ελλάδος, διάφορα υπομνήματα, αποδείξεις Κοινωνικής Πρόνοιας Στρατευμένων, φάκελοι υποθέσεων υπουργείου Παιδείας και Θρησκευμάτων, μήνυση του Θεοδόσιου Σπεράντζα, λειτουργία της Σιβιτανίδειου Σχολής κ.ά. Σημαντικά είναι τα σχέδια νόμου με χειρόγραφες σημειώσεις του Χρύσανθου που αφορούν τον Καταστατικό Νόμο της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Στον φάκελο 7 συγκεντρώθηκε το υλικό σχετικά με την εκθρόνισή του (που καλύπτεται συστηματικότερα), τη δράση του στην Κατοχή (υπομνήματα κ.ά.) και την περίοδο 1945-1949 (αλληλογραφία).
Ο φάκελος 8 περιλαμβάνει εισερχόμενη αλληλογραφία του Χρύσανθου και στον φάκελο 9 συγκεντρώθηκαν χειρόγραφα και δακτυλόγραφα κειμένων του Χρύσανθου, δημοσιευμένα κείμενα, αποκόμματα και ποικίλο άλλο υλικό.
Το φωτογραφικό υλικό (δύο άλμπουμ και λυτές φωτογραφίες του Χρύσανθου, αρχιερέων και προσωπικοτήτων και φωτογραφίες από τον Πόντο) συγκεντρώθηκε στον φάκελο 10.
Το υλικό που παρήγαγε ο Τασούδης και περιλαμβάνεται στο αρχείο Χρύσανθου (φάκελοι 11 και 12) αποτελείται από δοκίμια του δεύτερου και τρίτου βιβλίου του, φύλλα και αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών σχετικά με την αναγγελία και την κριτική των βιβλίων του στον Τύπο, την δημοσίευση επιστολών του Τασούδη σε εφημερίδες (κυρίως στην Εστία) σχετικά με διάφορα θέματα που αφορούν σε υποθέσεις που χειρίστηκε ο Χρύσανθος, δημοσιεύματα που αναφέρονται στη δράση του Χρύσανθου, αλληλογραφία του με διαφόρους κ.ά. (1949-1992).
Τα εμπροσθόφυλλα των παλιών φακέλων του αρχείου διατηρήθηκαν και συγκεντρώθηκαν στον φάκελο 13.