Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκθαλάσσωσης θαλασσίων χελωνών
Β. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις για έκδοση και ανανέωση αδειών αλιείας καθώς και απόπλου για αλιεία στα διεθνή ύδατα, έγγραφα επιτροπής ελέγχων ιχθυοπαγίδων, στατιστικά στοιχεία σπογγαλιείας, έγγραφα περί χορήγησης αδειών οστρακοκαλλιέργειας και αλιείας δολωμάτων, έγγραφα αλιευτικών ελέγχων εν όψει τριημέρου Καθαράς Δευτέρας και περιόδου Σαρακοστής
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί μετεγγραφών σκαφών, κατάπλου κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών.

Άδειες αλιείας, δηλώσεις απωλειών, παράνομες πράξεις αλιείας, ανακοινώσεις προαγωγών, χορηγήσεις Ψ.Π., αναζητήσεις σκαφών, μέτρα ασφαλείας, απογραφόμενοι ναυτικοί προσφερόμενοι για ναυτολόγηση, χορηγήσεις βεβαιώσεων Θ.Υ., αιτήσεις για έκδοση άδειων οδήγησης ταχύπλοου σκάφους κ.τ.ό.

Απαγόρευση εξόδου από τη χώρα σε διωκόμενα άτομα. Παράνομη αλιεία με χρήση εκρηκτικών. Δραστηριότητα του κατηργημένου Λιμενικού Σταθμού Γερακινής. Ασκήσεις αντιαεροπορικών βολών. Παράνομη αλιεία. Δραστηριότητα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας. Εισπράξεις υπέρ Λιμενικού Ταμείου 1987-1993. Δικαιολογητικά ΝΑΤ, Δραστηριοποίηση ΓΕΝΕ, προκήρυξη κατάταξης δοκίμων λιμενοφυλάκων, μέτρα τάξεως.

Μειοδοτικοί διαγωνισμοί δρομολογιακών γραμμών, έλεγχος αλιείας, αλιεία με εκρηκτικά, αλιευτικές επιθεωρήσεις, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, μητρώα απογραφής ναυτικών - εργατών θαλάσσης, φύλλα ελέγχου πλοίων, πρακτικά απόπλου, πειθαρχικές και ποινικές υποθέσεις προσωπικού, μετεκπαίδευση και επιμόρφωση προσωπικού Λιμενικού Σώματος, μεταθέσεις, τοποθετήσεις, αποσπάσεις κτλ.

Πληρώματα αλιευτικών. Δελτία καιρού. Αναγγελίες βολών. Έλεγχος πλοίων. Ποικίλα θέματα: ρύπανση θάλασσας και ακτών, κίνηση θαλαμηγών, έλεγχος δικτύων σκαφών, δικαιολογητικά ναύλωσης πλοιαρίων, έλεγχοι σκαφών για παράνομη αλιεία, ετήσια γενική επιθεώρηση σκαφών, ατυχήματα στη θαλάσσια αλιεία και σπογγαλιεία, εκτίσεις ποινών αλιευτικών σκαφών, αναγγελίες θυέλλης, πεδία βολής.

Ατυχήματα σκαφών, αλληλογραφία με Λιμενικές Αρχές για ναυτικά ατυχήματα, δελτία συμβάντων, αποφάσεις επιβολής προστίμου, ναυάγια–ανελκύσεις, κλοπές–αναζητήσεις πλοίων, ρύπανση από πλοία, επιστολές-καταγγελίες ναυτεργατικών θεμάτων, ναυάγιο Jupiter, παραβάσεις παράνομης αλιείας, θέματα Διεύθυνσης Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, Συνεδριάσεις του Συμβουλίου Ακτοπλοϊκών Συγκοινωνιών (Σ.Α.Σ.), ναυλολόγιο.

Υποβολή δελτίου συμβάντων, αλιευτικές επιθεωρήσεις-παραβάσεις, παράνομη εκτέλεση έργων εντός αιγιαλού-παραλίας-θάλασσας, λαθρομετανάστευση, υποβολή δελτίων ναυτικών ατυχημάτων, έκδοση αδειών αστυνομικής φύσης για εκτέλεση έργων εντός ζώνης λιμένα, έκθεση για την κατάσταση οργανωμένου εγκλήματος στην ΕΕ.

Διακοπή λειτουργίας φάρου, λειτουργία κινητής γέφυρας πορθμού Ευρίπου, ποινολόγιο κυβερνητών και αλιέων-παράνομη αλιεία, ατομικός φάκελος Λ/Φ Τριανταφυλλάκου Π., ατομικός φάκελος Λ/Φ Κορνέζου Κ., ατομικός φάκελος Λ/Φ Παναγιώτου Στ., ατομικός φάκελος Λ/Φ Κοντογιαννίδου Κ., ατομικός φάκελος επικ/στη Λ.Σ. Κατσιάπη Δ., πειθαρχικές ποινικές υποθέσεις προσωπικού, ατομικός φάκελος αρχ/στης Λ.Σ. Χρας Γ., ατομικός φάκελος Κ/στη Λ.Σ. Νικολοπούλου Ασ., ατομικός φάκελος επικ/στη Λ.Σ. Ζαλαώρας Ιωάν., στατιστικά στοιχεία πλοίων-αργούντα πλοία, βιβλίο πλοίων με ξένη σημαία (τιμωρηθέντα για παραβάσεις αλιευτικής νομοθεσίας).

Αρχειακό υλικό του Κεντρικού Λιμεναρχείου Θεσσαλονίκης και των γραφείων που υπάγονται σε αυτό, του Π.Ο.Ν.Θ., των Λιμενικών Τμημάτων Ν. Μουδανιών και Κατερίνης: Βιβλία καυσίμων. Πρωτόκολλο παράδοσης-παραλαβής πλωτού σκάφους και περιπολικών, πιστοποιητικά επιθεώρησης πνευστής σωστικής σχεδίας, πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής τηλεπ/κού υλικού 1974-1982. Φάκελοι αλληλογραφίας και αποστολής Επιδοτηρίων Λιμενικών Αρχών 1990-1991. Φάκελοι άδειας Οστρακαλιείας. Μέτρα τάξης κατά την απο-επιβίβαση επιβατών και οχημάτων στα Ε/Γ-Ο/Γ πλοία 1990-1992. Φάκελος εσωτερικής αλληλογραφίας Τμήματος Γραμματείας με ΛΑ/Δικαστικό 1990-1995. Φάκελος ΛΑ/Δικαστικού: διαβιβαστικά αποφάσεων και κλήσεων σε λιμενικές και αστυνομικές Αρχές 1992-1993. Διοικητικά θέματα, 1986-1992, ρύπανση θάλασσας 1980-1996, φάκελος Νηολογίων 1996. Πίνακες διαφόρων δαπανών Υγειονομικής Περίθαλψης 1994. Από το Α΄ Λ/Τ Ν.Μηχανιώνας: 1 φάκελος Γαλάζιες σημαίες της Ευρώπης 1997. Από Β΄ Λ/Τ Ν.Μουδανιών: 1 φάκελος Παράνομη αλιεία-άδειες αμμοληψίας- αλληλογραφία με Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων 1995-1997. 3 φάκελοι αδειών πετρέλευσης πλοίων 1996-1997. 11 φάκελοι αδειών σκαφών, γρι-γρι, κ.λπ. Από το Γ΄ Λ/Τ Κατερίνης: 1 Βιβλίο καταγγελιών για παράνομη αλιεία 1992-94. 8 φάκελοι ποικίλων θεμάτων. Από το Δ΄ Λ/Τ Ν. Μαρμαρά: 1 φάκελος κίνησης Θ/Γ σκαφών 1991-1994. Ατυχήματα πλοίων 1986. Από το Λ/Σ Πλαταμώνα: 1 φάκελος ποικίλων θεμάτων 1986-1994. Από Οίκο Ναύτου 1 φάκελος Υγειονομικών. Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: α) Αιτήσεις-εγκρίσεις φορτοεκφόρτωσης επικίνδυνων φορτίων 1988. β) Βιβλίο καταγγελιών παράνομης αλιείας 1985-1989. γ) Άδειες ανέλκυσης-καθέλκυσης 1995-1999. δ) Άδειες πετρέλευσης 1996, 1999. Γραφείο Μικρών Σκαφών: Αιτήσεις έκδοσης-ανανέωσης ατομικών αδειών αλιείας (ερασιτεχνικές/επαγγελματικές) 2000. Τμήμα Ναυτολογίας: Ναυτικοί που έτυχαν προστασίας λόγω ασθενείας ή ατυχήματος. Σημειώματα ΓΕΝΕ των προς ναυτολόγηση ναυτικών έως και 1999. Τμήμα ΛΑ/ΓΓΑ: σχετικά με άδειες καταδυτικών εργασιών, εκδηλώσεις στους χώρους λιμανιού, λειτουργία πλωτών αναψυκτηρίων, άδειες ναυτικών πρακτόρων κ.λπ. Έγραφα του ΠΟΝ Θεσσαλονίκης. Εγκρίσεις φορτοεκφόρτωσης επικίνδυνων ειδών 2000-2001. Φάκελος φορτοεκφόρτωσης φορτίου χύμα πετρελαίου-αερίων σε δεξαμενόπλοια 2001. Φάκελοι του Γραφείου Ασφάλειας με Βεβαιώσεις Ναυτολόγησης-Απόλυσης αλλοδαπών ναυτικών 2001-2003. Φάκελος του Γραφείου Επιστασίας. Φάκελοι του Γρ. Ναυτολογίας (κύρωση συλλογικής σύμβασης εργασίας για πλόες στον Περσο-αραβικό Κόλπο, 1990. Φάκελος Υγειονομικού Ελέγχου αλιευμάτων 2001. Αγγελίες – Κ/Π – Α/Π πλοίων σημαίας εξωτερικού και εσωτερικού 2015. Βεβαιώσεις ναυτολόγησης και απόλυσης αλλοδαπών ναυτικών 2015. Αγγελίες – Κ/Π – Α/Π Κ/Ζ 2012. Καταχωρήσεις σημάτων SCHENGEN-SIRENE 2012. Έντυπα πληροφοριακών στοιχείων για είδος φορτοεκφορτωθέντων πετρελαιοειδών φορτίων έτους 2013.Υπηρεσιακά σημειώματα ελεγχθέντων πλοίων ετών 2013-2014. Φύλλα εκθέσεων επιθεωρήσεων MARPOL ετών 2013-2014. Έγγραφα του ΚΛΘ/Β’ Λ/Τ Ν. Μουδανιών και του Κ.Λ.Θ./Δ’ Λ/Τα Πλαταμώνα.