Το αρχείο αποτελείται από πέντε υποφακέλους. Απαντούν τετράδια με αντιγραφές αρχαίων χειρογράφων, κείμενα ή σχόλια που αφορούν τον Πλάτωνα, τον Πλούταρχο, τον Ωριγένη, τον Λιβάνιο κ.ά., αποσπάσματα αντιγραμμένα από λατινικά χειρόγραφα, κείμενα και μεταφράσεις στα λατινικά. Επιπλέον βρίσκουμε κείμενα θεολογικά, αποκρυφιστικά, αστρολογικά, για τα αιγυπτιακά μυστήρια και τις ανατολικές θρησκείες. Συναντούμε κείμενα των νεοτέρων χρόνων, κυρίως του 17ου αιώνα, μεταγραμμένα εκκλησιαστικά έγγραφα, σύντομα «χρονικά» και βιογραφίες εκκλησιαστικών προσώπων, κυρίως των νεοτέρων χρόνων της Δύσης και της Ανατολής. Επίσης ποιήματα νεοελληνικά, γαλλικά, λατινικά και ιταλικά και παλαιά μυθιστορήματα, κυρίως γαλλικά. Κάποια υστεροβυζαντινά κείμενα, τετράδια ή μεμονωμένα κείμενα που αφορούν σε τόπους, όπως η Κρήτη και η Κύπρος. Τα περισσότερα κείμενα συνοδεύονται από σχόλια ή σημειώσεις στο περιθώριο ή στο τέλος τους.

Χειρόγραφα, δακτυλόγραφα, σχεδιάσματα και δημοσιεύσεις ποιημάτων και κριτικών μελετών του Θ. Ξύδη πάνω σε θέματα που αφορούν την αρχαία, μεσαιωνική και νεοελληνική γραμματεία (κυρίως τη βυζαντινή υμνογραφία, το έργο του Ά. Σικελιανού και του Κ. Παλαμά, την ιστορία της Ηλείας), τη νεοελληνική γλώσσα και την εκπαίδευση. Κρίσεις λογοτεχνών και λογίων και άλλες δημοσιευμένες αναφορές στο έργο του, προσωπική (κυρίως ευχαριστίες και κρίσεις για έργα του) και οικογενειακή αλληλογραφία, προσωπικά τεκμήρια και οπτικοακουστικό υλικό (φωτογραφίες και μαγνητοταινίες).