Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Δικαστικά Στοιχεία: ποινικές καταστάσεις
Β. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα ελέγχων στελέχωσης πλοίων, πίνακες προσεγγίσεων πλοίων υπό κοινοτική σημαία και σημαία Τρίτων Χωρών στο Λιμένα Γυθείου, άδειες απόπλου πλοίων
Γ. Στοιχεία ναυτικών: απογραφές ναυτικών, κατάλογοι ναυτικών προσφερόμενων για ναυτολόγηση, υποβολές ναυτικών φυλλαδίων για χορήγηση πιστοποιητικών θαλάσσιας υπηρεσίας, αιτήσεις ανανέωσης ναυτικού φυλλαδίου, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, παραπεμπτικά προς φοίτηση στην Δημόσια Σχολή Σωστικών και Πυροσβεστικών Μέσων (Δ.Σ.Σ.Π.Μ.).

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα για διαγωνισμό δοκίμων λιμενοφυλάκων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού
Β. Οικονομικά Στοιχεία: συγκεντρωτικοί πίνακες και δικαιολογητικά καυσίμων, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και εκπαιδευτικών επιδομάτων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Γ. Στοιχεία Πλοίων: μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, δελτία απόπλου και κινήσεως του πλοίου «Μυρτιδιώτισσα», πίνακες με αποπλεύσαντα πλοία από το λιμάνι του Γυθείου, έγγραφα ανανεώσεως άδειας σκαφών
Δ. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα κλήσεως μαρτύρων
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου: πρωτόκολλα διοικητικής Επιθεώρησης.