Το αρχείο αφορά την αναγνώριση των τίτλων ιδιοκτησίας οθωμανικών κτημάτων από Έλληνες, στις περιοχές που, βάσει διεθνών συνθηκών, δεν θεωρήθηκε ότι κατέχονται από ελληνικά στρατεύματα την περίοδο της υπογραφής των συνθηκών της Ανεξαρτησίας (Θήβα, ν. Φθιώτιδος, Φωκίδος, Εύβοια, ν. Αττικής). Περιέχονται: αλληλογραφία της Επιτροπής με το Υπουργείο Οικονομικών, το Υπουργείο Εξωτερικών, νομάρχες, οικονομικούς εφόρους, κ.ά. Επίσης, αιτήσεις Ελλήνων για αναγνώριση ιδιοκτησίας, πωλητήρια και συμβολαιογραφικά έγγραφα (χοτζέτια και ταπιά σε οθωμανική γραφή και μετάφρασή τους). Πρωτόκολλα εξερχομένων της Επιτροπής, αποδεικτικά παραλαβής τίτλων, ευρετήρια κλπ.

Το αρχείο της Μικτής Επιτροπής μαζί με το αρχείο των Εθνικών Κτημάτων αναδεικνύουν τις διαδικασίες με τις οποίες το ελληνικό κράτος και έλληνες υπήκοοι απέκτησαν κυριότητα επί των οθωμανικών γαιών μετά την Επανάσταση.

Φιρμάνι προς το μουχαφίζη του Ευρίπου (1744)· χοτζέτια, ταπιά κι άλλοι τίτλοι διαφόρων κτημάτων στη Λειβαδιά, στην Κάπραινα και αλλού στη Βοιωτία και στη Λοκρίδα· διάφορα έγγραφα για μισθώσεις τσιφλικιών ή μουκατάδων κλπ. στις ίδιες περιοχές· ναυλοσύμφωνο του 1806 και δανειακές συμφωνίες των προκρίτων της Λειβαδιάς· έκκληση «χαρεμιού» για ανταλλαγή αιχμαλώτων (1822) και 4 έγγραφα του 1823 (ίσως από την Εύβοια)· επίσης λίγα έγγραφα για υποθέσεις Τούρκων στις περιοχές Κρατόβου, Κουμανόβου κλπ.