Το αρχείο περιλαμβάνει όλες τις χειρόγραφες παρτιτούρες του συνθετικού έργου του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου σε χρονολογική ταξινόμηση από το 1931 έως το 1989· συμφωνική μουσική, έργα για μεμονωμένα ή περισσότερα οργανικά σύνολα, έργα μουσικής δωματίου, χορωδίας κ.ά.
Προγράμματα συναυλιών με έργα του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου (1938-1989)· ραδιοφωνικά προγράμματα, εκτελέσεις και αναμεταδόσεις έργων του από το ραδιόφωνο (1939-1989).
Έγγραφα σχετικά με την υποτροφία της U.N.E.S.C.O. (1949-1950).
Αναφορές, συνεντεύξεις, ανακοινώσεις (1936-1989)· έγγραφα σχετικά με τη διεξαγωγή του διαγωνισμού σύνθεσης «Βασίλισσα Ελισάβετ του Βελγίου» (1953)· την ίδρυση και τις δραστηριότητες του Ελληνικού Συνδέσμου Σύγχρονης Μουσικής (Ε.Σ.Σ.Υ.Μ., 1965).
Αλληλογραφία εκτεταμένη, κυρίως επιστολές προς τον Γιάννη Α. Παπϊωάννου (1950-1989)· επιστολές των μαθητών του· οικογενειακή αλληλογραφία.
Τιμητικές διακρίσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό, βραβείο Gottfried von Herder (1970), βραβείο Ακαδημίας Αθηνών (1983) κ.ά.
Διαλέξεις (1963-1975)· μαθηματικές ασκήσεις· βιογραφικά στοιχεία· προσωπικές ατζέντες και σημειωματάρια του συνθέτη. Δημοσιεύματα για το έργο του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου μετά το θάνατό του.

Έγγραφα Ιωάννη, Γεωργίου και Αικατερίνης Καρατζά των ετών (1832-1876). Υπηρεσιακά έγγραφα Κωνσταντίνου Ζωγράφου (1834-1840)· πρακτικά συνεδρίασης με έλληνες εμπόρους συμβουλευτικού περιεχομένου (1839-1840).
Τέσσερα φύλλα της εφημερίδας Αθηνά (1840).
Επιστολές των: Prokecsh Osten, George Grote, Vladimir Brunet de Presle (1847-1863).
Έγγραφα σχετικά με την είσοδο του Δημητρίου Καλλέργη στη στρατιωτική σχολή του St Cyr (1853).
Οικογενειακή αλληλογραφία, κυρίως προς Ελένη Μαυροκορδάτου (1891).
Λεύκωμα του Φωκίωνα Ρωκ με προσκλήσεις, ενθυμήματα, αυτόγραφα προσωπικοτήτων και χαρακτικά (π. 1818-1868).
Ατομικά έγγραφα και τιμητικά διπλώματα του Φωκίωνα Ρωκ: εκλογή του ως μέλους της Αρχαιολογικής Εταιρείας (1837)· διορισμός του ως προξένου στη Μάλτα (1848)· δίπλωμα απονομής παρασήμου του αργυρού σταυρού των Ιπποτών από τον βασιλιά Όθωνα (1849)· απονομή παρασήμου του στρατού της Λεγεώνος της Τιμής από τον πρόεδρο της Γαλλικής Δημοκρατίας (1850)· διαβατήρια (1862, 1870).
Αλληλογραφία του Φωκίωνα Ρωκ με τον Κωνσταντίνο Μαργαρίτη για οικονομικές δοσοληψίες (1846-1851)· επιστολές διαφόρων προς τον Φωκίωνα Ρωκ (1851-1871)· αποδείξεις-λογαριασμοί (1850-1860)· σχέδια επιστολών του Φωκίωνα Ρωκ προς διαφόρους παραλήπτες (1863-1871)· προσκλήσεις σε κοινωνικές εκδηλώσεις, επισκεπτήρια.
Σημειώσεις ιστορικού περιεχομένου του Περικλή Αργυρόπουλου με τίτλο: «Συνταγματικαί προσπάθειαι του 1841» και αντίγραφα επιστολών από το αρχείο του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου (1895-1936).