Το αρχείο αποτελείται:
Μηνιαίο δικαιολογητικό αντιγράφου βιβλίου καταγγελιών, Τριμηνιαίο δικαιολογητικό παράνομων έργων αιγιαλού & παραλίας, Μηνιαίο δικαιολογητικό Προστίμων, Δελτία τύπου, Δελτία καιρού, Καταστάσεις μισθοδοσίας, Μπλοκ ΜΤΝ & ΕΚΟΕΜΝ, Άδειες εκτέλεσης πλόων επαγγελματικών σκαφών (δείγμα), Θαλάσσια μέσα αναψυχής, Μηνιαίο δικαιολογητικό Πίνακας στοιχείων αδειών χειριστών ταχ. σκαφών, Μηνιαίο δικαιολογητικό Κίνηση πλοίων, Μηνιαίο δικαιολογητικό Ναυτιλιακή Κίνηση, Μηνιαίο δικαιολογητικό θερμοκρασία θάλασσας, Οστρακαλιεία-οστρακοκαλλιέργεια, Προστασία Μεσογειακής Φώκιας-Θαλάσσιων Θηλαστικών, Μηνιαίο Δελτίο Συμβάντων.

Φάκελοι Τμημάτων: Λιμενικής Αστυνομίας- Ναυτολογίας, Γραφείου Νηολογίων και Γραφείου Γραμματείας.