Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων και καταστάσεις κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια κίνησης πλωτών, πιστοποιητικά επιβατηγών και οχηματαγωγών πλοίων, πιστοποιητικά γραμμής φόρτωσης πλοίων και ασφαλούς διαχείρισης, έγγραφα και βιβλία περί απόπλου και δρομολογίων πλοίων, άδειες σκοπιμότητας πλοίου στη γραμμή Πούντας – Ελαφονήσου – Νεάπολης Βοιών, άδειες πετρελαίου, άδειες λειτουργίας τηλεπικοινωνιακού σταθμού πλοίων, άδειες VHF, έγγραφα περί επιθεωρήσεων πλοίων, ναύλων, εθνικότητας πλοίων, άγονης γραμμής Κυθήρων – Αντικυθήρων, τακτικής δρομολόγησης στην γραμμή Ελαφόνησος – Πούντα, μεταφοράς επικίνδυνων φορτίων, φάκελοι πλοίων: «Ελαφόνησος», «ΒΕΡΟΝΙΚΗ», «Χρυσή Άμμος», «Μαράκι», «ΑΘΗΝΑ», «Ανδρέας ΙΙ», «ΕΤΖΙΑΝ ΓΚΛΟΡΥ», «ΡΟΜΙΛΝΤΑ», «ΔΕΛΦΙΝΙ Ι», «ΔΕΛΦΙΝΙ ΙΙ», «ΔΕΛΦΙΝΙ V», «ΔΕΛΦΙΝΙ XIV», «ΣΠΥΡΙΔΟΥΛΑ», «ΕΛΑΦΙ», «ΔΩΡΑ», «ΜΥΡΤΙΔΙΩΤΙΣΣΑ», βιβλία ημερήσιας αναφοράς και παρουσίασης πληρώματος, έγγραφα περί σύνθεσης πληρωμάτων και καθορισμού συνδέσεως πληρωμάτων επιβατηγών – οχηματαγωγών, φωτογραφίες του επιβατηγού – οχηματαγωγού «ΜΑΡΘΑ»
Β. Οικονομικά στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεων και εκμισθώσεων θαλάσσιων μέσων αναψυχής, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και καυσίμων, καταστάσεις μισθοδοσίας προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επιδομάτων και αμοιβών πληρωμάτων, καταστάσεις ενοικίου οικήματος Λιμεναρχείου.
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα διαγωνισμών δοκίμων υπαξιωματικών και λιμενοφυλάκων, μηνιαία προγράμματα βαρδιών προσωπικού, έγγραφα περί νυχτερινής απασχόλησης, ατομικοί φάκελοι των υπηρετούντων στο Λιμεναρχείο Νεάπολης Βοιών και στους Λιμενικούς Σταθμούς Αγίας Πελαγίας, Καψαλίου, Ελαφονήσου και Μονεμβασίας
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δελτία συμβάντων, πίνακες παραβάσεων και ατυχημάτων. Έγγραφα περί προστίμων, ατυχημάτων εργασίας στη θάλασσα, παραβάσεων κανονισμού λιμένος, ύποπτων σκαφών και καταζητούμενων λέμβων
Ε. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Διευθύνσεις και Τμήματα Υπαξιωματικών και Λιμενοφυλάκων, Διοικητικής Μέριμνας, Προγραμματισμού, Οργάνωσης και Εκπαίδευσης – Μετεκπαίδευσης, Απλούστευσης Διαδικασιών και Ποιότητας Υπηρεσιών, Υγειονομικού, Έρευνας και Διάσωσης, Νομοπαρασκευαστικής Εργασίας, έγγραφα περί αντιμετώπισης κλοπών, διεξαγωγής παιγνίων, συναλλάγματος, βουλευτικών και δημοτικών εκλογών, λειτουργίας θαλάσσιων λουτρών και ύπαρξης λουόμενων και ναυαγοσωστών
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: κατάλογοι και δικαιολογητικά ανέργων ναυτικών.
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις και άδειες κινήσεως αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αλιευτικών επιθεωρήσεων και προστίμων, έγγραφα περί σπογγαλιείας
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: στατιστικά στοιχεία δραστηριοτήτων Λιμενικού Σώματος.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα κοινών εισερχομένων εγγράφων και εισερχομένων σημάτων, βιβλία ταχυδρομικής υπηρεσίας Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας, υποβολές εντύπων επιθεώρησης υλικών και μέσων απορρύπανσης, έγγραφα περί μεταφοράς νεκρών, εξαφάνισης ανηλίκων, ναυτικών ατυχημάτων και ελέγχων αλκοτέστ
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί των δρομολογίων των πλοίων «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Αγιαννάκης» και «Κάτω Νησί», πίνακες εκδοθέντων εισιτηρίων επιβατών ανά λιμένα, έγγραφα περί διακίνησης επιβατών την Καθαρά Δευτέρα, πίνακες καταχώρισης λέμβων, στατιστικά στοιχεία ναυτιλιακής κίνησης, βιβλία διαίρεσης φυλάκων πληρώματος
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλία αδειών προσωπικού, έγγραφα περί του υπηρετούντος προσωπικού στους Λιμενικούς Σταθμούς Μονεμβασίας και Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Ελέγχων - Απολογισμοί: έγγραφα περί ετησίου ελέγχου συμμόρφωσης υπόχρεων λιμενικών εγκαταστάσεων, απολογισμού προστασίας της θάλασσας, ελέγχου φορτηγών οχημάτων, εξαμηνιαία δελτία δραστηριότητας λιμενικής αρχής
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: πίνακες προστίμων, έγγραφα περί εφαρμογής νόμων και κοινών υπουργικών αποφάσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.