Το Αρχείο χαρακτηρίζεται από πλούσια θεματολογία με κύριους άξονες τη διπλωματική, εθνική, βουλευτική και συγγραφική δραστηριότητα του Δραγούμη. Χρονικά καλύπτει τα τέλη του 19ου και τα πρώτα είκοσι έτη του 20ου , μια από τις πλέον ενδιαφέρουσες περιόδους της νεοελληνικής ιστορίας. Το Μακεδονικό Ζήτημα αλλά και το σύνολο των εθνικών διεκδικήσεων της Ελλάδας την περίοδο αυτή φωτίζονται από το πλήθος του αρχειακού υλικού που απόκειται στις ενότητες του Αρχείου. Αφορά επίσης την περίοδο των Βαλκανικών Πολέμων καθώς επίσης και εκείνη του Πρώτου Παγκόσμιου Πολέμου. Εμπεριέχει εξάλλου πλήθος προσωπικών στοιχείων που αποτυπώνουν γλαφυρά τη ζωή, τις ενασχολήσεις και τα ενδιαφέροντα του δημιουργού του μέσα από γραπτά του κείμενα, την αλληλογραφία του και το φωτογραφικό υλικό.

Ενότητα Ι (ΙΑ και ΙΒ): Αλληλογραφία
Στην ενότητα ΙΑ έχει ενταχθεί τμήμα της προσωπικής και της επαγγελματικής αλληλογραφίας του Ίωνα δραγούμη, σύμφωνα με την πρώτη κατάταξη του υλικού από τον Φίλιππο Δραγούμη. Η ταξινόμηση, η καταλογογράφηση, και η αναλυτική περιγραφή κάθε μίας από τις επιστολές της ενότητας αυτής πραγματοποιήθηκαν από τον Δρ. Αλέξη Μάλλιαρη. Όλες οι επιστολές έχουν ψηφιοποιηθεί και βρίσκονται στην ψηφιακή βιβλιοθήκη της ΑΣΚΣΑ (Digital Library).

Το δεύτερο μέρος της Ενότητας Αλληλογραφία ΙΒ του Ίωνα Δραγούμη αποτελεί η οικογενειακή αλληλογραφία. Ας σημειωθεί ότι σώζεται το σύνολο σχεδόν της πολυπληθούς αλληλογραφίας του αυτής, εισερχόμενης αλλά και εξερχόμενης, δεδομένου ότι ο Φίλιππος Δραγούμης φρόντισε να συγκεντρώσει και να ενσωματώσει στο αρχείο του αδελφού του και τις πρωτότυπες επιστολές του τελευταίου προς την οικογένειά του. Εξάλλου πλήθος επιστολών επαγγελματικής φύσεως απαντώνται και στις υπόλοιπες ενότητες του Αρχείου. Τα λοιπά μέρη της Αλληλογραφίας καθώς και οι ενότητες που ακολουθούν έχουν ταξινομηθεί και καταλογογραφηθεί απο την αρχειονόμο/ιστορικό Δρ. Ελευθερία Δαλέζιου.

Ενότητα ΙΙ: Ημερολόγια-Σημειωματάρια
Η ενότητα περιλαμβάνει τα τετράδια ημερολογιών του Δραγούμη, σημειωματάρια, λυτά σημειώματα και επιστολές που καλύπτουν χρονικά την περίοδο 1894-1920.

Ενότητα ΙΙΙ: Κείμενα λογοτεχνικά και πολιτικά
Η ενότητα περιλαμβάνει χειρόγραφα και τυπογραφικά δοκίμια άρθρων και βιβλίων του Δραγούμη, αλληλογραφία του Φίλιππου Δραγούμη σχετικά με την έκδοση βιβλίων και άρθρων μετά το θάνατο του Δραγούμη, συγκεντρωτικούς πίνακες δημοσιευμάτων καθώς και χειρόγραφα, προσχέδια κειμένων και σημειώσεις του Δραγούμη για πολιτικά και μη δημοσιεύματα.

Ενότητα IV: Υπηρεσιακά Υπουργείου Εξωτερικών και παράλληλες δραστηριότητες
Η ενότητα περιλαμβάνει κείμενα, σημειώσεις, έντυπα και αλληλογραφία για τις εξής θεματικές: για τον Μακεδονικό Αγώνα, τη δραστηριότητά του Δραγούμη στα ελληνικά προξενεία στη Μακεδονία, Θράκη και Ανατολική Ρωμυλία, στην Κωνσταντινούπολη και τη συμμετοχή του στην Οργάνωση Κωνσταντινουπόλεως, τα εθνικά ζητήματα καθώς και την ενασχόλησή του με τον Εκπαιδευτικό Όμιλο, τον Νουμά και την Πολιτική Επιθεώρηση.

Ενότητα V: Κοινοβουλευτική δράση - Εξορία
Η ενότητα περιλαμβάνει σημειώσεις, αλληλογραφία και έντυπο υλικό σχετικό με την κοινοβουλευτική του δράση καθώς επίσης και τις διεθνείς σχέσεις της Ελλάδας την περίοδο 1915-1920 (ουδετερότητα της Ελλάδας, Α’ Παγκόσμιος Πόλεμος, επέμβαση των Μεγάλων Δυνάμεων στα εσωτερικά της Ελλάδας.) Στην ενότητα αυτή βρίσκεται υλικό αναφορικά με τα δύο υπομνήματα του Δραγούμη στο Συμβούλιο της Ειρήνης (1918-9 Παρίσι) κατά τη διάρκεια της εξορίας του στην Κορσική και τη Σκόπελο καθώς και αποκόμματα τύπου.

Ενότητα VI: Προσωπικά (Προσωπικά έγγραφα –φωτογραφίες- αντικείμενα)
Η ενότητα περιλαμβάνει προσωπικά έγγραφα του Δραγούμη, τετράδια μαθητικών και φοιτητικών χρόνων καθώς και φωτογραφικό υλικό.

Ενότητα VII: Ποικίλα
Η ενότητα περιλαμβάνει χειρόγραφα του Περικλή Γιαννόπουλου, του Ν. Φαρδύ καθώς και χειρόγραφο του ποιήματος ‘Πατρίδες’ του Κ. Παλαμά με ιδιόχειρο σημείωμα του ποιητή προς τον Ίωνα Δραγούμη.

Ενότητα VIII: Υλικό συγκεντρωθέν από τον Φίλιππο Δραγούμη μετά τη δολοφονία του Ίωνα
Η ενότητα περιλαμβάνει υλικό που συγκεντρώθηκε από τον Φίλιππο Δραγούμη μετά το θάνατο του αδελφού του: συλλυπητήριες επιστολές και τηλεγραφήματα, υλικό της δίκης για τη δολοφονία του Ίωνα Δραγούμη, αλληλογραφία για την ανέγερση στήλης στην μνήμη του, αποκόμματα εφημερίδων καθώς και έντυπα από την προσωπική βιβλιοθήκη του Ίωνα Δραγούμη.

Το αρχείο του Φ.Δ. xαρακτηρίζεται από μία πλούσια μακεδονική θεματολογία σε πολιτικό, τοπικό κυρίως επίπεδο (τοπική πολιτική ιστορία Δυτικής Μακεδονίας) και σε εθνικό (εθνικές διεκδικήσεις). Χαρακτηρίζεται επίσης από μία τάξη και εσωτερική διάρθρωση που συμβαδίζει με την “πολιτική αταξία” της εποχής που έζησε. Παράλληλα, είναι φανερό ότι το αρχείο τηρήθηκε από τον δημιουργό του, με ιδιαίτερη φροντίδα και έγνοια να διασωθεί η παραμικρή λεπτομέρεια και να καταγραφεί κάθε ενέργεια.

Στο αρχείο υπάρχουν τα χειρόγραφα σχέδια απαντητικών επιστολών καθώς και η τελική δακτυλογραφημένη μορφή τους, σχεδόν για κάθε επιστολή που ελάμβανε. Ετσι ο αναγνώστης έχει πλήρη εικόνα των θέσεων και απόψεων του αποστολέα αλλά και του παραλήπτη. Υπάρχουν επίσης όλες οι μορφές των κειμένων του, από την πρώτη γραφή μέχρι την τελική, όπου παρεμβάλλονται διορθώσεις (ουσιαστικές και μη), προσθαφαιρέσεις κ.λ.π. Είναι ιδιαίτερα ενδιαφέρουσα η παρακολούθηση της εξέλιξης ενός κειμένου για τη μελέτη της προσωπικότητας του δημιουργού του. ΄Ενα άλλο χαρακτηριστικό του αρχείου ήταν τα πολλαπλά δακτυλογραφημένα αντίγραφα (5-10 για πολλά έγγραφα) και τα πολλαπλά αποκόμματα εφημερίδων.

Το αρχείο του Φ.Δ. αναφέρεται κυρίως στην περίοδο του Μεσοπολέμου και στον Εμφύλιο, που είναι από τις πλέον περίπλοκες και συγκεχυμένες περιόδους της νεοελληνικής ιστορίας. Η μεταφορική “αταξία” του αρχείου, συνίσταται σε μια συνεχή, διάχυτη αίσθηση και εντύπωση, ότι σχεδόν όλα τα θέματα, της πρώτης κυρίως ενότητας, είναι αλληλένδετα και συναντιώνται σε όλους τους φακέλους, και αυτό γιατί τα περιεχόμενα των φακέλων επικαλύπτονται ή έχουν εκ των πραγμάτων θεματική συνάφεια και συνέχεια. Η αποτύπωση της ιστορικής περιόδου άφησε τα ίχνη της στη διάρθρωση του αρχείου στο οποίο απεικονίζονται η προσωπική δράση και τα ενδιαφέροντα του δημιουργού του.

Ο κύριος όγκος του αρχείου, είναι επικεντρωμένος στα εθνικά και πολιτικά θέματα της Μακεδονίας και κυρίως, της Δυτικής. Αλλά τα εθνικά θέματα που αντιμετωπίζει η χώρα είναι αναγκαστικά και πολιτικά, ενώ τα πολιτικά συνίστανται σε κομματικά, βουλευτικά, εκλογικά, οικονομικά, εκπαιδευτικά και κυβερνητικά θέματα. Είναι προφανές ότι η αλληλεπίδραση και η αλληλεξάρτηση όλων των παραπάνω θεμάτων και των ανθρώπων που εμπλέκονται δημιουργούν ένα σύμπλεγμα διαλεκτικών σχέσεων, με ιστορική διάρκεια μέσα στο χρόνο.