Το Μουσείο διαθέτει μικρή συλλογή εβραϊκών εφημερίδων, η σηματικότερη των οποίων είναι η "Le Progrès de Salonique" του έτους 1911. Επίσης έχουν συγκεντρωθεί ψηφιακά αντίγραφα των δωσιλογικών εφημερίδων της Κατοχής, για το σύνολο σχεδόν των φύλλων τους.

Το αρχείο αποτελείται από δύο ενότητες. Στην πρώτη εντοπίζονται τα τεκμήρια από την ακαδημαϊκή, κυρίως, πορεία του Ι. Δεληγιάννη. Περιέχονται ακόμη τεκμήρια που σχετίζονται με διοικητικές θέσεις που κατείχε καθώς και με την κοινωνική του δράση. Συμμετοχή σε συνέδρια, εισηγήσεις, άρθρα καθώς και υλικό σχετικά με το οικογενειακό δίκαιο (σημαντικά κρίνονται τα τεκμήρια που σχετίζονται με τις νομοπαρασκευαστικές επιτροπές για την ανανέωση του οικογενειακού δικαίου). Ακόμη, τεκμήρια από το διδακτικό έργο του Ι. Δεληγιάννη, πλούσια αλληλογραφία με συναδέλφους του και ιδρύματα, τεκμήρια από τις διοικητικές θέσεις που κατείχε στο ΑΠΘ, στο ΑΧΕΠΑ και σε πλήθος άλλων φορέων και ιδρυμάτων και τεκμήρια από τη θητεία του ως υπουργού Μακεδονίας Θράκης.
Στη δεύτερη ενότητα εντοπίζονται τεκμήρια (δικόγραφα) από υποθέσεις που ανέλαβε το νομικό γραφείο του Ι. Δεληγιάννη. Περιέχονται πολλές υποθέσεις διαζυγίων, εργολαβιών, ακινήτων, εταιρικών και αστικών διαφορών. Σημαντικά για την ιστορία τηςελληνικής συνδικαλιστικής ιστορίας κρίνονται τα τεκμήρια που αφορούν την παραπομπή της Ελλάδας στο Διεθνές Γραφείο Εργασίας το 1965 από την εκδιωγμένη διοίκηση της ΓΣΕΕ. Ενδιαφέρον για την ιστορία της εβραϊκής κοινότητας της Θεσσαλονίκης παρουσιάζουν πλήθος δικογράφων που σχετίζονται με αγωγές εβραίων ιδιωτών κατά άλλων ιδιωτών, του ελληνικού δημοσίου και του Οργανισμού Περιθάλψεως και Αποκαταστάσεως Ισραηλιτών Ελλάδος.
Λίγες ψηφιοποιημένες φωτογραφίες του Ι. Δεληγιάννη.

3 κατάστιχα, 21 φάκελοι με τίτλους ιδιοκτησίας, 25 φάκελοι με έγγραφα της αντιπροσωπείας εισαγωγών - εξαγωγών Χ. Κοντού και Ε. Μοδιάνο. Αντικείμενο της επιχείρησης αποτελεί η εισαγωγή και εξαγωγή κυρίως σιδήρου και μεταλλευμάτων από ναυάγια πλοίων, αλλά και διάφορων άλλων προϊόντων. Περιλαμβάνονται 17 φάκελοι και ντοσιέ που περιέχουν αγωγές, μηνύσεις, εμπορική αλληλογραφία, τιμολόγια, φορολογικές υποθέσεις κ.λπ. της επιχείρησης Ερρίκου Μοδιάνο (Henri Modiano) και Χαραλάμπους Κοντού.

Εμπορική αλληλογραφία Ανωνύμου Εταιρείας Αντιπροσωπειών Ισαάκ Μ. Ασσέο. Ο Ισαάκ Μ. Ασσέο ήταν μέτοχος της Α.Ε. Αντιπροσωπειών Ισαάκ Μ. Ασσέο και Γενικός Αντιπρόσωπος της γαλλικής Ασφαλιστικής Εταιρείας "Nationale" στην Θεσσαλονίκη.

Το προπολεμικό αρχείο της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης (ΙΚΘ) καλύπτει πολλές πλευρές της πληθωρικής λειτουργίας της. Μετά την ένταξη της Θεσσαλονίκης στην Ελλάδα και την πυρκαγιά του 1917, η ΙΚΘ έπρεπε να προσαρμοστεί στο νέο κρατικό περιβάλλον και βρέθηκε υποχρεωμένη να φροντίσει για χιλιάδες άστεγες οικογένειες. Στο αρχείο της αντανακλάται η ανάπτυξη κοινωφελών δραστηριοτήτων στο πλαίσιο της εβραϊκής κοινότητας λόγω φτώχειας που προκάλεσαν η παγκόσμια ύφεση και ο επαγγελματικός κορεσμός μετά την εγκατάσταση προσφύγων, αλλά και λόγω έλλεψης στέγης.
Το αρχείο περιλαμβάνει ενότητες σχετικές με την ακίνητη περιουσία της ΙΚΘ, ληξιαρχικές πράξεις γεννήσεων, προγαμιαίες δηλώσεις, πιστοποιητικά του Μπέιτ-Ντιν (ιερατικού δικαστηρίου), αναφορές για τους εβραϊκούς συνοικισμούς, μητρώα και λογιστικά βιβλία των ισρηλιτικών σχολείων, καταστατικά και ισολογισμούς ΙΚΘ, λογιστικά κατάστιχα, πρακτικά του κοινοτικού συμβουλίου, έγγραφα σχετικά με το πολυπληθές προσωπικό της ΙΚΘ, αλληλογραφία μεταξύ της αρχιρραβινείας και κοινοτικού συμβουλίου, αλληλογραφία της ΙΚΘ με υπουργεία, έγγραφα για την παραγωγή και διανομή του άζυμου άρτου, καταστατικά και λογιστικά βιβλία εβραϊκών κοινωφελών ιδρυμάτων και έγγραφα σχετικά με το προσωπικό τους, ισολογισμούς και συναφή τεκμήρια. Επίσης, αρχείο σχεδίων και διαγραμμάτων συναγωγών και κοινοτικών κτηρίων.

Το ΕΜΘ φυλάσσει φωτοτυπίες περίπου 4105 δηλώσεων περιουσιών (1943) των εβραίων της Θεσσαλονίκης και μητρώου περίπου 2000 διαχειριστών εβραϊκών καταστημάτων επί Κατοχής, που αφορούν τη Θεσσαλονίκη.

Η ενότητα αυτή σχηματίστηκε με δωρεές τεκμηρίων από εβραϊκές οικογένειες της Θεσσαλονίκης. Περιλαμβάνει επιστολές, πιστοποιητικά και άλλα τεκμήρια.

Περιλαμβάνει τα κατάλοιπα του συγγραφέα της Histoire des Israelites de Salonique, του Dictionnaire du Judeo-Espagnol και άλλων, καθώς και χειρόγραφα των έργων του και ανέκδοτες εκδοχές τους.

Επιστολόχαρτα με έντυπη φίρμα Εβραίων επιχειρηματιών, δικηγόρων, μηχανικών κ.λπ. της Θεσσαλονίκης.

Έγγραφο απονομής του τίτλου ιπποσύνης "Cavaliere del Suo Ordine della Corona d' Italia" στον Elia Modiano από τον βασιλιά της Ιταλίας Βίκτωρα-Εμμανουήλ.

Ψηφιακό αρχειακό υλικό που σχηματίστηκε μετά από φωτογράφηση εγγράφων σε δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς σχετικά με την παρουσία των εβραίων στη Θεσσαλονίκη και την εβραϊκή επιχειρηματικότητα. Επίσης, με τη συνδρομή του Δήμου Θεσσαλονίκης σχηματίστηκε συλλογή αρχιτεκτονικών σχεδίων των εβραιόκτητων εμπορικών κτηρίων (αποκλειστικά καταστήματα και γραφεία) που ανεγέρθηκαν στη Θεσσαλονίκη τη δεκαετία του 1920 και αποτέλεσαν το νέο εμπορικό κέντρο της.
Από το αρχείο της πυρίκαυστης ζώνης του 1917 εντοπίστηκαν οι λησμονημένες θέσεις των παλαιών συναγωγών της Θεσσαλονίκης και από το κοινοτικό αρχείο οι θέσεις και οι φωτογραφίες των κοινοτικών κτηρίων του μεσοπολέμου.
Επίσης, στοιχεία για εβραίους μαθητές και μαθήτριες που κατοικούσαν στη Θεσσαλονίκη πριν το Ολοκαύτωμα συγκεντρώθηκαν στην ψηφιακή εφαρμογή "Χαρτογραφώντας την παιδική ηλικία", η οποία περιέχει πληροφορίες για κάθε μαθητή.

Το αρχείο χωρίζεται σε δύο βασικές ενότητες, το προπολεμικό και το μεταπολεμικό αρχείο. Οι φωτογραφίες καλύπτουν θέματα όπως το εβραϊκό νεκροταφείο, εβραϊκά σχολεία και μαθητές, εβραϊκοί σύλλογοι, συναγωγές και κοινοτικά κτήρια, οικογενειακά πορτρέτα, επαγγέλματα, κοινωνικές και κοινοτικές εκδηλώσεις κ.ά.

7 φάκελοι που περιέχουν ασφαλιστήρια συμβόλαια, λογιστικούς πίνακες, αποδείξεις, εγκυκλίους, αλληλογραφία. 3 φάκελοι που περιέχουν 51 προτάσεις που αφορούν Ισραηλίτες. 84 έγγραφα καταβολής χρημάτων καθώς και εξοφλητικές αποδείξεις πληρωμής. Περίπου 200 επιστολές και ποικίλα έγγραφα της εταιρείας.

14 εκθέσεις εφοριακού ελέγχου σε ισάριθμες επιχειρήσεις Εβραίων επιχειρηματιών της Θεσσαλονίκης, έτους 1942.

Περιλαμβάνει δεκάδες υποθέσεις εβραίων της Θεσσαλονίκης μετά τον πόλεμο, αλλά και πολλές υποθέσεις της Τράπεζας 'Ενωσις, της οποίας ιδιοκτήτης υπήρξε ο Γιοσέφ Νεχαμά και εκκαθαριστής ο Θεόδωρος Σαλγκάμης.