Περιλαμβάνουν λογιστικά βιβλία εβραϊκών εταιρειών, συμβόλαια, μεγάλο μέρος του αρχείου της εταιρείας Salonica-Palestine, η οποία μεριμνούσε για την εγκατάσταση εβραίων στο σημερινό Ισραήλ, αρχεία εβραϊκών οργανισμών ευποιίας (όπως το ίδρυμα Ματανότ Λαεβιονίμ) καθώς και το μέρος του προπολεμικού αρχείου της Ισραηλιτικής Κοινότητας Καβάλας, το οποίο μετά τη διάλυσή της περιήλθε στην ΙΚΘ. Τα βασικά τμήματα του τελευταίου είναι η αλληλογραφία της κοινότητας, η αλληλογραφία της αρχιρραβινείας Καβάλας και τα σχολικά αρχεία. Το ΕΜΘ κατέχει επίσης από δωρεά και το Αρχείο Σ. Τσιμίνο (αντίγραφα δηλώσεων στο Yad Vashem για τα θύματα ης βουλγαρικής ζώνης κατοχής).

Το Μουσείο διαθέτει μικρή συλλογή εβραϊκών εφημερίδων, η σηματικότερη των οποίων είναι η "Le Progrès de Salonique" του έτους 1911. Επίσης έχουν συγκεντρωθεί ψηφιακά αντίγραφα των δωσιλογικών εφημερίδων της Κατοχής, για το σύνολο σχεδόν των φύλλων τους.

Το προπολεμικό αρχείο της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης (ΙΚΘ) καλύπτει πολλές πλευρές της πληθωρικής λειτουργίας της. Μετά την ένταξη της Θεσσαλονίκης στην Ελλάδα και την πυρκαγιά του 1917, η ΙΚΘ έπρεπε να προσαρμοστεί στο νέο κρατικό περιβάλλον και βρέθηκε υποχρεωμένη να φροντίσει για χιλιάδες άστεγες οικογένειες. Στο αρχείο της αντανακλάται η ανάπτυξη κοινωφελών δραστηριοτήτων στο πλαίσιο της εβραϊκής κοινότητας λόγω φτώχειας που προκάλεσαν η παγκόσμια ύφεση και ο επαγγελματικός κορεσμός μετά την εγκατάσταση προσφύγων, αλλά και λόγω έλλεψης στέγης.
Το αρχείο περιλαμβάνει ενότητες σχετικές με την ακίνητη περιουσία της ΙΚΘ, ληξιαρχικές πράξεις γεννήσεων, προγαμιαίες δηλώσεις, πιστοποιητικά του Μπέιτ-Ντιν (ιερατικού δικαστηρίου), αναφορές για τους εβραϊκούς συνοικισμούς, μητρώα και λογιστικά βιβλία των ισρηλιτικών σχολείων, καταστατικά και ισολογισμούς ΙΚΘ, λογιστικά κατάστιχα, πρακτικά του κοινοτικού συμβουλίου, έγγραφα σχετικά με το πολυπληθές προσωπικό της ΙΚΘ, αλληλογραφία μεταξύ της αρχιρραβινείας και κοινοτικού συμβουλίου, αλληλογραφία της ΙΚΘ με υπουργεία, έγγραφα για την παραγωγή και διανομή του άζυμου άρτου, καταστατικά και λογιστικά βιβλία εβραϊκών κοινωφελών ιδρυμάτων και έγγραφα σχετικά με το προσωπικό τους, ισολογισμούς και συναφή τεκμήρια. Επίσης, αρχείο σχεδίων και διαγραμμάτων συναγωγών και κοινοτικών κτηρίων.

Το ΕΜΘ φυλάσσει φωτοτυπίες περίπου 4105 δηλώσεων περιουσιών (1943) των εβραίων της Θεσσαλονίκης και μητρώου περίπου 2000 διαχειριστών εβραϊκών καταστημάτων επί Κατοχής, που αφορούν τη Θεσσαλονίκη.

Η ενότητα αυτή σχηματίστηκε με δωρεές τεκμηρίων από εβραϊκές οικογένειες της Θεσσαλονίκης. Περιλαμβάνει επιστολές, πιστοποιητικά και άλλα τεκμήρια.

Περιλαμβάνει τα κατάλοιπα του συγγραφέα της Histoire des Israelites de Salonique, του Dictionnaire du Judeo-Espagnol και άλλων, καθώς και χειρόγραφα των έργων του και ανέκδοτες εκδοχές τους.

Ψηφιακό αρχειακό υλικό που σχηματίστηκε μετά από φωτογράφηση εγγράφων σε δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς σχετικά με την παρουσία των εβραίων στη Θεσσαλονίκη και την εβραϊκή επιχειρηματικότητα. Επίσης, με τη συνδρομή του Δήμου Θεσσαλονίκης σχηματίστηκε συλλογή αρχιτεκτονικών σχεδίων των εβραιόκτητων εμπορικών κτηρίων (αποκλειστικά καταστήματα και γραφεία) που ανεγέρθηκαν στη Θεσσαλονίκη τη δεκαετία του 1920 και αποτέλεσαν το νέο εμπορικό κέντρο της.
Από το αρχείο της πυρίκαυστης ζώνης του 1917 εντοπίστηκαν οι λησμονημένες θέσεις των παλαιών συναγωγών της Θεσσαλονίκης και από το κοινοτικό αρχείο οι θέσεις και οι φωτογραφίες των κοινοτικών κτηρίων του μεσοπολέμου.
Επίσης, στοιχεία για εβραίους μαθητές και μαθήτριες που κατοικούσαν στη Θεσσαλονίκη πριν το Ολοκαύτωμα συγκεντρώθηκαν στην ψηφιακή εφαρμογή "Χαρτογραφώντας την παιδική ηλικία", η οποία περιέχει πληροφορίες για κάθε μαθητή.

Το αρχείο χωρίζεται σε δύο βασικές ενότητες, το προπολεμικό και το μεταπολεμικό αρχείο. Οι φωτογραφίες καλύπτουν θέματα όπως το εβραϊκό νεκροταφείο, εβραϊκά σχολεία και μαθητές, εβραϊκοί σύλλογοι, συναγωγές και κοινοτικά κτήρια, οικογενειακά πορτρέτα, επαγγέλματα, κοινωνικές και κοινοτικές εκδηλώσεις κ.ά.

Περιλαμβάνει δεκάδες υποθέσεις εβραίων της Θεσσαλονίκης μετά τον πόλεμο, αλλά και πολλές υποθέσεις της Τράπεζας 'Ενωσις, της οποίας ιδιοκτήτης υπήρξε ο Γιοσέφ Νεχαμά και εκκαθαριστής ο Θεόδωρος Σαλγκάμης.