Το αρχείο περιλαμβάνει όλες τις χειρόγραφες παρτιτούρες του συνθετικού έργου του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου σε χρονολογική ταξινόμηση από το 1931 έως το 1989· συμφωνική μουσική, έργα για μεμονωμένα ή περισσότερα οργανικά σύνολα, έργα μουσικής δωματίου, χορωδίας κ.ά.
Προγράμματα συναυλιών με έργα του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου (1938-1989)· ραδιοφωνικά προγράμματα, εκτελέσεις και αναμεταδόσεις έργων του από το ραδιόφωνο (1939-1989).
Έγγραφα σχετικά με την υποτροφία της U.N.E.S.C.O. (1949-1950).
Αναφορές, συνεντεύξεις, ανακοινώσεις (1936-1989)· έγγραφα σχετικά με τη διεξαγωγή του διαγωνισμού σύνθεσης «Βασίλισσα Ελισάβετ του Βελγίου» (1953)· την ίδρυση και τις δραστηριότητες του Ελληνικού Συνδέσμου Σύγχρονης Μουσικής (Ε.Σ.Σ.Υ.Μ., 1965).
Αλληλογραφία εκτεταμένη, κυρίως επιστολές προς τον Γιάννη Α. Παπϊωάννου (1950-1989)· επιστολές των μαθητών του· οικογενειακή αλληλογραφία.
Τιμητικές διακρίσεις στην Ελλάδα και το εξωτερικό, βραβείο Gottfried von Herder (1970), βραβείο Ακαδημίας Αθηνών (1983) κ.ά.
Διαλέξεις (1963-1975)· μαθηματικές ασκήσεις· βιογραφικά στοιχεία· προσωπικές ατζέντες και σημειωματάρια του συνθέτη. Δημοσιεύματα για το έργο του Γιάννη Α. Παπαϊωάννου μετά το θάνατό του.