Το αρχείο φυλάσσεται σε επτά αρχειακούς φακέλους που αφορούν κατά κύριο λόγο τον Γεώργιο Σαχτούρη. Από αυτούς ένας φάκελος αφορά τον γιο του Δημήτριο και ένας διάφορα άλλα μέλη της οικογένειας Σαχτούρη.
Ο πρώτος (1) φάκελος περιλαμβάνει επίσημα έγγραφα (1822-1831) προερχόμενα από τον κυβερνήτη Καποδίστρια, τον γραμματέα Επικρατείας Σπ. Τρικούπη, τις εκάστοτε αρμόδιες κυβερνητικές αρχές για το Ναυτικό (υπουργείο Ναυτικών, Επιτροπή Ναυτικών, Γραμματεία επί των Ναυτικών, Γενικό Φροντιστήριο) που συνίστανται κυρίως σε διαταγές και οδηγίες προς τη ναυτική μοίρα που διοικούσε ο Σαχτούρης. Περιλαμβάνει επίσης σπάνια ανέκδοτα έγγραφα προερχόμενα από τη Βουλή των Ψαρών και τους παραστάτες της, Αναγνώστη Μοναρχίδη και Χατζή Ανδρέα Αργύρη (1822), έγγραφα των προκρίτων της Ύδρας και των Σπετσών προς τους ναυάρχους, αντιναυάρχους, καπετάνιους και συντροφοναύτες των νησιών καθώς και έγγραφα που προέρχονται και αφορούν τη διοίκηση νησιών του Αιγαίου -κυρίως τη Σάμο- και την Πελοπόννησο (1825-1828).
Ο δεύτερος (2) φάκελος περιέχει κυρίως έγγραφα σχετικά με τον αποκλεισμό του Μεσσηνιακού κόλπου, τα οικονομικά και την τροφοδοσία των πλοίων, τον καταμερισμό των λειών (κατασχέσεων χρημάτων και εμπορευμάτων).
Στον τρίτο (3) φάκελο έχουν συγκεντρωθεί τα έγγραφα, τα σχετικά με τη Ναυτική Υπηρεσία, το Ναυτικό Διευθυντήριο και τις εργασίες της Επιτροπής των Ναυτικών Καταλόγων, που περιλαμβάνουν εκατοντάδες ονομάτων ναυτικών, με λεπτομερή στοιχεία για τη δράση του καθένα στη διάρκεια του Αγώνα.
Οι φάκελοι τέσσερα και πέντε (4-5) περιέχουν την αλληλογραφία του Γ. Σαχτούρη και καλύπτουν την περίοδο 1825-1840. Σαφώς εκτενέστερη είναι η αλληλογραφία του 1828 ενώ δεν είναι αμελητέα για τα έτη 1825-1831. Μεταξύ των επιστολογράφων συναντώνται οι περισσότεροι -γνωστοί ή λιγότερο γνωστοί- ιδιοκτήτες πλοίων, καπετάνιοι και πυρπολητές της Επανάστασης. Συχνή αλληλογραφία έχει ο Σαχτούρης με τους Φραγκίσκο Βούλγαρη, Λάζαρο Κουντουριώτη, Λάζαρο Τσαμαδό, με τον Ανδρέα Μιαούλη, τον Κωνσταντίνο Κανάρη, τον Αντώνη Κριεζή, τον πλοίαρχο του “Τιμολέοντος” Αναγνώστη Γεωργίου, τον πλοίαρχο της “Ελευθερίας” Δημήτριο Γουδή, τον πλοίαρχο του “Αντιζήλου” Κωνσταντίνο Κοτζιά, τον πλοίαρχο της “Ασπασίας” Αδριανό Σωτήρου, τον Γεώργιο Ανδρούτζο, τον αδελφό του Δημήτριο, τον γαμπρό του Λάζαρο Νέγκα, τον γραμματέα της μοίρας Ιωάννη Λάτρι, τον γραμματικό του Νικόλαο Τσικλητήρα, τον Αναγνώστη Οικονόμου, τον Λάζαρο Πινότση και τον Ιωσήφ Πιττακό. Την αλληλογραφία αυτή συμπληρώνει ένας περιορισμένος αριθμός επιστολών ξένων φιλελλήνων αξιωματικών και διπλωματών, μερικά σχέδια επιστολών του ίδιου του Σαχτούρη, επιστολές τρίτων και λιγοστές οικογενειακές επιστολές.
Ο φάκελος έξι (6) αναφέρεται στο γιο του αντιναυάρχου, Δημήτριο Γ.Σαχτούρη, πλοίαρχο, κυβερνήτη της βασιλικής θαλαμηγού “Αμφιτρίτης” και υπασπιστή του Γεωργίου Α΄ και περιλαμβάνει υπηρεσιακά και ναυτικά έγγραφα, ημερολόγια πλοίων, ιστορικές σημειώσεις και χειρόγραφα, επιστολές κ.ά.
Ο φάκελος επτά (7) περιέχει τα κατάλοιπα μελών της δεύτερης και τρίτης γενιάς της οικογένειας Σαχτούρη. Περιλαμβάνει έγγραφα που αφορούν τη ναυτική υπηρεσία του αξιωματικού του Ναυτικού Σταμάτη Γ.Σαχτούρη, τις μεταλλευτικές δραστηριότητες του αξιωματικού του Μηχανικού Θεμιστοκλή Γ.Σαχτούρη, και τα δύο αδέλφια του Δημητρίου Γ.Σαχτούρη. Επίσης περιλαμβάνει ορισμένα έγγραφα που αφορούν το γιο του τελευταίου, τον υποναύαρχο Αλέξανδρο Δημ.Σαχτούρη (1851-1926) και τον εγγονό του στρατιωτικό Δημήτριο Αλεξάνδρου Σαχτούρη (1889-1960).

Χορηγήσεις αδειών για τη φύτευση αμπέλου (1788/1789) και την ανέγερση μύλου (1791). Ορισμοί του Διβανίου προς τον Γεώργιο Βούλγαρη, κοτζάμπαση των νησιών Ύδρας, Σπετσών και Πόρου, αναφερόμενοι σε θέματα διοίκησης (1802-1808).
Επιστολές του μπέη του Ναυπλίου και του βοεβόδα Αθηνών και Λιβαδειάς προς τον Γεώργιο Βούλγαρη (1806, 1807), με τις οποίες ζητούν πληροφορίες για την εμφάνιση πλοίων με άγνωστη σημαία στην Τένεδο, καθώς και τις μετακινήσεις του ρωσικού στόλου.
Διορισμός του Γεωργίου Βούλγαρη ως μουχασίλη (muhassil) στον Μοριά (1807). Επιστολές των προεστώτων και των κατοίκων της Ύδρας, αναφερόμενες στις κινήσεις του τουρκικού και ρωσικού στόλου στο Αιγαίο (1807)· σπάραγμα με ημερολογιακές καταγραφές πολεμικών γεγονότων (1827).
Διατάγματα για την παραχώρηση άδειας ναυσιπλοΐας σε πλοία ιδιωτών (1803)· απόδειξη πληρωμής δικαιωμάτων για νεότευκτο πλοίο (1805).
Φιρμάνια του Σελήμ του Γ' για την ελεύθερη διέλευση των Στενών σε πλοία με ρωσική σημαία (1806)· φιρμάνια αναφερόμενα στην αναγνώριση των υπηρεσιών του Γεωργίου Βούλγαρη (1808, 1819)· πωλητήριο ακινήτου στην Ύδρα (1816).
Αντίγραφα πιστοποιητικών των Υδραίων αγωνιστών που βεβαιώνουν τη συμμετοχή τους σε μάχες και πολιορκίες (1837, 1844). Έγγραφα αναφερόμενα στους: Νικόλαο και Δημήτριο Βούλγαρη (1854-1868).