Το Αρχείο Γεωργίου Ν. Παπαϊωάννου αρθρώνεται σε οκτώ θεματικές ενότητες:

1. Εθνική Αντίσταση: ΕΔΕΣ-γενικά, Αλληλογραφία, Επιτροπή πόλεως Αθηνών (αλληλογραφία), Εκθέσεις για την δράση οργανώσεων του ΕΔΕΣ, Φωτογραφίες 1943-1944, Άλλες αντιστασιακές οργανώσεις
2. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Νομοθετικό πλαίσιο, Η συμβολή του Γ.Ν.Π. στην αναγνώριση της Εθνικής Αντίστασης, Αναγνώριση πολεμικής δράσης του Γ.Ν.Π., Ονομαστικές καταστάσεις αγωνιστών, Βεβαιώσεις-αιτήσεις αγωνιστών, Εκθέσεις δράσεως αγωνιστών
3. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος, Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης
4. Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης: Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών
5. Βίος, δημαρχία Αγρινίου, οικογένεια και πρόγονοι Γ.Ν.Π.
6. Ιστορική επεξεργασία περιόδου Εθνικής Αντίστασης και ιστορικές καταβολές οικογένειας Γ.Ν.Π.
7. Αρχειακό υλικό Νικολάου Γ. Παπαϊωάννου
8. Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου: Ελλάδα-Μεσοπόλεμος, Ο πόλεμος του 1940, Κατοχή, Εθνική Αντίσταση-Αφιερώματα, Τύπος Αιτωλοακαρνανίας, Εφημερίδες αγωνιστών και οργανώσεων αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης, Εφημερίδες Αιτωλοακαρνανίας και αποκόμματα τύπου με άρθρα και αναφορές στο πρόσωπο του Γ.Ν.Π., Εφημερίδες και αποκόμματα τύπου με άρθρα περί Κατοχής-Εθνικής Αντίστασης-Εμφυλίου συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π., Νεώτερα αντίγραφα εφημερίδων των ετών 1915-1949 συλλεγέντα υπό Νικολάου Γ. Παπαιωάννου μετά τον θάνατο του Γ.Ν.Π.
   Οι δύο πρώτες ενότητες, Εθνική Αντίσταση (1) και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (2), αποτελούν τον κυρίως κορμό του αρχειακού υλικού, το σημαντικότερο και εκτενέστερο τμήμα ολοκλήρου του αρχείου. Στην πρώτη απόκειται υλικό, αντίγραφο και πρωτότυπο, που αφορά την αντιστασιακή οργάνωση ΕΔΕΣ, την ίδρυσή της, αλληλογραφία μεταξύ του ιδρυτή του ΕΔΕΣ Ν. Ζέρβα και υποεπιτροπών και μελών του, τη δράση τους καθώς και φωτογραφίες των αγωνιστών• στη δεύτερη ενότητα βρίσκονται όλο το νομοθετικό πλαίσιο, τα διατάγματα, τα νομοθετήματα, η συμβολή του ΓΝ.Π. στην αναγνώριση των εθνικοφρόνων αγωνιστών και πλήθος ονομαστικών καταλόγων με τις αιτήσεις των αγωνιστών συνοδευόμενες από ποικίλο συνημμένο υλικό (βεβαιώσεις, εκθέσεις δράσεως κ.α.) για την αναγνώρισή τους ως αντιστασιακών. Στις επόμενες δύο ενότητες, Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (3): ΕΔΕΣ Αθηνών και ΕΔΕΣ Τριχωνίδος και Νεώτερες ενώσεις αγωνιστών Εθνικής Αντίστασης και Αναγνώριση Εθνικής Αντίστασης (4): Διαμάχες και διενέξεις αντιστασιακών, ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το υλικό που αφορά τις αντεκδικήσεις των υποψηφίων προς αναγνώριση αντιστασιακών καθώς το πλήθος του συνημμένου υλικού κατά προσωπική περίπτωση εξακτινώνεται σε πλείστα ζητήματα του πολιτικού, κοινωνικού και ατομικού βίου στην Ελλάδα κατά την περίοδο της Κατοχής και του Εμφυλίου Πολέμου. Στις επόμενες ενότητες έχει ταξινομηθεί το υλικό που αφορά ειδικότερα και προσωπικότερα θέματα του Γ.Ν.Π., την οικογένειά του, την θητεία του ως δημάρχου Αγρινίου και υλικό συλλεγέν μετά το θάνατο του Γ.Ν.Π. από τον γιο του, βουλευτή Αιτωλοακαρνανίας, Νικόλαο Γ. Παπαϊωάννου• τέλος, πλήθος εφημερίδων και αποκομμάτων τύπου, αθηναϊκού και αιτωλοακαρνανικού που καλύπτουν σημαντικό τμήμα του 20ού αιώνα.

Αλληλογραφία του Αρχηγείου Βάλτου με το Γενικό Αρχηγείο του Ε.Δ.Ε.Σ, με αντάρτες και τα κατώτερα κλιμάκια της στρατιωτικής ιεραρχίας, διαταγές του Ν. Ζέρβα, αλληλογραφία μεταξύ του Συμμαχικού Στρατηγείου της Μέσης Ανατολής και του Αρχηγείου Βάλτου (διανομή πυρομαχικών, τρόπος δράσης των ομάδων για επίτευξη του κοινού στόχου των αντάρτικων ομάδων και του Αρχείου της Μέσης Ανατολής κ.ά), ανακοινωθέντα, ραδιοφωνικά δελτία, πληροφορίες από το αρμόδιο τμήμα του Γενικού Αρχηγείου για τις επιχειρήσεις των αντάρτικων ομάδων του Ε.Δ.Ε.Σ., κατάλογοι με τα ονόματα ανταρτών που δικαιούνται βοηθήματα, προκηρύξεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας ανταρτών, ένορκες εξετάσεις μαρτύρων, πρακτικά συγκρότησης Επιτροπών Εθνικού Αγώνα, αποδείξεις παραλαβής τροφίμων, τύπος του Βουνού και μεταγενέστερος που αναφέρεται στα γεγονότα του Εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα στην περιοχή του Βάλτου, εκθέσεις για την πολεμική δράση των ανταρτών, φωτογραφίες, επιστολές Σ. Χούτα-Β' Φιλικής εταιρίας Λονδίνου για τον σχηματισμόν Κυβέρνησης Εθνικής Σωτηρίας. Περιλαμβάνεται ακόμα αρχειακό υλικό από τη θητεία του Στ. Χούτα ως Υφυπουργού Κοινωνικής Προνοίας, Οικισμού και Ανοικοδομήσεως και Υπουργός Υπουργείο Δημοσίων έργων