Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Λιμενικές Αρχές και τον Οίκο Ναύτου, έγγραφα που αφορούν σε άνεργους ναυτικούς, έκδοση ναυτικών φυλλαδίων και χρηματαποστολές
Β. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια μισθοδοσίας προσωπικού του Λιμεναρχείου, έγγραφα που αφορούν σε οικογενειακά επιδόματα, σε συντάξεις και συλλογικές συμβάσεις εργασίας, οικονομικά έγγραφα Γραφείου Διαχείρισης και Γραφείου Κίνησης
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα σχετικά με τον έλεγχο εμπορικών πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία Πλοίων: καταστάσεις και δελτία κινήσεως επιβατηγών και οχηματαγωγών πλοίων
Β. Στοιχεία Ναυτικών: απογραφές και μισθοδοτικές καταστάσεις ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γενικό Νοσοκομείο Σπάρτης, τις Λιμενικές Αρχές και τον Οίκο Ναύτου, έγγραφα περί χρηματαποστολών, αποδημίας - μετανάστευσης και ναυτολογίων
B. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλία ταμείου, έγγραφα απολογισμών, έγγραφα δαπανών σε φάρμακα και ανεργία, έγγραφα περί μισθοδοσίας και συνταξιοδότησης προσωπικού Λιμεναρχείου
Γ. Δικαστικά Στοιχεία: έγγραφα σχετικά με τιμωρημένους και διωκόμενους ναυτικούς
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: εγκύκλιοι κατάταξης στο λιμενικό σώμα, ατομικοί φάκελοι προσωπικού Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Δικαστικά Στοιχεία: ποινικές καταστάσεις
Β. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα ελέγχων στελέχωσης πλοίων, πίνακες προσεγγίσεων πλοίων υπό κοινοτική σημαία και σημαία Τρίτων Χωρών στο Λιμένα Γυθείου, άδειες απόπλου πλοίων
Γ. Στοιχεία ναυτικών: απογραφές ναυτικών, κατάλογοι ναυτικών προσφερόμενων για ναυτολόγηση, υποβολές ναυτικών φυλλαδίων για χορήγηση πιστοποιητικών θαλάσσιας υπηρεσίας, αιτήσεις ανανέωσης ναυτικού φυλλαδίου, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, παραπεμπτικά προς φοίτηση στην Δημόσια Σχολή Σωστικών και Πυροσβεστικών Μέσων (Δ.Σ.Σ.Π.Μ.).

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: προκηρύξεις πρόσληψης, πίνακες υπηρεσιών προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί υπαλληλικών και συνδικαλιστικών θεμάτων
Β. Στοιχεία Πλοίων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων
Γ. Αφίσες: περί καθαριότητας των παραλιών, ληπτέων μέτρων υγιεινής για την προστασία από κορονοϊούς και τον ιό Ebola
Δ. Στοιχεία ναυτικών: καταστάσεις ναυτικών προσφερόμενων για ναυτολόγηση, δελτία απογραφής ναυτικών, αιτήσεις και δικαιολογητικά έκδοσης ναυτικών φυλλαδίων, έγγραφα περί ναυτικής ικανότητας
Ε. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις - υπεύθυνες δηλώσεις ανανεώσεων ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία, ερυθρού τόνου και μεγάλων πελαγικών ψαριών
ΣΤ. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας της θαλάσσιας χελώνας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με τον Οίκο Ναύτου και το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί αναζητήσεων και ανέγερσης Ηρώου Πεσόντων στον πόλεμο 1940-41.
Β. Στοιχεία Λιμανιών και Ακτών: πίνακες λιμένων, φαροδείκτης ελληνικών ακτών, έγγραφα περί κατάρτισης χαρτών λιμένων.

Το αρχείο συγκροτείται από φακέλους αλληλογραφίας του Λιμεναρχείου με την Αστυνομία και τον Οίκο Ναύτου, σχετικά με: ναυάγια, αλιεία, γυμνιστές, ρύπανση, εορτασμούς, απογραφή ναυτικών, ακτοπλοϊκές συγκοινωνίες, έκδοση αδειών τραπεζοκαθισμάτων και εκπαίδευση προσωπικού Λιμεναρχείου.