Αποφάσεις και ευρετήρια αποφάσεων για προσωρινή απόλυση καταδίκων, καθώς και κρατουμένων Στρατιωτικών Φυλακών Μακρονήσου (νόμοι 811/1917 και 5793/1933 και ΟΓ/Ψήφισμα της Δ΄ Αναθεωρητικής Βουλής 1951), βιβλία μητρώου (Βασιλικής) Χάριτος, βιβλία συνεδριάσεων και πρακτικών του Γνωμοδοτικού Συμβουλίου Χαρίτων, ευρετήρια αιτήσεων για απονομή Χάριτος, βιβλία εισηγητών, βιβλία εμπιστευτικού πρωτοκόλλου του Τμήματος Χαρίτων, φάκελος υπομνήματος του Γεωργίου Τσολάκογλου προς το Συμβούλιο Χαρίτων, διατάγματα περί αποκαταστάσεως πολιτικών και άλλων δικαιωμάτων καταδίκων, βιβλίο αποκαταστάσεως, πίνακες και ονομαστικές καταστάσεις αποφυλακισθέντων με αίτημα των Αρχών Κατοχής αλλά και κατ’ εφαρμογήν νομοθετικών διαταγμάτων που αποσκοπούν στην αραίωση του χώρου των φυλακών και στη λήψη μέτρων για κρατούμενους που απέδρασαν ή απελευθερώθηκαν, λόγω των πολεμικών επιχειρήσεων. Σημαντικό τμήμα του αρχείου αποτελούν οι φάκελοι των Αγροτικών, Εγκληματικών και Επανορθωτικών Φυλακών του Κράτους, που περιλαμβάνουν εκθέσεις επιθεώρησης των φυλακών από τους επιθεωρητές του Υπουργείου Δικαιοσύνης, από εισαγγελείς αλλά και από τους διευθυντές των φυλακών.
Επίσης, περιλαμβάνονται φάκελοι εμπιστευτικού πρωτοκόλλου και αλληλογραφίας των αρμόδιων Διευθύνσεων του Υπουργείου Δικαιοσύνης με άλλες αρχές (ελληνικές και ξένες αρχές Κατοχής) για θέματα κρατουμένων, τήρησης μέτρων ασφάλειας και τάξης, κατάστασης και λειτουργίας φυλακών, επίταξης κτηρίων, λήψης μέτρων για κομμουνιστές κατάδικους, για θέματα λειτουργίας και σύνθεσης Αγορανομικών Δικαστηρίων κ.λπ.,βιβλία διεκπεραιώσεως και πρωτοκόλλου της Διεύθυνσης Διοικήσεως Φυλακών, βιβλία συσχετίσεως εγγράφων και αλληλογραφίας του Υπουργείου Δικαιοσύνης, επετηρίδα του Υπουργείου Δικαιοσύνης για το έτος 1911, βιβλίο καταγραφής επίπλων και σκευών των γραφείων της Διεύθυνσης Χαρίτων και Ποινικού Μητρώου και αλφαβητικά ευρετήρια στα οποία δεν προσδιορίζεται η Διεύθυνση ή το Τμήμα που ανήκουν. Τέλος, περιλαμβάνεται και ένα βιβλίο δικασίμων της Εισαγγελίας Ναυτικού Δικαστηρίου του Βασιλείου της Ελλάδας στην Αγγλία.