Κατάστιχα και πρωτόκολλα διαφόρων κλάδων διοίκησης: Εκτελεστικό, Εσωτερικών, Οικονομίας, Γενικό Φροντιστήριο, Εθνικό Ταμείο, Υπουργείο Πολέμου, Γενική Γραμματεία Ναυτικών, Αστυνομία, Γενική Γραμματεία, Διοικητική Επιτροπή, Στρατιωτικών, Πληρεξούσιοι Τοποτηρητές, Έκτακτοι Επίτροποι και Προσωρινοί Διοικητές, Επιτροπή Νησιακών Επαρχιών, Τελωνείο, Υγειονομολιμεναρχείο.

Αρχείο Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου.
Φ. 1: τρία ημερολόγια του Αλ. Μαυροκορδάτου της περιόδου 1834-1837, Γενικό Πρωτόκολλο του Προέδρου του Εκτελεστικού, 1822-1823, "Βιβλίον Κάσσας Μετρητών. Μεσολόγκιον 1822", πρωτόκολλο επιστολών προς Μαυροκορδάτο της περιόδου 1825 - 1826.
Φ. 2: Μυστικό Πρωτόκολλο του Προέδρου του Εκτελεστικού Α. Μαυροκορδάτου των ετών 1822 - 1823, τεύχος με σημειώσεις για τα Ιόνια νησιά, κατάστιχο λογαριασμών "Η Κάσσα των Μετρητών του Πραΐδη" 1822-1823, επιστολές από Βιέννη, Βουκορέστι και Πίζα της περιόδου 1815-1820, γράμμα της Κοινότητας Ύδρας του 1803 με τον πρώτο ναυτεμπορικό νόμο του νησιού, έγγραφα της περιόδου 1821-1822.
Φ. 3: Έγγραφα του 1823 (Ιανουάριος - Ιούνιος)
Φ. 4: Έγγραφα του 1823 (Ιούλιος - Δεκέμβριος)
Φ. 5: Έγγραφα του 1824 (Ιανουάριος - Μάρτιος)
Φ. 6: Έγγραφα του 1824 (Απρίλιος - Ιούλιος)
Φ. 7: Έγγραφα του 1824 (Αύγουστος)
Φ. 8: Έγγραφα του 1824 (Σεπτέμβριος)
Φ. 9: Έγγραφα του 1824 (Οκτώβριος - Δεκέμβριος)
Φ. 10: Έγγραφα του 1825 (Ιανουάριος - Ιούλιος)
Φ. 11: Έγγραφα του 1825 (Αύγουστος - Δεκέμβριος)
Φ. 12α: Έγγραφα του 1826 (Ιανουάριος - Ιούλιος)
Φ. 12β: Έγγραφα του 1826 (Αύγουστος - Δεκέμβριος)
Φ. 13: Έγγραφα του 1827 (Ιανουάριος - Δεκέμβριος)
Φ. 14: Έγγραφα του 1828 (Ιανουάριος - Μάρτιος)
Φ. 15: Έγγραφα του 1828 (Απρίλιος - Δεκέμβριος)
Φ. 16: Έγγραφα του 1829
Φ. 17: Έγγραφα του 1830-1831
Φ. 18: Έγγραφα του 1832
Φ. 19: Έγγραφα του 1833-1836
Φ. 20: Έγγραφα του 1837-1840
Φ. 21: Έγγραφα του 1841
Φ. 22: Έγγραφα του 1842
Φ. 23: Έγγραφα του 1843
Φ. 24: Έγγραφα του 1844 (Ιανουάριος - Μάιος)
Φ. 25: Έγγραφα του 1844 (Ιούνιος - Δεκέμβριος)
Φ. 26: Έγγραφα του 1845-1853
Φ. 27: Έγγραφα του 1854-1859
Φ. 28: Έγγραφα του 1860-1880 και 1837-1870.