Περιλαμβάνουν λογιστικά βιβλία εβραϊκών εταιρειών, συμβόλαια, μεγάλο μέρος του αρχείου της εταιρείας Salonica-Palestine, η οποία μεριμνούσε για την εγκατάσταση εβραίων στο σημερινό Ισραήλ, αρχεία εβραϊκών οργανισμών ευποιίας (όπως το ίδρυμα Ματανότ Λαεβιονίμ) καθώς και το μέρος του προπολεμικού αρχείου της Ισραηλιτικής Κοινότητας Καβάλας, το οποίο μετά τη διάλυσή της περιήλθε στην ΙΚΘ. Τα βασικά τμήματα του τελευταίου είναι η αλληλογραφία της κοινότητας, η αλληλογραφία της αρχιρραβινείας Καβάλας και τα σχολικά αρχεία. Το ΕΜΘ κατέχει επίσης από δωρεά και το Αρχείο Σ. Τσιμίνο (αντίγραφα δηλώσεων στο Yad Vashem για τα θύματα ης βουλγαρικής ζώνης κατοχής).

Δηλώσεις αποζημίωσης γερμανοβουλγαρικής κατοχής (1091 έγγραφα) .Εντάλματα πληρωμής της Επιτροπής Πρόνοιας, πιστοποιητικό ζημιών του Δημάρχου για το βομβαρδισμό της 6ης -4-1941, έγγραφα Επιτροπής απογραφής και επαληθεύσεων ζημιών, συγκεντρωτική κατάσταση δηλώσεων ζημιών από τους Βουλγάρους και τη Βουλγαρική κατοχή, φορολογικοί κατάλογοι φωτισμού και καθαριότητας, κατάλογος απόρων συνοικισμών Ομόνοιας και Καλυβίων, βιβλίο προμηθειών του Δήμου, ερανικός κατάλογος, εντάλματα πληρωμής Οικονομικής Επιτροπής Αμύνης, προμήθειες Δήμου, έξοδα, καταστάσεις φόρων πεζοδρόμια, ενοίκια, τέλη σφαγείων, συντάξεις, αρχείο καθαριότητας, επισκευές, αποφάσεις Δημοτικού Συμβουλίου και βιβλίο Εσόδων – Εξόδων.