Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, βιβλία εισερχομένων και εξερχομένων σημάτων, έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιων χελωνών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία απόπλου και κατάπλου πλοίων και σκαφών, βιβλία ημερήσιων αναφορών πληρωμάτων, βιβλία και ημερολόγια συμβάντων, βιβλία μεταβολών πληρωμάτων, μητρώα ναυτικών γραφείων και πρακτορείων
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: εκθέσεις βεβαίωσης παραβάσεων, βιβλία τιμωρηθέντων ναυτικών
Δ. Οικονομικά στοιχεία: βιβλία εισπράξεως Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), βιβλία ταμείου και εισπράξεως Λιμενικής Αρχής, μπλοκ αποδεικτικών είσπραξης, βιβλία δικαιολόγησης πενθημέρων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Δικαστικά Στοιχεία: ποινικές καταστάσεις
Β. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα ελέγχων στελέχωσης πλοίων, πίνακες προσεγγίσεων πλοίων υπό κοινοτική σημαία και σημαία Τρίτων Χωρών στο Λιμένα Γυθείου, άδειες απόπλου πλοίων
Γ. Στοιχεία ναυτικών: απογραφές ναυτικών, κατάλογοι ναυτικών προσφερόμενων για ναυτολόγηση, υποβολές ναυτικών φυλλαδίων για χορήγηση πιστοποιητικών θαλάσσιας υπηρεσίας, αιτήσεις ανανέωσης ναυτικού φυλλαδίου, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, παραπεμπτικά προς φοίτηση στην Δημόσια Σχολή Σωστικών και Πυροσβεστικών Μέσων (Δ.Σ.Σ.Π.Μ.).

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί τηρήσεως κανονισμών Ευρωπαϊκής Ένωσης, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας
Β. Στοιχεία αλιείας: ονομαστικές καταστάσεις αλιεργατών, καταστάσεις αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αδειών αλιείας, ιχθυοκαλλιέργειας και Συλλόγων Αλιέων
Γ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: στατιστικά στοιχεία μικρών σκαφών, έγγραφα περί απόπλου πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα για διαγωνισμό δοκίμων λιμενοφυλάκων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού
Β. Οικονομικά Στοιχεία: συγκεντρωτικοί πίνακες και δικαιολογητικά καυσίμων, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και εκπαιδευτικών επιδομάτων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Γ. Στοιχεία Πλοίων: μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, δελτία απόπλου και κινήσεως του πλοίου «Μυρτιδιώτισσα», πίνακες με αποπλεύσαντα πλοία από το λιμάνι του Γυθείου, έγγραφα ανανεώσεως άδειας σκαφών
Δ. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα κλήσεως μαρτύρων
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου: πρωτόκολλα διοικητικής Επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα για διαγωνισμό δοκίμων λιμενοφυλάκων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Οικονομικά Στοιχεία: συγκεντρωτικοί πίνακες και δικαιολογητικά καυσίμων, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και εκπαιδευτικών επιδομάτων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Γ. Στοιχεία Πλοίων: μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, δελτία απόπλου και κινήσεως του πλοίου «Μυρτιδιώτισσα», πίνακες με αποπλεύσαντα πλοία από το λιμάνι του Γυθείου, έγγραφα ανανεώσεως άδειας σκαφών
Δ. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα κλήσεως μαρτύρων
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου: πρωτόκολλα διοικητικής Επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων και καταστάσεις κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια κίνησης πλωτών, πιστοποιητικά επιβατηγών και οχηματαγωγών πλοίων, πιστοποιητικά γραμμής φόρτωσης πλοίων και ασφαλούς διαχείρισης, έγγραφα και βιβλία περί απόπλου και δρομολογίων πλοίων, άδειες σκοπιμότητας πλοίου στη γραμμή Πούντας – Ελαφονήσου – Νεάπολης Βοιών, άδειες πετρελαίου, άδειες λειτουργίας τηλεπικοινωνιακού σταθμού πλοίων, άδειες VHF, έγγραφα περί επιθεωρήσεων πλοίων, ναύλων, εθνικότητας πλοίων, άγονης γραμμής Κυθήρων – Αντικυθήρων, τακτικής δρομολόγησης στην γραμμή Ελαφόνησος – Πούντα, μεταφοράς επικίνδυνων φορτίων, φάκελοι πλοίων: «Ελαφόνησος», «ΒΕΡΟΝΙΚΗ», «Χρυσή Άμμος», «Μαράκι», «ΑΘΗΝΑ», «Ανδρέας ΙΙ», «ΕΤΖΙΑΝ ΓΚΛΟΡΥ», «ΡΟΜΙΛΝΤΑ», «ΔΕΛΦΙΝΙ Ι», «ΔΕΛΦΙΝΙ ΙΙ», «ΔΕΛΦΙΝΙ V», «ΔΕΛΦΙΝΙ XIV», «ΣΠΥΡΙΔΟΥΛΑ», «ΕΛΑΦΙ», «ΔΩΡΑ», «ΜΥΡΤΙΔΙΩΤΙΣΣΑ», βιβλία ημερήσιας αναφοράς και παρουσίασης πληρώματος, έγγραφα περί σύνθεσης πληρωμάτων και καθορισμού συνδέσεως πληρωμάτων επιβατηγών – οχηματαγωγών, φωτογραφίες του επιβατηγού – οχηματαγωγού «ΜΑΡΘΑ»
Β. Οικονομικά στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεων και εκμισθώσεων θαλάσσιων μέσων αναψυχής, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και καυσίμων, καταστάσεις μισθοδοσίας προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επιδομάτων και αμοιβών πληρωμάτων, καταστάσεις ενοικίου οικήματος Λιμεναρχείου.
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα διαγωνισμών δοκίμων υπαξιωματικών και λιμενοφυλάκων, μηνιαία προγράμματα βαρδιών προσωπικού, έγγραφα περί νυχτερινής απασχόλησης, ατομικοί φάκελοι των υπηρετούντων στο Λιμεναρχείο Νεάπολης Βοιών και στους Λιμενικούς Σταθμούς Αγίας Πελαγίας, Καψαλίου, Ελαφονήσου και Μονεμβασίας
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δελτία συμβάντων, πίνακες παραβάσεων και ατυχημάτων. Έγγραφα περί προστίμων, ατυχημάτων εργασίας στη θάλασσα, παραβάσεων κανονισμού λιμένος, ύποπτων σκαφών και καταζητούμενων λέμβων
Ε. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Διευθύνσεις και Τμήματα Υπαξιωματικών και Λιμενοφυλάκων, Διοικητικής Μέριμνας, Προγραμματισμού, Οργάνωσης και Εκπαίδευσης – Μετεκπαίδευσης, Απλούστευσης Διαδικασιών και Ποιότητας Υπηρεσιών, Υγειονομικού, Έρευνας και Διάσωσης, Νομοπαρασκευαστικής Εργασίας, έγγραφα περί αντιμετώπισης κλοπών, διεξαγωγής παιγνίων, συναλλάγματος, βουλευτικών και δημοτικών εκλογών, λειτουργίας θαλάσσιων λουτρών και ύπαρξης λουόμενων και ναυαγοσωστών
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: κατάλογοι και δικαιολογητικά ανέργων ναυτικών.
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις και άδειες κινήσεως αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αλιευτικών επιθεωρήσεων και προστίμων, έγγραφα περί σπογγαλιείας
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: στατιστικά στοιχεία δραστηριοτήτων Λιμενικού Σώματος.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων, πίνακες προσεγγίσεως πλοίων υπό ξένη σημαία, άδειες, καταστάσεις και στατιστικά στοιχεία απόπλου και κατάπλου πλοίων και θαλαμηγών, καταστάσεις φορτώσεως σε πλοία, έγγραφα περί ονομασιών και σημαιών πλοίων και περί ελέγχων στελέχωσης πλοίων, στατιστικά στοιχεία θαλάσσιων συγκοινωνιών, δελτία συμβάντων, βιβλία διαιρέσεως φυλάκων πληρώματος, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος
Β. Οικονομικά στοιχεία: μπλοκ με αποδεικτικά εισπράξεως Λιμενικής Αρχής και Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), βιβλία αποθήκης και κατανάλωσης καυσίμων Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, έγγραφα περί τηλεπικοινωνιακών και φαρικών τελών
Γ. Αλληλογραφία: περί κανονισμού χερσαίας ζώνης και αδειών χρήσης αιγιαλού, έγγραφα περί κίνησης μοτοσυκλετών και περί λειτουργίας αιγιαλού και παραλίας
Δ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων : έγγραφα περί οργανωμένου εγκλήματος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: ατομικές, ερασιτεχνικές και επαγγελματικές άδειες αλιείας, άδειες αλιείας πελαγικών ψαριών, ημερολόγια αλιείας
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: απογραφές ναυτικών, έγγραφα Οίκου Ναύτου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: καταστάσεις επιβατών και οχημάτων, έγγραφα περί κίνησης κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών, περί περιπολιών πλωτών, χερσαίων μέσων και λέμβων και περί ατυχημάτων μελών πληρώματος, άδειες ερασιτεχνικών και επαγγελματικών σκαφών
Β. Οικονομικά στοιχεία: πινάκια δαπανών ιατρών και Νοσοκομείου Σπάρτης, απολογισμοί φαρμάκων, δώρων και οδοιπορικών εξόδων, απολογισμοί Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, μισθοδοτικές καταστάσεις υπαλλήλων Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, δικαιολογητικά είσπραξης λιμενικών τελών, τελών προσόρμισης πλοίων και παγίων προκαταβολών, δικαιολογητικά Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), έγγραφα περί πόρων ασφαλιστικών ιδρυμάτων, πίνακες καυσίμων και λιπαντικών, έγγραφα περί μισθώσεως ακινήτου Λιμενικού Σταθμού Μονεμβασίας, έγγραφα περί εκκαθαρίσεως συντάξεων Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.)
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί υπηρεσιών, εκπαίδευσης και μετεκπαίδευσης προσωπικού Λιμενικού Σώματος
Δ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας
Ε. Αλληλογραφία: περί αδειών χρήσεως και έργων επί αιγιαλού, εκλογών, ελέγχων λυμάτων και ρύπανσης
ΣΤ. Στοιχεία Ναυτικών: έγγραφα περί ανέργων ναυτικών
Ζ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις, υπεύθυνες δηλώσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ερασιτεχνικών και επαγγελματικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί παρουσίας Αιγυπτίων αλιεργατών σε αλιευτικά σκάφη, αλιευτικές επιθεωρήσεις
Η. Στοιχεία Λιμενικού Σώματος: πίνακες με στατιστικά και συγκριτικά στοιχεία