Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Τμήματα – Διευθύνσεις - Γραφεία Διοικητικής Μέριμνας, Προγραμματισμού, Οργάνωσης και Εκπαίδευσης, Ασφάλειας, Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης, Εθιμοτυπίας, Εσωτερικών Υποθέσεων, βιβλία παραδόσεως αλληλογραφίας, έγγραφα περί σύστασης Επιτροπών Ναυαγίων και Ναυαγοσωστών πολυσύχναστων παραλιών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί πληρωμάτων και δρομολογίων των πλοίων «ΣΑΡΩΝΙΚΟΣ», «ΜΑΡΙΑ», «ΚΑΝΤΙΑ», «ΑΝΔΡΕΑΣ ΙΙ», “ΠΗΓΑΣΟΣ», «ΜΗΛΟΣ ΕΞΠΡΕΣ» , «EL GRECO», «ΕΛΑΦΙ», «ΠΑΝΑΓΙΑ ΚΟΙΜΗΣΙΣ», περί δρομολογίων των πλοίων στη γραμμή Πούντα – Ελαφόννησος, δελτία ναυτιλιακής κίνησης
Γ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις ατομικών επαγγελματικών αδειών αλιείας, δελτία αλιευτικής δραστηριότητας
Δ. Στοιχεία Ναυτικών: καταστάσεις ανέργων ναυτικών
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: πίνακες βαρδιών προσωπικού, ατομικοί φάκελοι υπαλλήλων Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας και εισερχομένων σημάτων, ενημερωτικά έγγραφα περί τοποθέτησης «Γαλάζιων Σημαιών», εορτασμού «Παγκόσμιας Ναυτικής Ημέρας» και διεξαγωγής «Special Olympics»., έγγραφα περί προστασίας ακτών από απορρίμματα, αδειών καύσεως πυροτεχνημάτων, έγγραφα και βιβλία περί της εκτελέσεως ραδιοεπικοινωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία κατάπλου σκαφών και θαλαμηγών, μητρώο ναυαγίων, έγγραφα περί μεταβιβάσεων σκαφών, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, βιβλία ελευθεροικοινωνίας
Γ. Στοιχεία Αλιείας: δελτία ατομικών αδειών αλιείας
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλίο περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων υπαξιωματικών στο Λιμενικό Σώμα, έγγραφα Οπλονομείου Αγίας Πελαγίας
Ε. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί καταγγελιών και προστίμων επιβληθέντων από τη Λιμενική Αστυνομία.