Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Άδειες αλιείας, δηλώσεις απωλειών, παράνομες πράξεις αλιείας, ανακοινώσεις προαγωγών, χορηγήσεις Ψ.Π., αναζητήσεις σκαφών, μέτρα ασφαλείας, απογραφόμενοι ναυτικοί προσφερόμενοι για ναυτολόγηση, χορηγήσεις βεβαιώσεων Θ.Υ., αιτήσεις για έκδοση άδειων οδήγησης ταχύπλοου σκάφους κ.τ.ό.

Απαγόρευση εξόδου από τη χώρα σε διωκόμενα άτομα. Παράνομη αλιεία με χρήση εκρηκτικών. Δραστηριότητα του κατηργημένου Λιμενικού Σταθμού Γερακινής. Ασκήσεις αντιαεροπορικών βολών. Παράνομη αλιεία. Δραστηριότητα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας. Εισπράξεις υπέρ Λιμενικού Ταμείου 1987-1993. Δικαιολογητικά ΝΑΤ, Δραστηριοποίηση ΓΕΝΕ, προκήρυξη κατάταξης δοκίμων λιμενοφυλάκων, μέτρα τάξεως.

Στατιστικά στοιχεία επιβατικών οχημάτων. Φάκελοι θεμάτων ΔΛΑ (Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας). Διερευνήσεις καταγγελιών, περιηγητικά ταξίδια,βεβαιώσεις παραβάσεων. Άδειες κατ' εξαίρεσιν επιβίβασης ατόμων σε πλοία μη ακτοπλοϊκά. Φάκελος θεμάτων που αφορούν λιμενικά έργα (Διεύθυνση Λιμένων και Λιμενικών Έργων (ΔΛΛΕ). Διεύθυνση Ασφάλειας (Δ.Α.): Θέματα ασφάλειας, ναυτιλιακές οδηγίες. Φάκελος Ναυτιλιακής πολιτικής και ποντοπόρου ναυτιλίας (ΔΠΝΣ). Σχέσεις ναυτικής εργασίας - Συμβάσεις κ.λπ. Φάκελος δελτίων κίνησης κρουαζιερόπλοιων. Φάκελος άγονων γραμμών. Θέματα ναυλώσεως άγονων γραμμών, εκτέλεση δρομολογίων. Θέματα παλαιού ναυτολογίου.

Το αρχείο του Ναυτικού Διευθυντηρίου αποτελείται από φακέλους εγγράφων, η θεματολογία των οποίων είναι κοινή με του Υπουργείου Ναυτικών. Στο αρχείο περιλαμβάνονται έγγραφα για τα θέματα προσωπικού (ανάγκες του Ναυτικού Διευθυντηρίου και Ναυστάθμου, διορισμοί, απολύσεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας, μετακινήσεις κ.ά.), λογαριασμούς τροφοδοσίας πλοίων και μισθοδοσίας ναυτικών, θέματα δικαιοσύνης, υγειονομικής περίθαλψης, ναυτικής εκπαίδευσης, προμήθειες και διαχείριση υλικών, κατασκευαστικά και επισκευαστικά έργα στο ναύσταθμο και σε πλοία. Τα λυτά έγγραφα του αρχείου ταξινομούνται θεματικά ανά θυρίδα και φάκελο (56 θυρίδες). Επίσης, στο αρχείο συμπεριλαμβάνονται και κατάστιχα (κυρίως πρωτόκολλα).

Μεμονωμένοι φάκελοι ποικίλου περιεχομένου (πίνακας μηνιαίας δραστηριότητας σε θέματα ελέγχου ελληνικών πλοίων, αλληλογραφία που αφορά στις απαιτήσεις γραφείου τελετών για υπηρεσίες του σε θέματα του ναυαγίου Εξπρές Σάμινα, αντίγραφο βιβλίου ταμείου, αλληλογραφία για λιμένες-πλοία-ναυτικούς πράκτορες, χρόνος εργασίας ναυτικών, κ.λπ.).

Απόσπασμα Ημερολογίου Συμβάντων, Προσωρινές άδειες εισόδου, Πίνακας δραστηριότητας, Μεταφορά επικινδύνων φορτίων, Κλοπές/άρσεις κλεμμένων μηχανών-αυτοκινήτων-πινακίδων, Άρσεις προανακρίσεων κατά ναυτικών, Ανευρέσεις λέμβων μηχανών που είχαν κλαπεί, Άρσεις απαγορεύσεων αποδημίας, Άρσεις αναζητήσεων διωκομένων ατόμων, Αναζητήσεις/άρσεις εξαφανιζόμενων ατόμων, Άρσεις πλοίων που αναζητούνται για ρύπανση θάλασσας, Άρσεις απαγόρευσης ναυτολόγησης ναυτικών, Επίδοση ναυτικών φυλλαδίων, Έγγραφα για αποστολή καταλόγων ανέργων ναυτικών για επιδότηση. Σήματα: α) μηνιαία για ναυτικούς που απογράφησαν, β) για ναυτικούς προσφερόμενους για ναυτολόγηση, γ) μηνιαία για αριθμό ανέργων ναυτικών που δικαιούνται επιδότηση, δ) για συλλήψεις λαθρομεταναστών.

2 φάκ. κατάπλου θαλαμηγών υπό ξένη σημαία, 2 φάκ. καταπόλπου πλοίων με πληροφορίες για δρομολόγια και πλήρωματα, 2 φάκ. με ερασιτεχνικές ατομικές άδειες αλιείας, 1 φάκ. με καταλόγους ναυτικών που δεν απασχολούνται (2008), δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών (2008), εισπράξεις λιμενικού ταμείου (2003), πίνακες συμβάντων (2008).

Το υλικό του αρχείου αποτελείται από την κοινή αλληλογραφία του Προξενικού Λιμεναρχείου Αμβούργου με τις υπηρεσίες του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας (αναφορές, στατιστικοί πίνακες, έντυπα σήματα, αποσπάσματα Τύπου) και αντανακλά ένα ευρύ φάσμα από τις αρμοδιότητες του Λιμεναρχείου: προσωπικό του Λιμενικού Σώματος, επιβολή προστίμων και ενέργειες για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος, ασφάλεια ναυσιπλοΐας,, στατιστικά στοιχεία, θέματα ναυτικής εργασίας (πειθαρχικά, ναυτικά φυλλάδια), είσπραξη ναυτιλιακών τελών, ανακρίσεις, ασφάλιση Ναυτικών (Ν.Α.Τ.), δαπάνες προξενείου, μελέτες, δημόσιες σχέσεις (μεταξύ άλλων αποστολή αποσπασμάτων γερμανικού τύπου και ενέργειες του λιμεναρχείου προς γερμανικά μέσα ενημέρωσης σχετικά με το ναυάγιο του Εξπρές Σάμινα τον Σεπτέμβριο του 2000), εκδηλώσεις κλπ.

Αλληλογραφία με προξενικά Λιμεναρχεία, εγκρίσεις χορηγήσεως πληρωμάτων, ναυτολόγηση αλλοδαπών, Διάφορα διμερών συμβάσεων, αποφάσεις αλλαγής ειδικότητας, αιτιολόγησης απολύσεων, αναγνώρισης προϋπηρεσίας, κοινοβουλευτικός έλεγχος, υπομνήματα-αναφορές σωματείων, οργανώσεων, ιδιωτών, εποπτεία ΓΕΝΕ, στατιστικά ανεργίας και επιδοτήσεων, απεργίες, επιθεωρήσεις πλοίων, ναυτεργατικές διαφορές αλλοδαπών, πρωτότυπα συλλογικών συμβάσεων.

Δελτία κατάπλου πλοίων και Θ/Γ (2009), υποβολή δικαιολογητικών απογραφής ναυτικών (2006), αποστολή καταλόγων ναυτικών που δεν απασχολούνται (2006), αποστολή καταλόγων ανέργων ναυτικών προς επιδότηση, απολυθέντες ναυτικοί λόγω ασθένειας, τραυματισμού κ.ά. (1980-1994), ατομικοί φάκελοι ανέργων ναυτικών προσφερομένων για ναυτολόγηση και επιδοτούμενων (2001-2007).

Μηνιαίο δελτίο αλιευτικής δραστηριότητας (2006-2009), δελτίο κίνησης Θ/Γ-Ε/Γ σκαφών (2001-2005), στατιστικός πίνακας διακίνησης επιβατών και οχημάτων (1996), δελτία κατάπλου Θ/Γ με ελληνική και ξένη σημαία (2002-2007), ναυλοσύμφωνα (2003-2005), δελτία αποστολής θερμοκρασίας θαλάσσης (2008), φάκελος ανέργων ναυτικών και παρουσίας ανέργων ναυτικών (2004-2007).

Το υλικό του αρχείου αποτελείται από την κοινή αλληλογραφία του Προξενικού Λιμεναρχείου Αμβούργου με τις υπηρεσίες του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας (αναφορές, στατιστικοί πίνακες, έντυπα σήματα, κλπ) και αντανακλά ένα ευρύ φάσμα από τις αρμοδιότητες του Λιμεναρχείου: προσωπικό του Λιμενικού Σώματος, επιβολή προστίμων και ενέργειες για την προστασία του θαλάσσιου περιβάλλοντος, ασφάλεια ναυσιπλοΐας, στατιστικά στοιχεία, θέματα ναυτικής εργασίας (πειθαρχικά, ναυτικά φυλλάδια), είσπραξη ναυτιλιακών τελών, ανακρίσεις, ασφάλιση Ναυτικών (Ν.Α.Τ.), δαπάνες προξενείου, μελέτες, κ.λπ.

Αρχειακό υλικό του Κεντρικού Λιμεναρχείου Θεσσαλονίκης και των γραφείων που υπάγονται σε αυτό, του Π.Ο.Ν.Θ., των Λιμενικών Τμημάτων Ν. Μουδανιών και Κατερίνης: Βιβλία καυσίμων. Πρωτόκολλο παράδοσης-παραλαβής πλωτού σκάφους και περιπολικών, πιστοποιητικά επιθεώρησης πνευστής σωστικής σχεδίας, πρωτόκολλα παράδοσης-παραλαβής τηλεπ/κού υλικού 1974-1982. Φάκελοι αλληλογραφίας και αποστολής Επιδοτηρίων Λιμενικών Αρχών 1990-1991. Φάκελοι άδειας Οστρακαλιείας. Μέτρα τάξης κατά την απο-επιβίβαση επιβατών και οχημάτων στα Ε/Γ-Ο/Γ πλοία 1990-1992. Φάκελος εσωτερικής αλληλογραφίας Τμήματος Γραμματείας με ΛΑ/Δικαστικό 1990-1995. Φάκελος ΛΑ/Δικαστικού: διαβιβαστικά αποφάσεων και κλήσεων σε λιμενικές και αστυνομικές Αρχές 1992-1993. Διοικητικά θέματα, 1986-1992, ρύπανση θάλασσας 1980-1996, φάκελος Νηολογίων 1996. Πίνακες διαφόρων δαπανών Υγειονομικής Περίθαλψης 1994. Από το Α΄ Λ/Τ Ν.Μηχανιώνας: 1 φάκελος Γαλάζιες σημαίες της Ευρώπης 1997. Από Β΄ Λ/Τ Ν.Μουδανιών: 1 φάκελος Παράνομη αλιεία-άδειες αμμοληψίας- αλληλογραφία με Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων 1995-1997. 3 φάκελοι αδειών πετρέλευσης πλοίων 1996-1997. 11 φάκελοι αδειών σκαφών, γρι-γρι, κ.λπ. Από το Γ΄ Λ/Τ Κατερίνης: 1 Βιβλίο καταγγελιών για παράνομη αλιεία 1992-94. 8 φάκελοι ποικίλων θεμάτων. Από το Δ΄ Λ/Τ Ν. Μαρμαρά: 1 φάκελος κίνησης Θ/Γ σκαφών 1991-1994. Ατυχήματα πλοίων 1986. Από το Λ/Σ Πλαταμώνα: 1 φάκελος ποικίλων θεμάτων 1986-1994. Από Οίκο Ναύτου 1 φάκελος Υγειονομικών. Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: α) Αιτήσεις-εγκρίσεις φορτοεκφόρτωσης επικίνδυνων φορτίων 1988. β) Βιβλίο καταγγελιών παράνομης αλιείας 1985-1989. γ) Άδειες ανέλκυσης-καθέλκυσης 1995-1999. δ) Άδειες πετρέλευσης 1996, 1999. Γραφείο Μικρών Σκαφών: Αιτήσεις έκδοσης-ανανέωσης ατομικών αδειών αλιείας (ερασιτεχνικές/επαγγελματικές) 2000. Τμήμα Ναυτολογίας: Ναυτικοί που έτυχαν προστασίας λόγω ασθενείας ή ατυχήματος. Σημειώματα ΓΕΝΕ των προς ναυτολόγηση ναυτικών έως και 1999. Τμήμα ΛΑ/ΓΓΑ: σχετικά με άδειες καταδυτικών εργασιών, εκδηλώσεις στους χώρους λιμανιού, λειτουργία πλωτών αναψυκτηρίων, άδειες ναυτικών πρακτόρων κ.λπ. Έγραφα του ΠΟΝ Θεσσαλονίκης. Εγκρίσεις φορτοεκφόρτωσης επικίνδυνων ειδών 2000-2001. Φάκελος φορτοεκφόρτωσης φορτίου χύμα πετρελαίου-αερίων σε δεξαμενόπλοια 2001. Φάκελοι του Γραφείου Ασφάλειας με Βεβαιώσεις Ναυτολόγησης-Απόλυσης αλλοδαπών ναυτικών 2001-2003. Φάκελος του Γραφείου Επιστασίας. Φάκελοι του Γρ. Ναυτολογίας (κύρωση συλλογικής σύμβασης εργασίας για πλόες στον Περσο-αραβικό Κόλπο, 1990. Φάκελος Υγειονομικού Ελέγχου αλιευμάτων 2001. Αγγελίες – Κ/Π – Α/Π πλοίων σημαίας εξωτερικού και εσωτερικού 2015. Βεβαιώσεις ναυτολόγησης και απόλυσης αλλοδαπών ναυτικών 2015. Αγγελίες – Κ/Π – Α/Π Κ/Ζ 2012. Καταχωρήσεις σημάτων SCHENGEN-SIRENE 2012. Έντυπα πληροφοριακών στοιχείων για είδος φορτοεκφορτωθέντων πετρελαιοειδών φορτίων έτους 2013.Υπηρεσιακά σημειώματα ελεγχθέντων πλοίων ετών 2013-2014. Φύλλα εκθέσεων επιθεωρήσεων MARPOL ετών 2013-2014. Έγγραφα του ΚΛΘ/Β’ Λ/Τ Ν. Μουδανιών και του Κ.Λ.Θ./Δ’ Λ/Τα Πλαταμώνα.