Ο μεγαλύτερος όγκος του υλικού χρονολογείται από τη δεκαετία του 1880 έως το 1932, έτος του θανάτου του. Το αρχείο διαιρείται σε εννέα σειρές,
Ι: Αλληλογραφία,
ΙΙ:Έργα του Ι. Γενναδίου,
ΙΙΙ: Προσωπικά έγγραφα,
IV: Πολεμικές αποζημιώσεις,
V: Κοινότητες του απόδημου Ελληνισμού,
VI: Η Γεννάδειος Βιβλιοθήκη, VII: Φωτογραφίες,
VIII: Συλλογή Κωνσταντίνου Μαγκάκη,
IX: Διάφορα.
Το Αρχείο Ιωάννου Γενναδίου αποτελεί τμήμα, το μεγαλύτερο, του συνολικού Αρχείου Ιωάννου Γενναδίου που βρίσκεται διαμερισμένο σε δύο άνισα μέρη με πρωτοβουλία του ιδρυτή της βιβλιοθήκης: το εκτενέστερο, κείται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. και το βραχύτερο περιέχεται στο ποικίλο υλικό ενός σημαντικού αριθμού Λευκωμάτων (Scrapbooks), των ιδιότυπων αυτών θεματικών κολλάζ στα οποία ο Γεννάδιος συνέλεξε και απέθεσε με περισσή γνώση και θαυμαστή επάρκεια υλικό, συνήθως εφήμερο, (χαλκογραφίες, χάρτες, φωτογραφίες, αποκόμματα εφημερίδων και περιοδικών, αλλά και επιστολές, προσκλήσεις, ταχυδρομικά δελτία, έντυπα μενού κ.α.) που αφορούσε μια συγκεκριμένη κάθε φορά θεματική σχετικά με την πολιτική, την ιστορία, την βιβλιογνωσία, τον τύπο, την αρχιτεκτονική, την τοπογραφία, τα αρχαία μνημεία. Συγκεκριμένα, 24 Λευκώματα (αρ. 2-24 και 38) περιέχουν αρχειακό υλικό το οποίο, κατά κανόνα, προηγείται χρονολογικά εκείνου που απόκειται στους φακέλους του Αρχείου Ι.Γ. Ειδικότερα, το υλικό του 19ου αιώνα τοποθετήθηκε από τον Ι. Γεννάδιο σχεδόν αποκλειστικά στα Λευκώματα, ακολουθεί αριθμητικά εκείνο των πρώτων ετών του 20ού, και τέλος σποραδικά των υπόλοιπων ετών ως τον θάνατό του (1932). Το υλικό εδώ παρουσιάζεται θεματικά συγκροτώντας μικρές ενότητες αποτελούμενες από αλληλογραφία, αποκόμματα εφημερίδων, προσκλήσεις κλπ. σχετικά με την οικογένεια Γενναδίου, την ίδρυση και ανέγερση του Γενναδείου, την ελληνική και διεθνή πολιτική, την ελληνική οικονομία, την κρίση και τα δάνεια, την βουλευτική υποψηφιότητα του Ι. Γενναδίου στις εκλογές του 1907, την ελληνική ορθόδοξη Εκκλησία και τις σχέσεις της με τις δυτικές ομολογίες. Περιλαμβάνονται επίσης η αρθρογραφία του Ι. Γενναδίου στον ελληνικό και ξένο τύπο-κυρίως τον αγγλόφωνο, τα διπλωματικά του ταξίδια στην Ευρώπη και την Αμερική, η συλλογή των βιβλίων του και τα ex libris, βραβεύσεις του από πνευματικά ιδρύματα και οργανισμούς, και πλείστα λεπτομερή στοιχεία από την συμμετοχή του σε εκδηλώσεις της κοινωνικής ζωής, ιδίως στο Λονδίνο. Το σημαντικότερο όμως τμήμα υλικού του 20ού αιώνα διαμοιράστηκε σε φακέλους συγκροτώντας το Αρχείο Ι.Γ. Κατά συνέπεια ο ερευνητής που μελετά το Αρχείο Ι.Γ. θα πρέπει να έχει συνεχώς υπόψιν αυτή την ιδιαιτερότητα και ως εκ τούτου να ανατρέχει και στις πλούσιες θεματικές συλλογές των Λευκωμάτων προκειμένου να εξασφαλίζει την κατά το δυνατόν πληρότητα στις αναζητήσεις του.

Φύλλα της εφ. "ΤΟ ΒΗΜΑ [της Σμύρνης]" . Οι φάκ. με τα έγγραφα φυλάσσονται στο ισόγειο, στο "PALLADIUM", στην αρχειοθήκη αρ. Α10/4. Τα δημοσιεύματα στον τύπο αφορούν κυρίως τις μελέτες του Δ.Α.Κ. για διάφορα ιστορικά κτίρια της Ερμούπολης Σύρου, όπως το θέατρο "ΑΠΟΛΛΩΝ", το τελωνείο, ο φάρος της Σύρου κ.ά. Θέματα σχετικά με τη ναυτιλία, τις Ναυτικές Σχολές της Σύρας, τα ναυτικά εγχειρίδια και το εμπόριο και τους εμπορικούς συλλόγους απασχόλησαν τον Δ.Α.Κ.
Στο περ. "ΣΥΡΙΑΝΑ ΓΡΑΜΜΑΤΑ" δημοσιεύονται τα εξής άρθρα: "Το Πανελλήνιον", "Θεόφιλος Καΐρης", "Μια εκκεντρική διαφήμιση"...
Στην εφ. το "ΘΑΡΡΟΣ": "Γάμοι Ορθοδόξων" ... και "Το Βάπτισμα" ... μεταξύ αλλοθρήσκων. Μελέτες του για την τυπογραφία στη Σύρο, το παλαιότερο Γυμνάσιο της Ελλάδας κ.α. δημοσιεύονται στο περ. "Αιγαιοπελαγίτικα Θέματα".
Αποκόμματα/φωτοτυπίες από τις εφ.
"ΑΠΟΛΛΩΝ" [1911], "ΘΑΡΡΟΣ" [1925], "ΚΥΚΛΑΔΙΚΗ" [1921, 1927, 1930], "ΠΑΛΙΓΓΕΝΕΣΙΑ" [1918], "ΧΡΟΝΙΚΑ ΣΥΡΟΥ ΜΥΚΟΝΟΥ" [1933].
Το υλικό φυλάσσεται στο ισόγειο, στο "PALLADIUM", στην αρχειοθήκη Α10/4. Βλ. τον αναλυτικό κατάλογο του αρχείου του Δημ. Α. Κρίνου. [Στην αρχειοθήκη χ1/2;;;]

Αποκόμματα εφημερίδων με δημοσιεύματα για τα Αρχεία, τοπική ιστορία, λαογραφία κλπ. Περιλαμβάνει : α) άρθρα εφημερίδων της Βέροιας 1990-1991, 2003-2011 σχετικά με την αρχή λειτουργίας του Αρχείου, την μετονομασία του, το ζήτημα στέγασης, τις σημαντικές δωρεές, ευχαριστήρια από την υπηρεσία σε φορείς, εκδηλώσεις των Αρχείων, υπάρχον υλικό, τη διάλεξη για το αρχείο του Αλή Πασά, τους τουρκικούς κώδικες κ.α. Επίσης περιέχει άλλα άρθρα τοπικής ιστορίας, όπως οι Εφημερίδες της Βέροιας μέχρι το 1967, η πλημμύρα του 1935, το Μακεδονικό Ζήτημα και οι διακρίσεις των Γ. Αλεξιάδη και Γ. Ταϊπλιάδη, β) Αποκόμματα εφημερίδων με δημοσιεύματα για αρχαιολογικά και ιστορικά θέματα και χάρτες, 1990-1997 και 2003-2008. Ο φάκελος περιέχει δημοσιεύματα σχετικά με : ημερίδα για την τυπογραφία και την ιστορία της περιοχής στο Βυζαντινό μουσείο, αρχαιολογικά ευρήματα, το Μουσείο στη Βεργίνα, το θάνατο του αρχαιολόγου Φώτη Πέτσα, την ύπαιθρο της Βέροιας κατά τον 16ο και 17ο αιώνα, στα Οθωμανικά χρόνια και εκ των υστέρων, το "χαμάμ", την εξέγερση του 1822, τη Μικρασιατική εκστρατεία, τους Βεροιώτες νεκρούς του 1940, το έκτακτο Στρατοδικείο της Βέροιας κατά την διάρκεια του εμφυλίου πολέμου, τους εκπαιδευτικούς της Αντίστασης, τους ευεργέτες Αναστάσιο Κάππο και Αικατερίνη Μπαρτζάνη Κάππου, το μέγαρο της Αστυνομικής Διεύθυνσης στο παρελθόν, το κτήριο του παλιού Γυμνασίου και η Αντίδραση προτού γίνει Δημαρχείο και την Εταιρεία Μακεδονικών Σπουδών και το Χιονίδη, γ) Άρθρα για τη μουσική και τη Λαογραφία της Μακεδονίας 1990-1991, 2004. Ο φάκελος περιέχει άρθρα που αφορούν Δημοτικά τραγούδια, παραδόσεις, κάλαντα, χορούς, έθιμα των τσιγγάνων, τον Όλυμπο, τον Αλιάκμονα, τα σήμαντρα, τον Αριστοτέλη, τον Ευριπίδη κλπ. Τα άρθρα είναι των Κοψαχείλη, ως επί το πλείστον, Θ. Γαβριηλίδη και Γ. Καρατσιώλη.