Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Φάκελοι: ΥΕΝ/ΔΠΛΣ, ΥΕΝ/ΔΟΥ , ΥΕΝ/ΔΝ ΕΡ, ΥΕΝ/ΔΑΠ, Αλληλογραφία με Λιμενικό Ταμείο - Είσπραξη λιμενικών δικαιωμάτων, Διαταγές καταζητούμενων πλοίων, ΝΑΤ 473/20.1.88, ΝΑΤ 33860/6.5.87, Δελτία κίνησης Θ/Γ, Δελτία στατιστικής λουομένων, Δελτία ναυτιλιακής κίνησης, Αλληλογραφία παραβάσεων Γενικού Κανονισμού Λιμένα, Δικαιολογητικά παρουσίας πληρώματος , Δελτία συμβάντων, Πρωτόκολλα παράδοσης- παραλαβής

Προσέγγιση κρουαζιερόπλοιων έτους, βουλευτικές εκλογές, χειμερινή- θερινή στολή, ημερίδα Σχολής Εθνικής Άμυνας/ΓΕΕΘΑ, απεργία- λήξη απεργίας Πανελλήνιας Ναυτικής Ομοσπονδίας, εορτασμός Παγκόσμιας Ημέρας Ναυτιλίας, επιβατική κίνηση, σχεδιασμός και δράσεις Πολιτικής Προστασίας, έλεγχοι γενικής αστυνόμευσης και Αστυνομίας Τροχαίας, ανάκριση, καταγγελίες- διερευνήσεις-έλεγχοι

Εκκαθάριση Έτους 2020:
Γραφείο Λιμενικής Αστυνομίας Ενεργοποίηση Επιχειρησιακών Μέσων, Δορυφορικό Σύστημα Παρακολούθησης, Διαπίστωση αλιευτικής παράβασης, δοκιμαστική λειτουργία νέας εφαρμογής Εθνικού Αλιευτικού Μητρώου, εντοπισμός νεκρών θαλάσσιων οργανισμών (ψάρια, χελώνες, δελφίνια, φώκιες), στοιχεία Ενωσιακών και ICCAT Επιθεωρητών, αλιεία τόνου, ερώτηση βουλευτή για προβλήματα του Αλιευτικού Συνεταιρισμού Στυλίδας και απάντηση, Αποτελέσματα ελέγχου – αντιμετώπισης παραεμπορίου, Παράνομες ναυλώσεις τουριστικών σκαφών, Εντατικοποίηση ελέγχων, Παρακολούθηση δράσεων του Εθνικού Προγράμματος Καταπολέμησης Φοροδιαφυγής, Κλοπή πολιτιστικών αγαθών, αναζήτηση – ανεύρεση – παύση αναζήτησης – απόδοση λέμβου/ μηχανής σκάφους, αναζήτηση ατόμων, ολυμπιακή λαμπαδηδρομία «ΡΙΟ 2016», παράνομη αλιευτική δραστηριότητα, ανεύρεση – περισυλλογή οστών, εξουδετέρωση πυρομαχικών εντός θαλάσσης, μέτρα προστασίας - ασφάλειας επισήμων, μέτρα αστυνόμευσης – τάξης – ασφάλειας Κ/Ζ με Ισραηλινούς επιβαίνοντες σε ελληνικούς λιμένες, αναφορά πνιγμού, θάνατος αυτοδύτη, πτώση αυτοκινήτου στη θάλασσα, Πίνακας Ελέγχου Λουτρικών Εγκαταστάσεων, Διενεργηθέντες έλεγχοι σε ταχύπλοα και θαλάσσια μέσα αναψυχής, τραυματισμός αλλοδαπού αλιεργάτη, δικογραφία για διάθεση λυμάτων στη θάλασσα, πλαστογραφία πιστοποιητικών, τραυματισμοί από φωτοβολίδα κατά τη διάρκεια εορτασμών στο λιμάνι του Βόλου, Μηνιαία Ανάλυση Κινδύνου Μεικτής Ευρωπαϊκής Επιτροπής Επιχείρησης ΠΟΣΕΙΔΩΝ (πλήρες κείμενο), απόπλους/ κατάπλους ύποπτων σκαφών, Μηνιαία Ανάλυση Κινδύνου Μεικτής Ευρωπαϊκής Επιχείρησης ΠΟΣΕΙΔΩΝ, απροειδοποίητη επίσκεψη Επιτροπής Αξιολόγησης σε θέματα SCHENGEN, εντοπισμός κινδυνευόντων ατόμων (παράνομα εισερχόμενων αλλοδαπών) στην νήσο Γιούρα Αλοννήσου, επιχείρηση «PANDORA» με αντικείμενο την κλοπή και την παράνομη διακίνηση πολιτιστικών αγαθών (7 – 11 Νοεμβρίου 2016), λήψη μέτρων ασφάλειας κατά τη διάρκεια εβραϊκών θρησκευτικών εκδηλώσεων, μέτρα ασφάλειας επί κατάπλου πολεμικών πλοίων Ηνωμένου Βασιλείου και Ολλανδίας, ταυτόχρονη κοινή πανευρωπαϊκή αστυνομική επιχείρηση για τον εντοπισμό κλεμμένων οχημάτων με κωδική ονομασία AFRICAITINERBIUS, επίσκεψη αξιωματούχων Η.Π.Α στο πλαίσιο μελλοντικών αφίξεων πολεμικών πλοίων Η.Π.Α στο λιμένα Βόλου, συγκρότηση Ομάδας Εργασίας για την Αξιολόγηση και Βελτίωση της διαδικασίας ελέγχου και έκδοσης Βεβαιώσεων του Συστήματος ΗΣΚΕΘΕΕΑ και των διατάξεων που διέπουν το επάγγελμα του ναυτικού πράκτορα. Γραφεία Διεύθυνσης Λιμενικών Υποδομών – Διεύθυνσης Λιμενικής Πολιτικής Άδεια διενέργειας ελέγχων ασφάλειας λιμενικών εγκαταστάσεων, εφαρμογή κώδικα ISPS, ορισμός Υπεύθυνου Ασφαλείας Λιμανιού (Αρχή Ασφάλειας Λιμένα), έλεγχος συμμόρφωσης με τις απαιτήσεις του κανονισμού [ΕΚ] 725/ 2004 , μελέτες Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων έργων, καταγραφή λιμένων χωρίς φορέα διαχείρισης, ερευνητικές/ δειγματοληπτικές γεωτρήσεις, γνωμοδότηση για ενιαία περιβαλλοντική αδειοδότηση υφιστάμενης πλωτής μονάδας πάχυνσης θαλάσσιων μεσογειακών ιχθύων, παραχώρηση δικαιώματος χρήσης αιγιαλού,

Στατιστικά στοιχεία επιβατικών οχημάτων. Φάκελοι θεμάτων ΔΛΑ (Διεύθυνση Λιμενικής Αστυνομίας). Διερευνήσεις καταγγελιών, περιηγητικά ταξίδια,βεβαιώσεις παραβάσεων. Άδειες κατ' εξαίρεσιν επιβίβασης ατόμων σε πλοία μη ακτοπλοϊκά. Φάκελος θεμάτων που αφορούν λιμενικά έργα (Διεύθυνση Λιμένων και Λιμενικών Έργων (ΔΛΛΕ). Διεύθυνση Ασφάλειας (Δ.Α.): Θέματα ασφάλειας, ναυτιλιακές οδηγίες. Φάκελος Ναυτιλιακής πολιτικής και ποντοπόρου ναυτιλίας (ΔΠΝΣ). Σχέσεις ναυτικής εργασίας - Συμβάσεις κ.λπ. Φάκελος δελτίων κίνησης κρουαζιερόπλοιων. Φάκελος άγονων γραμμών. Θέματα ναυλώσεως άγονων γραμμών, εκτέλεση δρομολογίων. Θέματα παλαιού ναυτολογίου.

1) Τμήμα 1 Γενικής Λιμενικής Αστυνομίας: Ακτοπλοϊκή - πορθμιακή κίνηση επιβατών.Στοιχεία πνιγμών. Δελτία συμβάντων. Δελτία συμβάντων. Επισκευές πλοίων / Πυρασφάλεια λιμένων / Αναζητήσεις / Ασφάλεια λιμένων. 2) Τμήμα 3 Κανονισμών και Διατάξεων: Συλλογή στοιχείων για νομοθεσία. Έλεγχος αλιείας. Προστασία αλιείας-αλιεράτες. Έλεγχος σπογγαλιείας-προστασία λοιπών υδρόβιων οργανισμών. Άδειες αλιευτικών σκαφών. Δίωξη-κυρώσεις για παράνομη αλιεία. Διακίνηση ιχθύων και λοιπών αλιευμάτων. Διεθνείς συμβάσεις-αλιευτικά θέματα ΕΟΚ. Υδατοκαλλιέργειες. Διάφορα: Απεργίες. Λεμβολόγια. Υποβρύχια δραστηριότητα. Προστασία υγείας και ασφάλειας εργαζομένων. Παροπλισμένα πλοία. Ναυάγια

Απόσπασμα Ημερολογίου Συμβάντων, Προσωρινές άδειες εισόδου, Πίνακας δραστηριότητας, Μεταφορά επικινδύνων φορτίων, Κλοπές/άρσεις κλεμμένων μηχανών-αυτοκινήτων-πινακίδων, Άρσεις προανακρίσεων κατά ναυτικών, Ανευρέσεις λέμβων μηχανών που είχαν κλαπεί, Άρσεις απαγορεύσεων αποδημίας, Άρσεις αναζητήσεων διωκομένων ατόμων, Αναζητήσεις/άρσεις εξαφανιζόμενων ατόμων, Άρσεις πλοίων που αναζητούνται για ρύπανση θάλασσας, Άρσεις απαγόρευσης ναυτολόγησης ναυτικών, Επίδοση ναυτικών φυλλαδίων, Έγγραφα για αποστολή καταλόγων ανέργων ναυτικών για επιδότηση. Σήματα: α) μηνιαία για ναυτικούς που απογράφησαν, β) για ναυτικούς προσφερόμενους για ναυτολόγηση, γ) μηνιαία για αριθμό ανέργων ναυτικών που δικαιούνται επιδότηση, δ) για συλλήψεις λαθρομεταναστών.

Φάκελοι: Γραφείο Γραμματείας → Αλληλογραφίας θεμάτων εθιμοτυπίας, Φάκελοι αναφορών (Κ.Λ. Βόλου, Κ.Λ. Θεσσαλονίκης , Υ/Χ Καρύστου, Λ/Χ Αιδηψού, Υ/Χ Σκοπέλου, Υ/Χ Κύμης, Κ.Λ. Χαλκίδας), Γραφείο Επιστασίας → Ατομικοί Φάκελοι, Φάκελος δελτίων μηνιαίων συσκέψεων Λιμενικών Αρχών, Λιμενική Αστυνομία → Διενέργειες ελέγχων από Λιμενικές Αρχές, Φάκελος συνόδου κορυφής Ευρωπαϊκής Ένωσης στη Χαλκιδική, Φάκελος αναφορών για ναυαγοσώστες, Γραφείο Ασφαλείας Ναισιπλοΐας → Φάκελος αναφορών Λιμενικών Αρχών για περιστατικά έρευνας διάσωσης, Φάκελος πτώσης ελικοπτέρου «ΣΙΝΟΥΚ» με επιβαίνοντα τον Πατριάρχη Αλεξανδρείας και τη συνοδεία του την 01.10.2004.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκτελωνιστών, σημειωτών, ξεναγών, καταστημάτων υγειονομικού ενδιαφέροντος, αδειών καταδυτικών συνεργείων, αστυνομικών ελέγχων, στατιστικά στοιχεία πνιγμών
Β. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί του επιβατηγού «Βιτσέντζος Κορνάρος», πυρασφάλειας λιμενικών πλοίων και τροφοδοσίας πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας, αναγγελίας θυελλωδών ανέμων, στρατολογίας
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα και βιβλία περί διαγωνισμού κατάταξης λιμενοφυλάκων
Γ. Οικονομικά Στοιχεία: πιστοποιητικά αποζημιώσεων, έγγραφα περί φαρικών τελών και οδοιπορικών εξόδων προσωπικού
Δ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, κατάπλου πλοίων, αποκόμματα εισιτηρίων πλοίου γραμμής Γυθείου – Κυθήρων, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων (Κ.Ε.Ε.Π.)
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου – Λιμενικών Αρχών: Εκθέσεις Επιθεώρησης Λιμενικών Αρχών, έγγραφα επιθεώρησης Λιμεναρχείου Γυθείου.

Γραφείο Πλωτών Χερσαίων Μέσων → Προγραμματισμός περιπολιών σκαφών Λιμενικών Αρχών
Γραφείο Γραμματείας – Εθιμοτυπίας → Γενική Αλληλογραφία εθιμοτυπίας
Γραφείο Επιστασίας → Κοινή και γενική Αλληλογραφία Κ.Λ.Β, Κύμης, Σκοπέλου, Στυλίδας, Σκιάθου, Αλιβερίου, Αιδηψού, Σκάλας Κατερίνης, Καρύστου, Ιερισσού, Κ.Λ. Θεσσαλονίκης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεως κατοικίας Λιμενάρχη
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί ελέγχου ξενοδοχειακών και τουριστικών εγκαταστάσεων - ελαιοτριβείων - ελαιουργείων, παράδοσης και παραλαβής οπλισμού, προστασίας της θάλασσας και των ακτών από ρύπανση, εορτής Αγίου Νικολάου
Γ. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: έγγραφα διοικητικών παραβάσεων κανονισμού Λιμένος, παραβάσεων αλιείας, διοικητικών παραβάσεων.
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα μηνιαίων συσκέψεων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού.
Ε. Γραφείο Πλωτών – Χερσαίων Μέσων: διαταγές απογραφικής τακτοποίησης περί πλωτών Λιμενικού Σώματος.