Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Υπουργείο Γεωργίας, τη Διεύθυνση Υγείας και Πρόνοιας Νομαρχίας Λακωνίας, τη Διεύθυνση Κτηνιατρικής Νομαρχίας Λακωνίας, τη Νομαρχία Χανίων, το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας, το Υπουργείο Κοινωνικών Υπηρεσιών και τη Διεύθυνση Θαλάσσιων Συγκοινωνιών, έγγραφα περί γνωμοδοτήσεων για χρήση αιγιαλού, εκδόσεως αδειών τοποθέτησης τραπεζοκαθισμάτων και ομπρελών στη χερσαία ζώνη του Λιμένος Γυθείου, μέτρησης θερμοκρασίας επιφάνειας θαλάσσης, μεταφοράς χαρουπιών
Β. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί δρομολογίων επιβατηγών, οχηματαγωγών, θαλαμηγών, κρουαζιερόπλοιων και πλοίου στη γραμμή Γυθείου – Κυθήρων – Αντικυθήρων – Κισάμου, μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, έγγραφα περί αναγγελιών – καθυστερήσεων - απαγορεύσεων απόπλου, καρτέλες καταπλεόντων πλοίων με ξένη σημαία, άδειες πετρέλευσης σκαφών, άδειες εξόδου πληρωμάτων καταπλεόντων πλοίων
Γ. Στοιχεία Ναυτικών: εγκύκλιοι απογραφής ναυτικών, έγγραφα Γραφείου Ευρέσεως Ναυτικής Εργασίας (ΓΕΝΕ), κατάλογοι και δικαιολογητικά προσφερομένων για ναυτολόγηση ανέργων ναυτικών, εγκύκλιοι προκηρύξεων για την εισαγωγή σπουδαστών στις Ακαδημίες Εμπορικού Ναυτικού (Α.Ε.Ν.)
Δ. Στοιχεία Παραβάσεων: έγγραφα περί διοικητικών παραβάσεων κανονισμού λιμένος
Ε. Στοιχεία Αλιείας: εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκτελωνιστών, σημειωτών, ξεναγών, καταστημάτων υγειονομικού ενδιαφέροντος, αδειών καταδυτικών συνεργείων, αστυνομικών ελέγχων, στατιστικά στοιχεία πνιγμών
Β. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί του επιβατηγού «Βιτσέντζος Κορνάρος», πυρασφάλειας λιμενικών πλοίων και τροφοδοσίας πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας, αναγγελίας θυελλωδών ανέμων, στρατολογίας
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα και βιβλία περί διαγωνισμού κατάταξης λιμενοφυλάκων
Γ. Οικονομικά Στοιχεία: πιστοποιητικά αποζημιώσεων, έγγραφα περί φαρικών τελών και οδοιπορικών εξόδων προσωπικού
Δ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, κατάπλου πλοίων, αποκόμματα εισιτηρίων πλοίου γραμμής Γυθείου – Κυθήρων, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων (Κ.Ε.Ε.Π.)
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου – Λιμενικών Αρχών: Εκθέσεις Επιθεώρησης Λιμενικών Αρχών, έγγραφα επιθεώρησης Λιμεναρχείου Γυθείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεως κατοικίας Λιμενάρχη
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί ελέγχου ξενοδοχειακών και τουριστικών εγκαταστάσεων - ελαιοτριβείων - ελαιουργείων, παράδοσης και παραλαβής οπλισμού, προστασίας της θάλασσας και των ακτών από ρύπανση, εορτής Αγίου Νικολάου
Γ. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: έγγραφα διοικητικών παραβάσεων κανονισμού Λιμένος, παραβάσεων αλιείας, διοικητικών παραβάσεων.
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα μηνιαίων συσκέψεων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού.
Ε. Γραφείο Πλωτών – Χερσαίων Μέσων: διαταγές απογραφικής τακτοποίησης περί πλωτών Λιμενικού Σώματος.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.