Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας και εισερχομένων σημάτων, ενημερωτικά έγγραφα περί τοποθέτησης «Γαλάζιων Σημαιών», εορτασμού «Παγκόσμιας Ναυτικής Ημέρας» και διεξαγωγής «Special Olympics»., έγγραφα περί προστασίας ακτών από απορρίμματα, αδειών καύσεως πυροτεχνημάτων, έγγραφα και βιβλία περί της εκτελέσεως ραδιοεπικοινωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία κατάπλου σκαφών και θαλαμηγών, μητρώο ναυαγίων, έγγραφα περί μεταβιβάσεων σκαφών, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, βιβλία ελευθεροικοινωνίας
Γ. Στοιχεία Αλιείας: δελτία ατομικών αδειών αλιείας
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλίο περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων υπαξιωματικών στο Λιμενικό Σώμα, έγγραφα Οπλονομείου Αγίας Πελαγίας
Ε. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί καταγγελιών και προστίμων επιβληθέντων από τη Λιμενική Αστυνομία.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: διαβιβάσεις διαταγών προς το Α΄ Λιμενικό Τμήμα Μονεμβασίας και το Β΄ Λιμενικό Τμήμα Κυθήρων, έγγραφα περί του προγράμματος «Καταπολέμηση της Φοροδιαφυγής», περί προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος, έντυπα σήματα περί στολών, αθλητικών δραστηριοτήτων και πολιτιστικών εκδηλώσεων, έγγραφα περί λειτουργίας φάρων και ασφάλειας εγκαταστάσεων Λιμενικού Σώματος, αντίγραφα ημερολογίων συμβάντων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εκπαίδευσης, διαγωνισμών κατάταξης, τοποθετήσεων, μεταθέσεων, αποσπάσεων, ανάθεσης καθηκόντων, οργανικής σύνθεσης και ασφάλισης προσωπικού, έγγραφα Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος
Γ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: δελτία κίνησης πλοίων υπό ξένη σημαία, πίνακες στατιστικών στοιχείων θαλασσίων συγκοινωνιών, αγκυροβόλια πλοίων στον όρμο Βατίκων, βεβαιώσεις ελλιμενισμού, άδειες καταδυτικών εργασιών και άδειες χειριστών ταχύπλοων σκαφών, άδειες εκμίσθωσης θαλασσίων μέσων αναψυχής, υποβολές ναυτιλιακής κίνησης
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί εκμισθώσεων χώρων αιγιαλού και παραλίας Δήμου Ελαφονήσου και Νήσου Κυθήρων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος, αλληλογραφία περί τοπικού σχεδίου αντιμετώπισης ρύπανσης
Γ. Λιμενική Αστυνομία: τριμηνιαία και εξαμηνιαία δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας
Δ. Στοιχεία Αλιείας: άδειες αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας.