Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, βιβλία εισερχομένων και εξερχομένων σημάτων, έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιων χελωνών
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία απόπλου και κατάπλου πλοίων και σκαφών, βιβλία ημερήσιων αναφορών πληρωμάτων, βιβλία και ημερολόγια συμβάντων, βιβλία μεταβολών πληρωμάτων, μητρώα ναυτικών γραφείων και πρακτορείων
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας - Παραβάσεων - Προστίμων: εκθέσεις βεβαίωσης παραβάσεων, βιβλία τιμωρηθέντων ναυτικών
Δ. Οικονομικά στοιχεία: βιβλία εισπράξεως Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), βιβλία ταμείου και εισπράξεως Λιμενικής Αρχής, μπλοκ αποδεικτικών είσπραξης, βιβλία δικαιολόγησης πενθημέρων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκθαλάσσωσης θαλασσίων χελωνών
Β. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις για έκδοση και ανανέωση αδειών αλιείας καθώς και απόπλου για αλιεία στα διεθνή ύδατα, έγγραφα επιτροπής ελέγχων ιχθυοπαγίδων, στατιστικά στοιχεία σπογγαλιείας, έγγραφα περί χορήγησης αδειών οστρακοκαλλιέργειας και αλιείας δολωμάτων, έγγραφα αλιευτικών ελέγχων εν όψει τριημέρου Καθαράς Δευτέρας και περιόδου Σαρακοστής
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί μετεγγραφών σκαφών, κατάπλου κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία αλιείας: έγγραφα περί αλιείας λαγοκέφαλου και οστρακοειδών, άδειες αλιείας, έγγραφα παραβάσεων κανονισμών αλιείας, μηνιαία δικαιολογητικά συστήματος αλιείας, εκθέσεις αλιευτικής επιθεώρησης, ημερολόγια αλιείας
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας μεσογειακής φώκιας, θαλάσσιας χελώνας και δορυφορικών συστημάτων παρακολούθησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί τηρήσεως κανονισμών Ευρωπαϊκής Ένωσης, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας
Β. Στοιχεία αλιείας: ονομαστικές καταστάσεις αλιεργατών, καταστάσεις αλιευτικών σκαφών, έγγραφα περί αδειών αλιείας, ιχθυοκαλλιέργειας και Συλλόγων Αλιέων
Γ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: στατιστικά στοιχεία μικρών σκαφών, έγγραφα περί απόπλου πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: προκηρύξεις πρόσληψης, πίνακες υπηρεσιών προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί υπαλληλικών και συνδικαλιστικών θεμάτων
Β. Στοιχεία Πλοίων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων
Γ. Αφίσες: περί καθαριότητας των παραλιών, ληπτέων μέτρων υγιεινής για την προστασία από κορονοϊούς και τον ιό Ebola
Δ. Στοιχεία ναυτικών: καταστάσεις ναυτικών προσφερόμενων για ναυτολόγηση, δελτία απογραφής ναυτικών, αιτήσεις και δικαιολογητικά έκδοσης ναυτικών φυλλαδίων, έγγραφα περί ναυτικής ικανότητας
Ε. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις - υπεύθυνες δηλώσεις ανανεώσεων ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία, ερυθρού τόνου και μεγάλων πελαγικών ψαριών
ΣΤ. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας της θαλάσσιας χελώνας.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεως κατοικίας Λιμενάρχη
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί ελέγχου ξενοδοχειακών και τουριστικών εγκαταστάσεων - ελαιοτριβείων - ελαιουργείων, παράδοσης και παραλαβής οπλισμού, προστασίας της θάλασσας και των ακτών από ρύπανση, εορτής Αγίου Νικολάου
Γ. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: έγγραφα διοικητικών παραβάσεων κανονισμού Λιμένος, παραβάσεων αλιείας, διοικητικών παραβάσεων.
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα μηνιαίων συσκέψεων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού.
Ε. Γραφείο Πλωτών – Χερσαίων Μέσων: διαταγές απογραφικής τακτοποίησης περί πλωτών Λιμενικού Σώματος.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί ανευρέσεως χελωνών
Β. Στοιχεία Πλοίων: Καταστάσεις κίνησης επιβατών – Ακτοπλοϊκό ΑΚΟΥΑ ΤΖΙΟΥΕΛ, έγγραφα περί αναθέσεως πρακτόρευσης κρουαζιερόπλοιων, προγράμματα κατάπλου πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας και εισερχομένων σημάτων, ενημερωτικά έγγραφα περί τοποθέτησης «Γαλάζιων Σημαιών», εορτασμού «Παγκόσμιας Ναυτικής Ημέρας» και διεξαγωγής «Special Olympics»., έγγραφα περί προστασίας ακτών από απορρίμματα, αδειών καύσεως πυροτεχνημάτων, έγγραφα και βιβλία περί της εκτελέσεως ραδιοεπικοινωνίας
Β. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: βιβλία κατάπλου σκαφών και θαλαμηγών, μητρώο ναυαγίων, έγγραφα περί μεταβιβάσεων σκαφών, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, βιβλία ελευθεροικοινωνίας
Γ. Στοιχεία Αλιείας: δελτία ατομικών αδειών αλιείας
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: βιβλίο περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων υπαξιωματικών στο Λιμενικό Σώμα, έγγραφα Οπλονομείου Αγίας Πελαγίας
Ε. Λιμενική Αστυνομία: έγγραφα περί καταγγελιών και προστίμων επιβληθέντων από τη Λιμενική Αστυνομία.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Αλληλογραφία: διαβιβάσεις διαταγών προς το Α΄ Λιμενικό Τμήμα Μονεμβασίας και το Β΄ Λιμενικό Τμήμα Κυθήρων, έγγραφα περί του προγράμματος «Καταπολέμηση της Φοροδιαφυγής», περί προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος, έντυπα σήματα περί στολών, αθλητικών δραστηριοτήτων και πολιτιστικών εκδηλώσεων, έγγραφα περί λειτουργίας φάρων και ασφάλειας εγκαταστάσεων Λιμενικού Σώματος, αντίγραφα ημερολογίων συμβάντων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εκπαίδευσης, διαγωνισμών κατάταξης, τοποθετήσεων, μεταθέσεων, αποσπάσεων, ανάθεσης καθηκόντων, οργανικής σύνθεσης και ασφάλισης προσωπικού, έγγραφα Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος
Γ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: δελτία κίνησης πλοίων υπό ξένη σημαία, πίνακες στατιστικών στοιχείων θαλασσίων συγκοινωνιών, αγκυροβόλια πλοίων στον όρμο Βατίκων, βεβαιώσεις ελλιμενισμού, άδειες καταδυτικών εργασιών και άδειες χειριστών ταχύπλοων σκαφών, άδειες εκμίσθωσης θαλασσίων μέσων αναψυχής, υποβολές ναυτιλιακής κίνησης
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί εκμισθώσεων χώρων αιγιαλού και παραλίας Δήμου Ελαφονήσου και Νήσου Κυθήρων.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: αναγγελίες κατάπλου – απόπλου πλοίων, πίνακες στατιστικών στοιχείων κίνησης πλοίων, ναυτολόγια, αποδεικτικά ναυτικής ικανότητας, δελτία κίνησης επιβατών και οχημάτων πλοίου «ΠΟΡΦΥΡΟΥΣΑ», έγγραφα περί δρομολογίων στη γραμμή Ελαφονήσου-Πούντας, δελτία κίνησης λιμενικής Αρχής Αγίας Πελαγίας, έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), έγγραφα περί αδειών μεταφοράς νεκρού, μέτρων ασφαλείας εγκαταστάσεων, χρήσης και συντήρησης υλικών, προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος και ακτών, έγγραφα περί τοπικού σχεδίου ρύπανσης – εκτάκτων αναγκών, υποβολή αναφορών συμβάντων
Γ. Οικονομικά στοιχεία: καταστάσεις πληρωμών και μπλοκ Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου (Ν.Α.Τ.), μπλοκ εισπράξεων Ενιαίου Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικών Λιμεναρχείου (Ε.Κ.Ο.Ε.Μ.Ν.), μπλοκ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού (Μ.Τ.Ν.) Λιμεναρχείου Καψαλίου
Δ. Στοιχεία Αλιείας: αιτήσεις χορήγησης ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και τόνου και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας
Ε. Στοιχεία Προσωπικού: υποβολές πινάκων προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης
ΣΤ. Στοιχεία νομοθεσίας - παραβάσεων – προστίμων: οδηγίες για εφαρμογή αποφάσεων, έγγραφα περί αντιμετώπισης λαθρομετανάστευσης, οργανωμένου εγκλήματος, καταπολέμησης φοροδιαφυγής, έγγραφα περί ελέγχων για χρήση αλκοόλ από κυβερνήτες σκαφών και περί πρόστιμων για παραβάσεις νομοθεσίας αναφορικά με την προστασία αιγιαλού, λουτρικών εγκαταστάσεων και κυκλοφορίας φορτηγών οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων
Ζ. Λιμενική Αστυνομία: δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: έγγραφα περί σκαφών αναψυχής
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας θαλάσσιου περιβάλλοντος, αλληλογραφία περί τοπικού σχεδίου αντιμετώπισης ρύπανσης
Γ. Λιμενική Αστυνομία: τριμηνιαία και εξαμηνιαία δικαιολογητικά Λιμενικής Αστυνομίας
Δ. Στοιχεία Αλιείας: άδειες αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία και περί διενέργειας αλιείας από αλιευτικά σκάφη ξένης εθνικότητας.