Το αρχείο διαρθρώνεται σε υποαρχεία των επιμέρους Τμημάτων του με τις αρχειακές σειρές να διαμορφώνονται ως ακολούθως: Τμήμα Α' Διοικητικό: Αλλαγές επωνύμων, Αλλοδαποί-ειδήσεις μεθορίου, χορηγούμενες άδειες περιήγησης της Ελλάδας, Αστυνομία, Δημαιρεσιακά έξοδα, Δημόσια ασφάλεια, Εκδουλεύσεις αγωνιστών, Εκλογικά, Επικουρίες και αμοιβές, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Μισθοί και έξοδα διοικητικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα ποινικών υπαλλήλων, Πολιτογραφήσεις, Προσωπικό υπουργείων και νομαρχιών, Στρατός, Συντάξεις απομάχων χηρών και ορφανών, Τελετές και πανηγύρεις, Φυλακές. Τμήμα Β' Δημοτικό: Αγαθοεργίες και αγαθοεργά καταστήματα, Αναθήματα-κληροδοτήματα, Δημοτικά διοικήσεων και νομών, Δημοτικές αρμοδιότητες, Δημοτικοί κανονισμοί, Εκθετα τέκνα, Επαρχιακά διοικήσεων και νομών, Επαρχιακά Συμβούλια, Ερανοι, Καθυστερούντες και καθ' υπέρβαση μισθοί και έξοδα, Φορολογία. Τμήμα Γ' Υγειονομικό: Εμβολιασμοί, Ιατρική εκπαίδευση, Μεταβολές ιατρικού προσωπικού, Μεταβολές υγειονομικών υπαλλήλων, Μισθοί και έξοδα υγειονομικών υπαλλήλων και ιατρών, Νόσοι εσωτερικοί-εξωτερικοί, Σύσταση και υπηρεσία λοιμοκαθαρτηρίων, Σύσταση και υπηρεσία υγειονομείων, Υγειονομικαί εισπράξεις, Υγειονομικές καθάρσεις, Υγειονομικές παραβάσεις, Υγειονομικοί κανονισμοί, Υπηρεσία ιατρών, Φάρμακα και φαρμακεία, Φωτισμός-καθαριότητα και νεκροταφεία πόλεων. Τμήμα Δ' Δημόσιας Οικονομίας: Αποικίες-μετοικεσίες-συνοικισμοί, Αρχαιότητες, Ασφαλιστικά καταστήματα, Ατμοπλοΐα, Βιομηχανία-θέατρα-παγκόσμιες εκθέσεις, Γεωργία, Γραφείο Δημόσιας Οικονομίας, Δασονομία-αγρονομία-αγροφυλακή-Γεωργική Σχολή Τίρυνθας , Δενδροκομεία, Δημητριακοί καρποί, Δημόσιοι πρόσοδοι, Εθνικά- ιδιωτικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εθνικά-διαφιλονικούμενα-εκκλησιαστικά κτήματα και προικοδοτήσεις, Εκπαιδευτικά καταστήματα-υπότροφοι, Εμπόριο, Επιστημονικές συλλογές, Εφημερίδες και περιοδικά συγγράμματα, Ιπποφορβείο, Κατάπλοι και απόπλοι, Κτηνοτροφία, Λατομεία, Λαχεία, Μεταθέσεις πρωτευουσών, Μέταλλα-μεταλλεία, Μέτρα και σταθμά, Μνημεία, Ναυτιλία, Οροθεσίες δήμων και χωριών, Παράσημα, Σιδηρόδρομοι, Στατιστικά, Συγχωνεύσεις και μετασχηματισμοί δήμων, Σχέδια πόλεων, Ταχυδρομικά, Ταχυδρομικά τέλη, Ταχυδρομικές συμβάσεις, Τηλεγραφικά, Τοπογραφικοί χάρτες, Υλοτομία, Χρηματικές προκαταβολές, Χρηματικές τράπεζες, Χρηματικές τράπεζες-χρηματικές προκαταβολές-τοπογραφικοί χάρτες. Τμήμα Ε' Δημοσίων Έργων: Oδοποιΐα, Γεφυροποΐα, Δημόσια κτίρια, Ιερά καταστήματα, Λιμενικά έργα: φάροι-προκυμαίες, Μηχανικό: υπηρεσία γεωμετρών και αρχιτεκτόνων, Μισθοί και έξοδα προσωπικού δημοσίων έργων, Υδραυλικά έργα: φρέατα-διώρυγες-οχετοί-αποξηράνσεις λιμνών και ελών.

Περιέχει υπηρεσιακή αλληλογραφία του Μινιστερίου των Εσωτερικών/του Υπουργείου των Εσωτερικών/της Επί της Εσωτερικών και της Αστυνομίας Γραμματείας της Επικρατείας με διάφορες αρχές της κεντρικής επαναστατικής διοίκησης (Εκτελεστικό, Βουλευτικό, Αντικυβερνητική Επιτροπή, Υπουργεία κλπ.), καθώς και με τοπικές αρχές (έπαρχοι, αντέπαρχοι, δημογεροντίες, εφορείες κλπ.).
Επίσης περιλαμβάνει αναφορές από πολίτες προς το Μινιστέριο/Υπουργείο/Γραμματεία Εσωτερικών, καθώς και αναφορές προς τη Διοίκηση, το Εκτελεστικό Σώμα, την Αντικυβερνητική Επιτροπή κλπ. για ζητήματα αρμοδιότητας του Υπουργείου Εσωτερικών.
Τέλος στο αρχείο εντοπίζονται διάφορα αποδεικτικά, λογαριασμοί, ιδιωτική αλληλογραφία κλπ.