Το αρχείο αντιστοιχεί στα παρακάτω Τμήματα: Τμήμα Εκκλησιαστικόν: Προϋπολογισμοί, απολογισμοί μονών, διοικητικά θέματα, συνενώσεις-προσαρτήσεις μονών κ.ά. Τμήμα Μέσης και Ανωτέρας Εκπαιδεύσεως: Θέματα προσωπικού, εξετάσεις Ελληνικών σχολείων και Γυμνασίων, Εθνική Βιβλιοθήκη, Διδασκαλεία, Αστεροσκοπείο, στρατιωτική εκπαίδευση κλπ. Τμήμα Δημοτικής Εκπαιδεύσεως: Θέματα προσωπικού, εξετάσεις, σύσταση και κατάσταση δημοτικών σχολείων, ιδιωτικά σχολεία κλπ. Τμήμα Αρχαιολογικόν: Θέματα προσωπικού, ανασκαφές, μουσεία, απαλλοτριώσεις, αρχαιολογικές εργασίες, ποικίλα ζητήματα Τμήμα Λογιστικόν: Εγκρίσεις δαπανών, εντάλματα, οδοιπορικά κλπ.

Το αρχείο διαρθρώνεται σε τρεις σειρές ως εξής: όπως: α) γνωματεύσεις της Επιτροπής του Εκκλησιαστικού Ταμείου για την εκκλησιαστική και μοναστηριακή περιουσία, β) πρακτικά συνεδριάσεων Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, γ) κτήριο και προσωπικό Επιτροπής Εκκλησιαστικού Ταμείου, δ) συντάξεις αμνηστευθέντων κληρικών (θυρίδα 100/3) καθώς επίσης και φάκελοι που αφορούν στην οικονομική λειτουργία του Ταμείου: μισθοί προσωπικού και Επιτρόπου, χρηματικά εντάλματα του Γενικού Ταμείου Εκκλησιαστικού, εγγυητές και χρέη προς το Ταμείο κά. (θυρίδα 100/4). Περιλαμβάνονται ακόμα φάκελοι "διοικητικών ταμείων" Μήλου, Σκιάθου, Σκοπέλου, και διάφορα ποικίλα του Υπουργείου Εκκλησιαστικών.
Στην Β΄ σειρά της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως περιλαμβάνονται έγγραφα που αφορούν: Δημοτικά σχολεία αρρένων, Δημοτικά σχολεία κορασίων, Νηπιακά σχολεία, Δημοδασκάλους και δημοτικά σχολεία του κράτους γενικά, το Προσωπικό δημοτικών σχολείων και τα βοηθήματά τους, το Αρχιτεκτονικό Σχολείο, τα Ιδιωτικά Σχολεία, των Καθολικών Σχολεία, τα Ναυτικά Σχολεία, την Μουσική Εκκλησιαστική Σχολή, το Πανεπιστήμιο, το Πολυτεχνικόν Σχολείον, το Σχολείον Πυροβολιστών, τη Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή, τη Σχολή κορασίων Ρόμπερτσον, τα Σχολεία της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας, το Χειρουργικόν Σχολείον, τη Σχολή Χίλλ, τη Μαιευτική Σχολή, την Αρχαιολογική Εταιρεία, τις Αρχαιότητες Αιγαίου, Πελοποννήσου και Στερεάς Ελλάδος, το Αστεροσκοπείο, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη: Γενικά-Πώληση και διανομή βιβλίων, τις Ειδικές Βιβλιοθήκες των Ελληνικών Σχολείων, το Βιβλιοπωλείο της Βασιλικής Τυπογραφίας και Βιβλία διδακτικά, Βιβλιοπώλες και απαγόρευση βιβλίων, Εφημερίδες, την Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, Κληροδοσίες, Προσφορές, τις Οικοδομές, τους Καθυστερούμενους μισθούς διδασκάλων του κράτους, τα Μουσεία, τη Νομισματική Συλλογή, τις Συνδρομές συγγραμμάτων, το Βασιλικόν Τυπογραφείον, τα Καταστήματα Κωφών, την Ιατρική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Εταιρεία, τη Φαρμακευτική Σχολή, τη Φιλεκπαιδευτική Εταιρεία, τη Φιλολογική Λέσχη, τη Φυσικοϊστορική Εταιρεία, την Εταιρεία Ωραίων Τεχνών και την Παιδεία γενικά. Η Γ΄ σειρά των Χρηματικών Ενταλμάτων δημιουργήθηκε για λόγους πρακτικούς και περιλαμβάνει στελέχη χρηματικών ενταλμάτων που σχετίζονται με τις δαπάνες της Γραμματείας/Υπουργείου Εκκλησιαστικών και Δημοσίου Εκπαιδεύσεως, επιμεριζόμενες σε δύο τμήματα που αντιστοιχούν στις σειρές Α΄ και Β΄.