Περιέχει τις ενότητες: Ι. Εκκλησιαστικών και ΙΙ. Παιδείας. Η πρώτη ενότητα περιλαμβάνει υλικό σχετικά με την Ιερά Σύνοδο, το Εκκλησιαστικό Ταμείο και την Επιτροπή, τους Επισκόπους και τις Επισκοπές, τις Γυναικείες Μονές, τη Μοναστηριακή περιουσία και τις Εκκλησιαστικές σχολές. Η δεύτερη ενότητα περιλαμβάνει υλικό σχετικά με το Πανεπιστήμιο, το Γυμνάσιο και το Ελληνικό Σχολείο, τη Δημοτική Εκπαίδευση, το Ορφανοτροφείο, την Αρχαιολογική Υπηρεσία, τη Δημόσια Βιβλιοθήκη, τις Υποτροφίες, τις Επιστημονικές Εταιρείες, τις Οικοδομές, τις Ιδιωτικές Σχολές, το Διδασκαλείο, τα ζητήματα διδακτικού προσωπικού, τα κληροδοτήματα, το Αστεροσκοπείο, το προσωπικό του Υπουργείου.

Αρχείο του νομικού συμβούλου του Οικουμενικού Πατριαρχείου Αυρήλιου Σπαθάρη και γιου του καθηγητή της Μεγάλης του Γένους Σχολής Ανδρέα Σπαθάρη. Το αρχείο καλύπτει ποικίλα νομικά ζητήματα που αφορούν το Οικουμενικό Πατριαρχείο και την ελληνική μειονότητα της Κωνσταντινούπολης από τις αρχές του 20ου αιώνα έως το 1957. Συγκεκριμένα, περιλαμβάνονται φάκελοι που αφορούν τα δικαιώματα των μειονοτήτων στη Συνθήκη των Σεβρών, τις διαπραγματεύσεις στη Συνδιάσκεψη της Λωζάννης καθώς και το μειονοτικό καθεστώς των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης μετά το 1923. Περιλαμβάνονται, επίσης, φάκελοι για τη διεκδίκηση κληροδοτημάτων από το Οικουμενικό Πατριαρχείο, για το εκκλησιαστικό καθεστώς των Νέων Χωρών, το εκκλησιαστικό ζήτημα της Κρήτης και για τη δικαστική δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας. Η αλληλογραφία του Σπαθάρη με διάφορους Κωνσταντινουπολίτες παρέχει στοιχεία για την ελληνική μειονότητα της Κωνσταντινούπολης και το Οικουμενικό Πατριαρχείο, όπως πληροφορίες για την οικονομική και εκπαιδευτική κατάσταση της μειονότητας, τις διενέξεις και τις αλληλοκατηγορίες στους κόλπους του Πατριαρχείου κ.ά. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η αλληλογραφία μεταξύ προσφύγων στα καραμανλίδικα, όπου προβάλλονται πτυχές της κοινωνικής ζωής των τουρκόφωνων προσφύγων μετά την Ανταλλαγή των Πληθυσμών.

Γράμματα πατριαρχών Κωνσταντινουπόλεως: Διονυσίου Δ' (1676), Νεοφύτου ΣΤ' (1[7]36), Σεραφείμ Β' (1759), Σαμουήλ (1763), Θεοδοσίου Β' (1769), του μητροπολίτη Ουγγροβλαχίας Γρηγορίου (1775) κ.ά. προς τη μητρόπολη Παροναξίας, αναφερόμενα στις ρυθμίσεις θεμάτων των μονών της μητρόπολης Παροναξίας, όπως: παράνομες πωλήσεις μοναστηριακών εκτάσεων, ηγουμενίες, διεκδικήσεις χωραφιών, νερόμυλων, σύσταση σχολής Ελληνικών στη Νάξο (1799), τη σταυροπηγιακή μονή του Τιμίου Σταυρού στη Ναξο (1801) κ.ά.

Αυτοκρατορικά διατάγματα αναφερόμενα στα υποστατικά της μονής του Αγίου Νικολάου στο χωριό Άγιος Γεώργιος Κορίνθου (1746, 1768, 1795), στην μονή της Παναγίας στην Κω (1802), καθώς και στα κτήματα της μητρόπολης Μονεμβασίας (1813)· διατάγματα του Καπουδάν πασά σχετικά με τα κτήματα της αγίας μονής στη Σκιάθο (1806, 1817-1818)· διατάγματα για τη ρύθμιση θεμάτων σχετικά με τη λύση του γάμου και τη σύναψη νέου στην περιοχή Φιλαδελφείας (1845)· βεράτια επικύρωσης της εκλογής των μητροπολιτών Άρτας: Σωφρονίου (1849) και Σεραφείμ (1864).

Τμήμα αρχείου του τμήματος Εκκλησιαστικών και περιλαμβάνει έγγραφα που αφορούν:
Υπηρεσιακές μεταβολές ηγουμένων, μοναχών, αρχιεπισκόπων, μητροπολιτών, επισκόπων, βοηθών επισκόπων, εξάρχων, αρχιερατικών επιτρόπων και άλλου προσωπικού μονών (επιστάτες κ.λ.π.), πειθαρχικά μοναχών, ιερομόναχων, ιερέων, εφημερίων, αρχιμανδριτών, ενορίες, εφημέριους, εξωκκλήσια, νεκροταφεία, διαχείριση μοναστηριακής περιουσίας, ενοικιάσεις πολυετείς και μονοετείς καθώς και εκποιήσεις μοναστηριακών και εκκλησιαστικών κτημάτων, κατασκευές και επισκευές ναών και μονών, οικονομικά και δικαστικά θέματα ναών και μονών, μονές, επισκοπές, εκκλησίες εντός και εκτός του κράτους, κληροδοσίες, υποτροφίες κληρικών, γάμους, αποβιώσεις, στρατεύσιμους ιερείς, αλληλογραφία με Γενικό Εκκλησιαστικό Ταμείο, Ιερατικές Σχολές, Ριζάρειο Εκκλησιαστική Σχολή κ.λπ.

Συλλογή εγγράφων διαφόρων Μονών της Αιτωλίας (πωλητήρια, διαθήκες, ψυχοχάρτια, αφιερωτικά, ομολογίες, επιστολές, οθωμανικά ταπιά (tapu), χοτζέτια (huccet), φετφάδες (fetva), μπουγιουρντί (buyuruldu), τεζκερέδες (tezkere), κ.ά.) που αφορούν, κυρίως, στην κτηματική περιουσία των Μονών.

Το αρχείο αποτελείται από 487 φακέλους ταξινομημένους κατ’ έτος και, εντός του φακέλου, με βάση τον αύξοντα αριθμό της εισηγητικής έκθεσης. Περιέχονται συνολικά περί τις 57,500 υποθέσεις, που συνήθως περιλαμβάνουν την εισηγητική έκθεση, την έκθεση πραγματογνωμοσύνης, τα τοπογραφικά σχεδιαγράμματα και τις σχετικές μαρτυρικές καταθέσεις χωρίς να αποκλείεται η απουσία ενός ή δύο από τα σχετικά παραστατικά .
Στο αρχείο υπάρχουν στοιχεία για την ακίνητη περιουσία σημαινόντων πρόσωπων της περιόδου όπως ο Μακρυγιάννης (διανομή κτημάτων στους κληρονόμους), ο Γ. Σκουζές (φάκελος τοπογραφικών διαγραμμάτων των κτημάτων του), Κορομηλάς, Κοντόσταυλος κλπ, δημοσίων κτισμάτων (νοσοκομείο «Ελπίς», Αρχαιολογική Εταιρεία, Πολυκλινική Αθηνών, οικόπεδο Πανεπιστημίου Αθηνών) καθώς και της Ιεράς Μονής Ασωμάτων Πετράκη.

Οι κώδικες της Μονής Μουνδών, του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου, του χωρίου Διευχά περιέχουν διάφορες πράξεις του ηγουμένου και των πατέρων της Μονής σχετικά με διορισμούς βοσκών και αγροφυλάκων, αποδοχή δωρεών στη μονή για ψυχική σωτηρία, κατατάξεις μοναχών, πληρωμές αδελφάτου, αφιερώσεις κτημάτων, εμβατίκια, πακτώσεις αγρών, αγοραπωλησίες κελλίων, καταμέτρηση κτημάτων,ανταλλαγές κτημάτων, πωλητήρια κτημάτων. Στον κώδικα με ΑΒΕ 41 υπάρχει κατάλογος αγίων λειψάνων τα οποία υπήρχαν κατά το 1773 στη μονή και κατάλογος των ιερών αμφίων κατά το ίδιο έτος