Περιλαμβάνουν λογιστικά βιβλία εβραϊκών εταιρειών, συμβόλαια, μεγάλο μέρος του αρχείου της εταιρείας Salonica-Palestine, η οποία μεριμνούσε για την εγκατάσταση εβραίων στο σημερινό Ισραήλ, αρχεία εβραϊκών οργανισμών ευποιίας (όπως το ίδρυμα Ματανότ Λαεβιονίμ) καθώς και το μέρος του προπολεμικού αρχείου της Ισραηλιτικής Κοινότητας Καβάλας, το οποίο μετά τη διάλυσή της περιήλθε στην ΙΚΘ. Τα βασικά τμήματα του τελευταίου είναι η αλληλογραφία της κοινότητας, η αλληλογραφία της αρχιρραβινείας Καβάλας και τα σχολικά αρχεία. Το ΕΜΘ κατέχει επίσης από δωρεά και το Αρχείο Σ. Τσιμίνο (αντίγραφα δηλώσεων στο Yad Vashem για τα θύματα ης βουλγαρικής ζώνης κατοχής).

Από το 1931 υπάρχει στην Κοινότητα Λάρισας εβραϊκό σχολείο που ιδρύθηκε και λειτουργεί με ειδικό Νόμο του Ελληνικού κράτους ως Δημόσιο Σχολείο με τίτλο: " 8ο Δημοτικό Σχολείο Λαρίσης (Ισραηλιτικό)".

Το αρχείο του 8ου Δημοτικού Σχολείου Λάρισας καλύπτει τα έτη 1944 - 1997 και αποτελείται από βιβλία και φακέλους με διάφορα έγγραφα που παρήχθησαν κατά την καθημερινή λειτουργία του σχολείου.

Πρόκειται για συλλογή 46 κασετών ήχου που περιέχουν εβραϊκή μουσική και τραγούδια. Οι περισσότερες κασέτες περιέχουν τραγούδια της ευρύτερης σεφαραδίτικης μουσικής παράδοσης. Υπάρχουν και ορισμένες ηχογραφήσεις θρησκευτικής μουσικής.

Περιέχονται τόσο ερασιτεχνικές ηχογραφήσεις που έκανε ο Ναρ με εβραίους της Θεσσαλονίκης, όσο και εμπορικές ηχογραφήσεις. Σημαντικές είναι οι ηχογραφήσεις λαϊκών τραγουδιών των εβραίων της Θεσσαλονίκης (περιέχονται ηχογραφήσεις του σημαντικού θεσσαλονικιού τραγουδιστή Δαβίδ Σαλτιέλ), καθώς και λίγων τραγουδιών που σχετίζονται με την εμπειρία του Ολοκαυτώματος. Οι εμπορικές ηχογραφήσεις περιέχουν κυρίως γνωστά σεφαραδίτικα τραγούδια ερμηνευμένα από διάφορους καλλιτέχνες και με τρόπους που πλησιάζουν είτε στην ευρωπαϊκή μεσαιωνική παράδοση, είτε σε μουσικά ιδιώματα της ανατολικής μεσογείου.

Το προπολεμικό αρχείο της Ισραηλιτικής Κοινότητας Θεσσαλονίκης (ΙΚΘ) καλύπτει πολλές πλευρές της πληθωρικής λειτουργίας της. Μετά την ένταξη της Θεσσαλονίκης στην Ελλάδα και την πυρκαγιά του 1917, η ΙΚΘ έπρεπε να προσαρμοστεί στο νέο κρατικό περιβάλλον και βρέθηκε υποχρεωμένη να φροντίσει για χιλιάδες άστεγες οικογένειες. Στο αρχείο της αντανακλάται η ανάπτυξη κοινωφελών δραστηριοτήτων στο πλαίσιο της εβραϊκής κοινότητας λόγω φτώχειας που προκάλεσαν η παγκόσμια ύφεση και ο επαγγελματικός κορεσμός μετά την εγκατάσταση προσφύγων, αλλά και λόγω έλλεψης στέγης.
Το αρχείο περιλαμβάνει ενότητες σχετικές με την ακίνητη περιουσία της ΙΚΘ, ληξιαρχικές πράξεις γεννήσεων, προγαμιαίες δηλώσεις, πιστοποιητικά του Μπέιτ-Ντιν (ιερατικού δικαστηρίου), αναφορές για τους εβραϊκούς συνοικισμούς, μητρώα και λογιστικά βιβλία των ισρηλιτικών σχολείων, καταστατικά και ισολογισμούς ΙΚΘ, λογιστικά κατάστιχα, πρακτικά του κοινοτικού συμβουλίου, έγγραφα σχετικά με το πολυπληθές προσωπικό της ΙΚΘ, αλληλογραφία μεταξύ της αρχιρραβινείας και κοινοτικού συμβουλίου, αλληλογραφία της ΙΚΘ με υπουργεία, έγγραφα για την παραγωγή και διανομή του άζυμου άρτου, καταστατικά και λογιστικά βιβλία εβραϊκών κοινωφελών ιδρυμάτων και έγγραφα σχετικά με το προσωπικό τους, ισολογισμούς και συναφή τεκμήρια. Επίσης, αρχείο σχεδίων και διαγραμμάτων συναγωγών και κοινοτικών κτηρίων.

Το αρχείο Ιωσήφ Σιακκή περιέχει βιβλιογραφικά σημειώματα, φωτοτυπίες εντύπων, αποκόμματα εφημερίδων, τεύχη ισραηλιτικών περιοδικών που αφορούν την έρευνα του Σιακκή για τον ελληνικό εβραϊσμό. Η πληροφοριακή αξία του αρχείου είναι πολύ μεγάλη, καθώς καλύπτει ένα ευρύ φάσμα ζητημάτων που αφορούν τον ελληνικό εβραϊσμό από την αρχαιότητα έως τις ημέρες μας. Σημαντικότατες είναι οι πληροφορίες που αντλούνται σχετικά με την ιστορία των εβραϊκών κοινοτήτων στην Ελλάδα ενώ υπάρχει μια πλούσια καταγραφή εβραϊκών ονοματεπωνύμων και ιστορικών εβραϊκών οικογενειών. Πληροφορίες αντλούνται επίσης για βιβλικά θέματα, τις, σχέσεις χριστιανισμού-εβραϊσμού, τον αντισημιτισμό στην Ελλάδα και σε άλλες χώρες, το ναζισμό, το Ολοκαύτωμα. Στο αρχείο περιλαμβάνονται επίσης φιλολογικά, λογοτεχνικά και ιστορικά κείμενα του Σιακκή, και σειρές των περιοδικών Ισραηλίτης Χρονογράφος της Κέρκυρας (1899-1901), Ισραηλίτικη Επιθεώρησις των Αθηνών (1912-1915) καθώς και πιο σύγχρονα περιοδικά.

Φωτοαντίγραφα σελίδων περιοδικών εκδόσεων που περιλαμβάνουν άρθρα για τον Μωϋσή Συμεών Πέσαχ και δημοσιεύματα σχετικά με την Ισραηλιτική Κοινότητα Βόλου, φωτοαντίγραφα κειμένων (έντυπων και χειρογράφων) που αφορά σε Εβραίους, φωτοαντίγραφα φωτογραφιών μελών της οικογένειας Πέσαχ και της Ισραηλιτικής Κοινότητας Βόλου.

Φωτοτυπίες εντύπων (Mercado Covo Apercu historique sur la comminute Israelite de Serres, Tel Aviv, Alexander Matkovski A History of the Jews in Makedonia,Skopie, Ισραηλίτικα Χρονικά κλπ). Μεταφράσεις ξενόγλωσσων έργων. Σχέδια, σκαριφήματα, χάρτες και γκραβούρες. Φάκελοι: Παλαιοθωμανικά έγγραφα από μοναστήρι Προδρόμου (Ελισάβετ Ζαχαριάδου), Ο πυρήνας της Τουρκόπολης των Σερρών όπως έφθασε με το διάβα των αιώνων μέχρι την καταστροφή του 1913 (Εσκί Τζαμί, Μπεζεστένι, Εσκί Χαμάμ). Δοκίμια και ιστορικά έγγραφα της πόλης για την τουρκοκρατία, το διωγμό των Εβραίων, την πυρκαγιά κλπ. Φωτογραφίες και αρνητικά φιλμ. Εκλογικός κατάλογος των πρώτων εκλογών μετά την απελευθέρωση του 1913 και Φωτογραφίες Κώδικα Ι. Μ. Κουτλουμουσίου .

595 φωτογραφίες που αφορούν στην Εβραϊκή Κοινότητα της Κέρκυρας. Απεικονίζουν όψεις των κτηρίων της Εβραϊκής συνοικίας, τη διαδικασία μεταφοράς του Εβραϊκού Νεκροταφείου, θρησκευτικούς τόπους λατρείας, όπως τις Συναγωγές και τα ιερά σκεύη αυτών. Ακόμα, πορτραίτα μελών της Ισραηλιτικής Κοινότητας. Επίσης, σημαντικό είναι και το κομμάτι που αφορά στην φωτογραφική απεικόνιση της αιχμαλωσίας των Εβραίων κατά τη διάρκεια του 2ου Παγκοσμίου Πολέμου σε στρατόπεδα συγκέντρωσης. Τέλος, υπάρχουν και αναπαραγωγές μεμονωμένων εγγράφων, με τη μορφή φωτογραφιών, όπως: αποκόμματα εφημερίδων, πρακτικά αλλά και αποσπάσματα σχετικά με την ιστορία των Εβραίων της Κέρκυρας προερχόμενα από το βιβλίο «Della Historia di Corfu» του Ανδρέα Μάρμορα.

Το αρχείο χωρίζεται σε δύο βασικές ενότητες, το προπολεμικό και το μεταπολεμικό αρχείο. Οι φωτογραφίες καλύπτουν θέματα όπως το εβραϊκό νεκροταφείο, εβραϊκά σχολεία και μαθητές, εβραϊκοί σύλλογοι, συναγωγές και κοινοτικά κτήρια, οικογενειακά πορτρέτα, επαγγέλματα, κοινωνικές και κοινοτικές εκδηλώσεις κ.ά.

Ψηφιακό αρχειακό υλικό που σχηματίστηκε μετά από φωτογράφηση εγγράφων σε δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς σχετικά με την παρουσία των εβραίων στη Θεσσαλονίκη και την εβραϊκή επιχειρηματικότητα. Επίσης, με τη συνδρομή του Δήμου Θεσσαλονίκης σχηματίστηκε συλλογή αρχιτεκτονικών σχεδίων των εβραιόκτητων εμπορικών κτηρίων (αποκλειστικά καταστήματα και γραφεία) που ανεγέρθηκαν στη Θεσσαλονίκη τη δεκαετία του 1920 και αποτέλεσαν το νέο εμπορικό κέντρο της.
Από το αρχείο της πυρίκαυστης ζώνης του 1917 εντοπίστηκαν οι λησμονημένες θέσεις των παλαιών συναγωγών της Θεσσαλονίκης και από το κοινοτικό αρχείο οι θέσεις και οι φωτογραφίες των κοινοτικών κτηρίων του μεσοπολέμου.
Επίσης, στοιχεία για εβραίους μαθητές και μαθήτριες που κατοικούσαν στη Θεσσαλονίκη πριν το Ολοκαύτωμα συγκεντρώθηκαν στην ψηφιακή εφαρμογή "Χαρτογραφώντας την παιδική ηλικία", η οποία περιέχει πληροφορίες για κάθε μαθητή.