Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: έγγραφα περί εκθαλάσσωσης θαλασσίων χελωνών
Β. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις για έκδοση και ανανέωση αδειών αλιείας καθώς και απόπλου για αλιεία στα διεθνή ύδατα, έγγραφα επιτροπής ελέγχων ιχθυοπαγίδων, στατιστικά στοιχεία σπογγαλιείας, έγγραφα περί χορήγησης αδειών οστρακοκαλλιέργειας και αλιείας δολωμάτων, έγγραφα αλιευτικών ελέγχων εν όψει τριημέρου Καθαράς Δευτέρας και περιόδου Σαρακοστής
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα περί μετεγγραφών σκαφών, κατάπλου κρουαζιερόπλοιων και θαλαμηγών.