Βιβλίο αντιγραφής επιστολών του Μητροπολίτη Δαρδανελλίων Ειρηναίου. Περιλαμβάνονται επιστολές προς το Πατριαρχείο, άλλους δεσπότες και ιδιώτες, καθώς και αλληλογραφία του ως Προέδρου της Εφορίας των Εκκλησιαστικών Σχολών της περιοχής δικαιοδοσίας του, με αναφορά, κατά κύριο λόγο, στους διωγμούς των ελληνορθόδοξων πληθυσμών της περιοχής.

Τόμοι πρακτικών συνεδριάσεων Μικτής Επιτροπής, φάκελοι υποθέσεων μικτής επιτροπής ανταλλαγής πληθυσμού, κληρονομικές υποθέσεις, περιουσιακά ζητήματα Τούρκων ανταλλάξιμων, ζητήματα κτημάτων, αποτύπωση περιουσιακών στοιχείων Ελλήνων που έφυγαν από τη Τουρκία, βακουφικές υποθέσεις Θεσσαλονίκης.

Έγγραφα από το αρχείο του πρώην Μητροπολίτη Ελευθερουπόλεως Σωφρόνιου (Σταμούλη), αλληλογραφία και άλλα στοιχεία του Θρακικού Κέντρου, του Οικουμενικού Πατριαρχείου και διάφορα έγγραφα που αφορούν την Ανατολική Θράκη και την Κωνσταντινούπολη, κυρίως, του πρώτου μισού του 20ού αιώνα.

Κ85α:
Αλληλογραφία Μητροπολίτη Ελευθερουπόλεως 1932-1956

Κ85β:

1. Εννιά (9) επιστολές του Οικουμενικού Πατριαρχείου (1918-1923).
2. Έξι (6) επιστολές της Αρχιγραμματείας και Υπογραμματείας της Ι. Συνόδου Κωνσταντινουπόλεως και τρεις (3) εγκύκλιοι.
3. Μία (1) επιστολή του Πατριάρχη Αντιόχειας Γρηγορίου.
4. Δύο (2) ισολογισμοί κοινοτήτων Μυριοφύτου.
5. Πέντε (5) Δελτία του Γραφείου Τύπου της Γενικής Διοίκησης Θράκης 1922.
6. Μία (1) εγκύκλιος του Αναπληρωτή Γενικού Διοικητή Θράκης Δεκάζου και
7. Δεκατέσσερα (14) αποτυπώματα σφραγίδων Μητροπόλεων και Σωματείων της Ανατολικής Θράκης.

Κ85γ:

1. Εικοσιεννιά (29) γράμματα Πατριαρχών, τοποτηρητών και προέδρων συλλόγων (1914-1926).
2. Εννιά (9) Εγκύκλιοι Πατριαρχείων (1919-1943).
3. Επτά (7) διάφορα έγγραφα εκκλησιαστικά (1911-1924).
4. Έξι (6) έγγραφα Ύπατης Αρμοστείας Κωνσταντινουπόλεως (1920).
   5.Εικοσιπέντε (25) έγγραφα Γενικής Διοικήσεως Θράκης και υπηρεσιών (1922-1923).
5. Τρία (3) έγγραφα κυβερνητικά (1932-1933).
6. Τέσσερα (4) διπλώματα συλλόγων (1892, 1919, 1927).
7. Τρία (3) έγγραφα σχετικά με τοπωνυμίες Ανατολικής Θράκης.
8. Πρακτικά συσκέψεων Βουλευτών Προσφύγων Θράκης (1929).
9. Έξι (6) έγγραφα Θρακικής Ενώσεως Κωνσταντινούπολης (1919-1920).
10. Έξι έγγραφα (6) Μητροπόλεως Μυριοφύτου.
11. Δύο (2) στατιστικά περιοχής Μυριοφύτου (1913-1923).
12. Δεκαέξι (16) δελτία Τύπου Γενικής Διοίκησης Θράκης (1920-1922).
13. Τέσσερα (4) διάφορα έγγραφα.
14. Δεκαέξι (16) αποτυπώματα σφραγίδων και δεκατέσσερα (14) αποκόμματα εντίτλων εγγράφων διαφόρων υπηρεσιών.

Κ85δ:

1. Είκοσι (20) γράμματα Οικουμενικών Πατριαρχών, τοποτηρητών, κ.λπ (1912-1931).
2. Ένα (1) έγγραφο του Πατριάρχη Αντιόχειας Γρηγορίου (1923).
3. Ένα (1) σημείωμα Κωδίκων Βέροιας-Ναούσης (1924).
   4.Οκτώ (8) έγγραφα Κεντρικής Επιτροπής Μετατοπισθέντων Πληθυσμών (1919).
4. Έξι (6) επιδοτήρια και προικοσύμφωνα (1919-1920).
5. Δύο (2) έγγραφα της Θρακικής Ένωσης Κωνσταντινουπόλεως (1919).
6. Τρεις (3) εγκύκλιοι Πατριαρχείων (1911-1921).
7. Επτά (7) έγγραφα σχετικά με τους διωγμούς του ελληνικού πληθυσμού στην Οθωμανική Αυτοκρατορία (1914).
8. Πέντε (5) Δελτία Τύπου (1921).
9. Δώδεκα (12) έγγραφα της Πολιτικής Διοικήσεως Θράκης (1921).
10. Τρία (3) έγγραφα υπουργείων (1924-1930).
11. Πέντε (5) καταστάσεις συμβολαίων κ.ά. Μυριοφύτου (1921-1924).
12. Δεκατρία (13) έγγραφα της Υποδιοικήσεως Μυριοφύτου (1920-1922).
    14.Δύο (2) έγγραφα της Διοικήσεως Ραιδεστού (1920).
13. Οκτώ (8) διάφορα έγγραφα της Μητροπόλεως Μυριοφύτου (1913-1920).
14. Μία (1) εγκύκλιος του Διοικητή 13ου Συντάγματος (1921).
15. Ένα (1) έντυπο "Ecoles Hellen, Bulgares, Serves en Macedoin",
16. Ένα (1) έντυπο "D. Russo, Din Corespondenta doameni Ana Racovita" (1708-1709) του 1911.
17. Ένα (1) Φιρμάνι ιδρύσεως Σχολής Πλατάνων (Μυριοφύτου) (1911).
18. Έξι (6) ενδεικτικά σπουδών της Μεγάλης του Γένους Σχολής (1888-1889).
19. Ένα (1) αντίγραφο διαθήκης του Θεμ. Γρηγορίου (1854).
20. Ένα (1) δίπλωμα Αδελφότητας Αγ. Ιωάννου Περιστάσεως (1919).
21. Οκτώ (8) επιστολές διαφόρων (1912-1922).
22. Δέκα (10) αποδείξεις πληρωμών σωματείων, κ.λπ. (1911-1917).
23. Εννιά (9) έγγραφα Αρχιγένειων Καθιδρυμάτων Επιβατών (1911-1912).
24. Ένα (1) έγγραφο της Επιτροπής προς ανέγερσιν σχολής εν Χαλκηδόνι (1920).
25. Ένα (1) έντυπο "Πασχάλιοις Πίναξ Πατριαρχείων" (1928).
26. Τέσσερα (4) διπλώματα διαφόρων εταιρειών (1895-1920),
27. Ένα (1) έντυπο "Πρόγραμμα Εθνικού Συνδέσμου Κωνσταντινουπόλεως" (1919).
28. Τρία (3) αποτυπώματα σφραγίδων.
29. Φάκελος με, περίπου, 100 επιστολές Κ. Μυρτίλου Αποστολίδου και αντίγραφα επιστολών Μ. Σταμούλη (1929-1942).

Κ85ε:
Φ. Ι:

1. Εννιά (9) γράμματα Πατριαρχικά και Τοποτηρητών (1919-1930).
2. Ένα (1) έγγραφο της Κεντρικής Επιτροπής Μεταναστεύσεως Πληθυσμών (1919).
3. Πέντε (5) έγγραφα Αρμοστειών και Γενικής Διοικήσεως Θράκης (1921-1923).
4. Δύο (2) έγγραφα Θρακικής Ενώσεως (1919).
5. Δύο (2) Πατριαρχικοί Εγκύκλιοι (1914, 1919).
6. Έντεκα (11) εικόνες.
7. Δύο (2) έγγραφα Υποδιοικήσεως Μυριοφύτου (1920, 1923).
   Φ. ΙΙ:
8. Επιστολές προς τον Μητροπολίτη Σωφρόνιο (Ν. Καζάζη, Π. Παπαγεωργίου, Σ. Λάμπρου, Α. Κουρτίδου, Γερμ. Στρινοπούλου, κ.ά.).
9. Δώδεκα (12) αποδείξεις Σωματείων.
10. Μία (1) Κεντρ. Επιτρ. Ζαγορισίου (1919).
    Φ. ΙΙΙ. Διάφορα στατιστικά επαρχίας Μυριοφύτου και Περιστάσεως.
    Φ. IV: Διάφορα διωγμών πληθυσμών Θράκης (1919-1923)
    Φ. V: Διακόσιες τριάντα τρεις (233) επιστολές Φ. Αποστολίδη, Γ. Βαλέτα, Ν. Βασιλειάδη, Κ. Βουτσόπουλου, Αθηνάς Γαϊτάνου Γιαννιού, Απ. Δοξιάδη, Λ. Εννάλη, Δ. Καμπούρογλου, Κορυτσάς Ευλογίου Κουρίλα, Κ. Κουρτίδη, Γ. Μπακαλάκη, Πολ. Παπαχριστοδούλου, Παντοκρατορινού Αθαν. Αρχιμανδρίτη, Σ. Παπαδοπούλου, Παραμυθίας Αθηναγόρου, Δ. Πασχάλη, Μεγ. Πρωτοσυγκέλλου Αδαμάντιου, Ν. Ροδοπούλου, Αχ. Σαμοθράκη, Έκτορος Σαραφίδου, Ι. Σπαθάρη, Τραπεζούντος Χρύσανθου, Τρωάδος Ευσταθίου, Μέν. Φιλήντα, βιογραφία Ξενοκράτους, Μ. Γεδεών.

Τμήμα αρχείου της οικογένειας Χώτζη:

1. Αλληλογραφία του Ιωάννη Χώτζη από το Παρίσι με τα αδέλφια του Νικόλαο, Κωνσταντίνο, Αικατερίνη, τους γονείς του, συμπατριώτες, κ.ά. των ετών 1875-1895.
2. Έγγραφα των ετών 1792-1934 που αναφέρονται στην Ήπειρο και την Κωνσταντινούπολη, στον Ιωάννη Χώτζη, επιστολή του πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Ιωακείμ στον Χρηστάκη Ζωγράφο (1874), πιστοποιητικά βαπτίσεων, πωλητήρια κ.ά.
3. Οθωμανικά έγγραφα και χειρόγραφα.
4. Φωτοτυπίες οθωμανικών εγγράφων.
5. Φάκελος Κωνσταντινουπολιτών των ετών 1936-1937 με έγγραφα, σημειώματα και άρθρα για την αποζημίωση των μη ανταλλαξίμων Κωνσταντινουπολιτών.
6. Σημειώματα διάφορα.
7. Χειρόγραφα:
   -Ημερολόγιο του 1878 του Ιωάννη Κ. Χώτζη με τίτλο "Μωσαϊκός Ανθών ανήκων τω Ιωάννη Κ. Χώτζη 1878" με 37 παρένθετες επιστολές, έγγραφα και σημειώματα.
   -"Annales de l' empire Ottoman par Lutfi Effendy (28 Historiographe [Vakaanamis] de l' empire Ottoman). Table des Matieres des I, II et III tomes. Table des Matieres Evenements des annees: 1241 (1825) 1242 (1826), 1243 (1827)".
   -"Annales de l' empire Ottoman par Lutfi Effendi...Tome II. Tables des Matieres evenements des annees: 1244 (1828) et 1245 (1829).
   -"Notes divereses sur prise de C/ple et les privileges nationaux et ecclesiastiques accordes aux Grecs de l' empire et a ceux de C/ple".
   -"Tablaux synoptiques de droits commercial. Paris 1879".
   -"Έτος Α'. Αριθ. 3 τη 13η Φεβρουαρίου 1912, ΜΑΘΗΤΙΚΟΣ ΑΓΩΝ, εβδομαδιαίο περιοδικό εικονογραφημένο".
   -"Σύντομος Οθωμανική ιστορία υπό Σελήμ Σαπίτ, Μέλος του Υψ. Συμβουλίου της Παιδείας".
   -Χφ, του οποίου σώζονται οι σελίδες 139-186, το οποίο περιέχει θρησκευτικό κείμενο από την Παλαιά Διαθήκη και τον βίο του Μωάμεθ.
   -Δίφυλλο "Και τούτο τη αληθεία θέλει χρησιμεύσει εν τοις διηγήμασιν αυτών".
   -Δίφυλλο "Με το κράνος βαρύ στο σκοτάδι"
   -5 φύλλα με τίτλο "Από τας σελίδας της Σερβικής Επαναστάσεως".
   -Δίφυλλο που περιέχει "Στοιχεία του Δημοσίου Δικαίου και της Πολιτικής Οικονομίας".

Το αρχείο περιλαμβάνει κώδικες, φιρμάνια, πατριαρχικά γράμματα, βεράτια και διάφορα άλλα τεκμήρια που παρήχθησαν ή συγκεντρώθηκαν από τα λειτουργούντα στο πλαίσιο της οθωμανικής διοίκησης εκκλησιαστικά και κοινοτικά όργανα του ελληνορθόδοξου μιλλέτ των περιοχών της Μικράς Ασίας, του Πόντου και της Ανατολικής Θράκης.

Ο κύριος όγκος του αρχειακού υλικού αποτελείται κυρίως από κώδικες που κρατούσαν οι κατά τόπους εκκλησίες και κοινότητες, αφορούν τον 19ο αιώνα και φτάνουν έως το 1922. Το υλικό χωρίζεται κατά κύριο λόγο σε δύο κατηγορίες, τους κοινοτικούς και τους εκκλησιαστικούς κώδικες, η τυπολογία των οποίων παρουσιάζει μεγάλη ποικιλία ενώ υπάρχουν και κώδικες που μετέχουν και των δύο κατηγοριών (κοινοτικοί και εκκλησιαστικοί). Οι κοινοτικοί κώδικες περιλαμβάνουν πρακτικά συνεδριάσεων της δημογεροντίας, κανονισμούς σωματείων, πωλητήρια, δωρητήρια, συμβόλαια δασκάλων, έξοδα συντήρησης σχολείων, καταλόγους βιβλιοθηκών, πατριαρχικές εγκυκλίους, όπως διάφορες ενθυμήσεις για σεισμούς, λιμούς κ.λ.π. αλλά και πληροφορίες για δοσοληψίες με την οθωμανική εξουσία μέσω των φόρων και των απογραφών. Στους εκκλησιαστικούς κώδικες καταγράφονται έσοδα και έξοδα, βαπτίσεις, γάμοι, διαθήκες, θέματα διαχείρισης της εκκλησιαστικής και μοναστικής περιουσίας, το φιλανθρωπικό έργο αλλά και τα ιερά σκεύη και τα κτήματα των εκκλησιών και μοναστηριών με την προοπτική της Ανταλλαγής.

Στο αρχείο εκτός από τους κώδικες διασώζονται φιρμάνια, βεράτια και πατριαρχικά γράμματα κυρίως από τις περιοχές της Καππαδοκίας, του Πόντου, της Κιλικίας, της Ανατολικής Θράκης και της Βιθυνίας που αποτυπώνουν το πλαίσιο των σχέσεων των κοινοτικών και εκκλησιαστικών οργάνων του ελληνορθόδοξου μιλλέτ με την οθωμανική διοίκηση και το Οικουμενικό Πατριαρχείο.

Το αρχείο περιλαμβάνει τεκμήρια των οικογενειών Μαυρίδη και Μαυρομμάτη: αλληλογραφία, οικονομικά, τίτλους ιδιοκτησίας, συμβόλαια, προικοσύμφωνα, προσωπικά, αποκόμματα Τύπου, φωτογραφίες.
Ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα τεκμήρια που αφορούν τη διαχείριση της περιουσίας του Αχιλλέα Μαυρίδη στη Φιλιππούπολη και την Αθήνα, τα τεκμήρια που σχετίζονται με την Κεντρική Εφορία της Ελληνικής Εκπαιδεύσεως στην Αδριανούπολη, πληρεξούσιος της οποίας ήταν ο Α. Μαυρίδης και η περιγραφή της εισόδου των Ρώσων στη Φιλιππούπολη κατά τη διάρκεια του ρωσοτουρκικού πολέμου το 1878 σε επιστολή της Ζωής Μαυρίδη.
Σημαντικά κρίνονται ακόμη τα τεκμήρια της οικογένειας Μαυρομμάτη που σχετίζονται με την παραγωγή αλατιού στις αλυκές, στην Αγχίαλο.

Αλληλογραφία του Γεωργίου Φωτιάδη (πολίτης της ΕΣΣΔ) με Λουδοβίκο και Αλέκο Φωτιάδη, με τον διαχειριστή του τσιφλικιού του Φωτιάδη στη Σμύρνη, με Τούρκους δικηγόρους σε Σμύρνη και Κωνσταντινούπολη σχετικά με τη διαχείριση και πώληση του τσιφλικιού μετά το 1922. Αλληλογραφία του Φωτιάδη με Τουρκοκρητικό από Ιεράπετρα σχετικά με ζητήματα κτηματικής περιουσίας, επιστολή του Φωτιάδη στο Πολιτικό Γραφείο Πρωθυπουργού το 1943 με την οποία διαμαρτύρεται για την απαλλοτρίωση του τσιφλικιού του από τις τουρκικές αρχές, συμβόλαια, συμφωνητικά, τίτλοι ιδιοκτησίας και άλλα δικαιολογητικά για την υπόθεση του τσιφλικιού. Αλληλογραφία της οικογένειας Φωτιάδη, αναμνηστικές και οικογενειακές φωτογραφίες, έγγραφο απονομής σύνταξης στον αντιστράτηγο Κωνσταντίνο Ηλία Δροσόπουλο, δύο εικόνες του Χάρι Τρούμαν, αφισέτες με άποψη της Φρανκφούρτης και του Αμβούργου και πορτραίτο (εβδομαδιαία φωτογραφία) γυναίκας χωρίς στοιχεία, έντυπο Καταστατικό Συνδέσμου Φορολογούμενων Ελλήνων Πολιτών.

Συλλογή οθωμανικών και καραμανλίδικων εγγράφων και εντύπων σχετικά με την Κοινότητα Ταβλοσούν της Καισαρείας της Μικράς Ασίας:

• Έγγραφο του υπουργείου Οικονομικών προς την υποδιοίκηση Καισαρείας αναφορικά με τη σύνταξη καταλόγου πόλεων και χωριών με ελληνικούς πληθυσμούς για την είσπραξη φόρων του Δημοσίου και του Πατριαρχείου (1863).
• Πίνακας με τους φόρους που αναλογούν στη μερίδα κάθε ραγιά ή ισλάμ στην περιοχή της Καισαρείας (1840).
• Διάφορες αγωγές και δικαστικές αποφάσεις για οικονομικές και κτηματικές διαφορές (1865-1866),
• Έγγραφα σχετικά με αίτημα αποφυλάκισης,
• Μία ιδιωτική επιστολή σχετικά με εμπορικές δοσοληψίες στα καραμανλίδικα (1823),
• Μία εγκύκλιο της Επιτροπής των Ελεών υπέρ των Φιλανθρωπικών Καταστημάτων Κωνσταντινούπολης προς την ορθόδοξη Κοινότητα Ταβλοσούν στα καραμανλίδικα.
• Ένα φύλλο της εφημερίδας "Ζενπούρ" (Κωνσταντινούπολη, 30 Μαρτίου 1866) στα καραμανλίδικα
• Ένα φύλλο της εφημερίδας "Ceride-i Havadis" (Κωνσταντινούπολη 1853) στα οθωμανικά.

Πέντε (5) τίτλοι σπουδών των εν Κωνσταντινουπόλει και Θράκη Ελληνικών Εκπαιδευτηρίων:

1. Πιστοποιητικό βαπτίσεως της Αναστασίας, αδελφής του Μιλτιάδη Σταμούλη (Σηλυβρία, 1880)
   2 & 3. Ενδεικτικά της ιδίας του Ζαππείου Κωνσταντινουπόλεως (1892-1893)
2. Ενδεικτικό του Γυμνασίου Τσοτυλίου Κοζάνης Μιλτιάδη Σαραντή, γαμπρού του Μιλτιάδη Σταμούλη (1894)
3. Δίπλωμα της εν Κωνσταντινουπόλει Αδελφότητος "Ο Αρχιγένης" του Θρασ. Κοκόλη, γαμπρού του Μιλτιάδη Σταμούλη (1908)

Νεότερη προσθήκη στις αρχειακές συλλογές του Κέντρου Μικρασιατικών Σπουδών αποτελεί σειρά μαγνητοταινιών με συνεντεύξεις από τους εναπομείναντες Έλληνες κατοίκους της Ίμβρου (1992-1996), την οποία επιμελήθηκε η δρ. Ευγενία Χαλκιά.
Όψιμα, στο Κέντρο Μικρασιατικών Σπουδών συγκεντρώθηκε αριθμός βιντεοκασετών και ψηφιακών οπτικών δίσκων με μικρασιολογικά θέματα.