Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας, αναγγελίας θυελλωδών ανέμων, στρατολογίας
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα και βιβλία περί διαγωνισμού κατάταξης λιμενοφυλάκων
Γ. Οικονομικά Στοιχεία: πιστοποιητικά αποζημιώσεων, έγγραφα περί φαρικών τελών και οδοιπορικών εξόδων προσωπικού
Δ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, κατάπλου πλοίων, αποκόμματα εισιτηρίων πλοίου γραμμής Γυθείου – Κυθήρων, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων (Κ.Ε.Ε.Π.)
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου – Λιμενικών Αρχών: Εκθέσεις Επιθεώρησης Λιμενικών Αρχών, έγγραφα επιθεώρησης Λιμεναρχείου Γυθείου.