Περιλαμβάνουν λογιστικά βιβλία εβραϊκών εταιρειών, συμβόλαια, μεγάλο μέρος του αρχείου της εταιρείας Salonica-Palestine, η οποία μεριμνούσε για την εγκατάσταση εβραίων στο σημερινό Ισραήλ, αρχεία εβραϊκών οργανισμών ευποιίας (όπως το ίδρυμα Ματανότ Λαεβιονίμ) καθώς και το μέρος του προπολεμικού αρχείου της Ισραηλιτικής Κοινότητας Καβάλας, το οποίο μετά τη διάλυσή της περιήλθε στην ΙΚΘ. Τα βασικά τμήματα του τελευταίου είναι η αλληλογραφία της κοινότητας, η αλληλογραφία της αρχιρραβινείας Καβάλας και τα σχολικά αρχεία. Το ΕΜΘ κατέχει επίσης από δωρεά και το Αρχείο Σ. Τσιμίνο (αντίγραφα δηλώσεων στο Yad Vashem για τα θύματα ης βουλγαρικής ζώνης κατοχής).

Τίτλος ιδιοκτησίας από Νικομήδεια Μ. Ασίας. Ταπί βακουφίου Gazanfer Aga για κτήμα του χωριού Αγ. Παρασκευή έτους 1032 (1622-23). Καταγραφή περιουσίας θανόντος μουσουλμάνου από υπάλληλο του Ιεροδικείου Θεσσαλονίκης,19 Sevval 1330 (1 Οκτωβρίου 1912). Φετβάς από το Ασβεστοχώρι. 9 πιστοποιητικά ιθαγένειας (1 ελληνικό και 8 τουρκικά), 1 σημείωμα, 1 φάκελος. 2 τίτλοι ιδιοκτησίας του βακουφίου της Mihrimah Sultan στη Βέροια. 6 Δεκεμβρίου 1290 (1874). Έγγραφα από Θεσ/νίκη, Καβάλα, Άγκυρα, Γευγελή κ.ά. Αποδείξεις πληρωμής φόρου, πιστοποιητικά ιθαγένειας, τίτλοι ιδιοκτησίας, μισθωτήρια συμβόλαια κ.ά.