Το αρχείο του Ιωάννου Μεταξά περιλαμβάνει αρχειακό υλικό (αλληλογραφία, εκθέσεις, χάρτες, φωτογραφίες, αναφορές) σχετικά με την πολιτική του πορεία, τη στρατιωτική του σταδιοδρομία και την πολιτική του καθεστώτος της 4ης Αυγούστου, ενώ ένα μεγάλο μέρος του αρχείου σχετίζεται με τη στρατιωτική προπαρασκευή της χώρας ενόψει της ιταλικής επίθεσης τον Οκτώβριο του 1940. Περιλαμβάνονται, επίσης, προσωπική και οικογενειακή αλληλογραφία, έγγραφα σχετικά με την οικογένεια Μεταξά, χειρόγραφα σημειωματάρια, πιστοποιητικά που σχετίζονται με την ιδιωτική του ζωή και το προσωπικό του ημερολόγιο.

Αλληλογραφία του Αρχηγείου Βάλτου με το Γενικό Αρχηγείο του Ε.Δ.Ε.Σ, με αντάρτες και τα κατώτερα κλιμάκια της στρατιωτικής ιεραρχίας, διαταγές του Ν. Ζέρβα, αλληλογραφία μεταξύ του Συμμαχικού Στρατηγείου της Μέσης Ανατολής και του Αρχηγείου Βάλτου (διανομή πυρομαχικών, τρόπος δράσης των ομάδων για επίτευξη του κοινού στόχου των αντάρτικων ομάδων και του Αρχείου της Μέσης Ανατολής κ.ά), ανακοινωθέντα, ραδιοφωνικά δελτία, πληροφορίες από το αρμόδιο τμήμα του Γενικού Αρχηγείου για τις επιχειρήσεις των αντάρτικων ομάδων του Ε.Δ.Ε.Σ., κατάλογοι με τα ονόματα ανταρτών που δικαιούνται βοηθήματα, προκηρύξεις, πρωτόκολλα ορκωμοσίας ανταρτών, ένορκες εξετάσεις μαρτύρων, πρακτικά συγκρότησης Επιτροπών Εθνικού Αγώνα, αποδείξεις παραλαβής τροφίμων, τύπος του Βουνού και μεταγενέστερος που αναφέρεται στα γεγονότα του Εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα στην περιοχή του Βάλτου, εκθέσεις για την πολεμική δράση των ανταρτών, φωτογραφίες, επιστολές Σ. Χούτα-Β' Φιλικής εταιρίας Λονδίνου για τον σχηματισμόν Κυβέρνησης Εθνικής Σωτηρίας. Περιλαμβάνεται ακόμα αρχειακό υλικό από τη θητεία του Στ. Χούτα ως Υφυπουργού Κοινωνικής Προνοίας, Οικισμού και Ανοικοδομήσεως και Υπουργός Υπουργείο Δημοσίων έργων