Θεολογική μελέτη του Επισκόπου Ναυπακτίας και Ευρυτανίας Ανθίμου. Τιτλοφορείται: "Σημειώσεις εκ διαφόρων αναγνώσεων βιβλίων θεολογικών και φιλοσοφικών υπό του Επισκόπου Ναυπακτίας και Ευρυτανίας Ανθίμου. 1861 Νοέμβριος 10". Περιλαμβάνονται κεφάλαια σχετικά με την αληθινή φύση της θρησκείας, την αμαρτία και τη μετάνοια, την πνευματική φύση της ψυχής και την αθανασία.

Σπαράγματα από διάφορα βυζαντινά χειρόγραφα:
α) έξι φύλλα περγαμηνής του ΙΒ' αιώνα, με απόσπασμα "περί πίστεως".
β) δέκα φύλλα περγαμηνής του ΙΓ' αιώνα, με απόσπασμα ερμηνείας της Παλαιάς Διαθήκης.
γ) εικοσιέξι φύλλα περγαμηνής του ΙΕ΄ αιώνα με περικοπές ευαγγελίων.
δ) υπομνήματα στην ιερά μετάσταση του Ευαγγελιστού Ιωάννη του Θεολόγου του ΙΕ΄ αιώνα.
ε) δέκα φύλλα του ΙΕ΄ αιώνα με αποσπάσματα ερμηνείας σε λόγους και επιστολές των Αποστόλων.
στ) δύο ράκη Ευαγγελισταρίου του ΙΒ΄ αιώνα.

Κατάστιχο που περιέχει διάφορα αντίγραφα εγγράφων σχετικών με τον κάτοχό του, σημειώσεις, ημερολόγια, χρονολογικούς καταλόγους. Κατάστιχο στο οποίο περιέχονται: 1)Περί του Λαού της Νήσου Κρήτης διατριβή Κων. Αργυρόπουλου, εν Αθήναις 1875(σ.1 -92), 2) Ψήφισμα και Υπόμνημα της Γεν. Συνέλευσης των Κρητών 1878(σ.1-72). Φυλλάδιο που περιέχει λίβελλο κατά διαφόρων αρχηγών παραγνωριζόντων τις προς το Έθνος υπηρεσίες του Μαριακάκη. Φυλλάδιο που περιέχει:1)πίνακα ιστορικών βιβλίων, 2)κατάλογο σεισμών που έγιναν στην Κρήτη. Φυλλάδιο με θέμα Κρίσις αιμοβόρος των Ιουδαίων κατά του Ιησού Χριστού. Περί της Γεννήσεως και του βίου του Κυρίου ημών Ιησού Χριστού του Σωτήρος, εν συνόψει. Τετράδιο αντιγράφου του βιβλίου Κ.Αργυρόπουλου Περί του Λαού της Νήσου Κρήτης, 1875,σ. 4-93. Δέσμη εγγράφων συρραμμένων και αποδείξεων συνολικά 15. Δέσμη εννέα(9) επιστολών του Ν. Μ. Φουρναράκη από την Σύρο προς τον Αρτ. Μαριακάκη στην Αλεξάνδρεια. Αναφορά του Αρτ. Μαριακάκη προς τον Γ. Πρόξενο της Ελλάδος στα Χανιά Ν. Γενάδη περί απονεμηθείσης σε αυτόν σύνταξης. Τρία διαμονητήρια Αρτ. Μαριακάκη-το ένα(1857) Γ. Προξενείου Αλεξάνδρειας, και τα άλλα δύο (1865 και 1866) Υποπροξενείου Ελλάδος στο Ζαγαζίκ

Έγγραφα Λύσανδρου Καυταντζόγλου (1824-1871)
Προσωπικά έγγραφα του Λύσανδρου Καυταντζόγλου (1824-1871): απονομή του τίτλου Cavalliere από τον βασιλιά της Ισπανίας (1824) ˑ συστατική επιστολή του Gaspare Cav. Salvi, καθηγητή στην Ακαδημία του Αγίου Λουκά (Ρώμη), για τον Λύσανδρο Καυταντζόγλου (1836) ˑ έγγραφα σχετικά με την ανέγερση «Πάνθεου» από τον Λύσανδρο Καυταντζόγλου (1836) ˑ έκθεση για την κατασκευή του ναού της Παντάνασσας στην Πάτρα (1852) ˑ δίπλωμα διορισμού του ως καθηγητή της αρχιτεκτονικής στην Ακαδημία του Αγίου Λουκά (Ρώμη, 1856) ˑ έκθεση για την ανέγερση μνημείου στην Αδριανούπολη (1828, 1859) ˑ εκλογή του ως μέλους της βασιλικής Ακαδημίας του San Fernando (Ισπανία 1867) ˑ σχέδια επιστολών του Λύσανδρου Καυταντζόγλου (1868) και, υπόμνημα προς τον βασιλιά για την ανέγερση του ναού του Αγίου Κωνσταντίνου (1871).
Αρχείο Κωνσταντίνου Κοντογόνη (1844-1877)
Επιστολές προς τον Κωνσταντίνο Κοντογόνη, κυρίως μαθητών του (1858-1862).
Λόγοι του Κωνσταντίνου Κοντογόνη εκφωνηθέντες στις επετείους της ίδρυσης του Πανεπιστημίου Αθηνών (1848-1861).
Αγγελίες και κατάλογοι συνδρομητών από διάφορες περιοχές της Ελλάδας για την έκδοση του «Ευαγγελικού Κήρυκα» (1857-1877) και της «Εκκλησιαστικής Ιστορίας» (1864) ˑ κατάστιχο εξόδων της έκδοσης του «Ευαγγελικού Κήρυκα» (1869-1872).
Απολογισμοί και εκθέσεις πεπραγμένων του Αρσακείου κατά τα έτη (1851-1874) ˑ επικήδειοι λόγοι εκφωνηθέντες από τον Κωνσταντίνο Κοντογόνη κατά τα έτη (1850-1877) ˑ ομιλίες προς τις μαθήτριες του Αρσακείου (1868-1873) και προς τους μαθητές της Ριζαρείου Σχολής (1857).
Σημειώσεις του Κοντογόνη με θέμα τα επιτύμβια (1822-1860) ˑ εισηγήσεις για διδακτορικά διπλώματα ˑ χειρόγραφα επιστημονικών μελετών και άρθρων του ˑ πανεπιστημιακά συγγράμματα θεολογικού και φιλοσοφικού περιεχομένου: «Εγκυκλοπαιδεία και μεθοδολογία των θεολογικών επιστημών» ˑ «Εισαγωγή εις την Αγίαν Γραφήν», «Ερμηνεία εις τον Ιώβ», «Ερμηνεία των ψαλμών», «Ερμηνεία των επιστολών του Αποστόλου Παύλου», «Ερμηνεία εις την Α’ του Πέτρου επιστολήν», «Βίος του Ευαγγελιστού Ματθαίου», «Εγχειρίδιο εβραϊκής αρχαιολογίας», «Κρίσεις για την εβραϊκή αρχαιολογία» (1844), «Περί εβραϊκής γλώσσας» ˑ σημειώσεις σχετικά με την ιταλική γλώσσα και λογοτεχνία ˑ «Εκκλησιαστική Ιστορία», «Εκκλησιαστικοί συγγραφείς Δ’ Εκατονταετηρίδας», «Ελληνισταί», «Σαμαρείται».
Κλασικοί: «Ανακρέοντος εις έρωτα», «Σημειώσεις εις τον Κατά Κτησιφώντος λόγον του Αισχύνου», «Ιερωνύμου Ουολφίου και Ιωάννου Ιακώβου Ρεισκίου σημειώσεις εις τον Ολυνθιακόν πρώτον λόγον του Δημοσθένους», σημειώσεις εις τον «Περί Στεφάνου λόγον του Δημοσθένους», «Περί Ηροδότου», «Βίος Θεοκρίτου» κ.ά.
Μετάφραση του έργου του Noël Desvergers «Αβυσσινία». Σημειώσεις για τη συγγραφή άρθρων και μελετών του Κωνσταντίνου Κοντογόνη «Περί Αθεϊστών», «Αστέριος», «Το ενιαίον του Θεού πανταχού παραδεδεγμένον» κ.ά. Ποίημα με τον τίτλο «Εις Μαρίαν».

Χειρόγραφο, του οποίου το κυρίως κείμενο τιτλοφορείται: "Φράσεων ελληνικών εξ εβδομήκοντα τριών ξυγγραφών συνειλεγμένων και εις κοινούς τόπους καταστρωμένων παρά κυρίου Ιακώβου Βιλλίου, βιβλίον ωφελιμώτατον και αναγκαιότατον ου μόνον τοις προβεβηκόσι των ακροατών αλλά και αυτοίς δη τοις εις άκρον παιδείας εληλακόσι καθηγηταίς, ελληνιστί ξυγγράφειν μέλλουσιν".
Του κυρίως κειμένου προτάσσεται ευρετήριο: "των συγγραφέων τα ονόματα κατ' αλφάβητον".
Στο φύλλο 4v φέρει ενδείξεις μεταγενέστερες: "1772 εν μηνί β΄ μαϊου" και "αψξζ εν Βουκουρεστίω".
Πρόκειται μάλλον για ελληνική μετάφραση του λατινικού έργου: "Jabobus Billius, Locutionum Graecorum in communes locos per Alphabeti ordinem digestrarum volumen", Lugdunum 1588.
Στο recto του πρώτου εσωφύλλου υπάρχει ένδειξη: "Νικολάου Κωνσταντίνου δέκα στίχοι πολιτικοί εις την βίβλον".