Βιβλία: Πρωτόκολλα αλληλογραφίας, Μεταγραφής πρωτοκόλλων, Εξελίξεις καπνού εις φύλλα, Εξελέγξεως αποθηκών καπνού, Περί παραβατών, Μεταγραφής δηλώσεων καλλιέργειας και φυτεύσεως, Μεταγραφής εκδιδομένων αδειών, Μεταφοράς και κατοχής καπνού και τουμπεκίου, Μεταγραφής πιστοποιητικών αγοραπωλησίας καπνού, Μηνιαίων καταστάσεων κινήσεως καπνού, Παρουσίας υπαλλήλων, Καταστάσεως δημοσίων υπαλλήλων, υπηρετών και εργατών του Καπνεργοστασίου Βαθέος, Μισθολογικά μητρώα, Στατιστικών στοιχείων, Μητρώα χονδροπωλητών και λιανοπωλητών, Εισαγωγής καπνού εξωτερικής κατανάλωσης, Περιπτέρων λιανικής πώλησης σιγαρέττων, Πιστοχρεώσεως σιγαροχάρτου και Κατόχων καπνού και τουμπεκίου κ.ά..
Φάκελοι: πιστοποιητικά αγοραπωλησίας καπνού, άδειας καπνοκαλλιέργειας, στατιστικά στοιχεία κινήσεως καπνού εις φύλλα, δηλώσεις, πιστοποιητικά παραγωγής καπνού, ατομικοί φάκελοι καπνεμπόρων, φάκελοι ελέγχου παραγωγής καπνού, πρωτόκολλα αποθηκών καπνού, παραβάσεις - λαθρεμπορία, παραβατών και αποφάσεων, καταστροφής αχρήστων καπνών, δικαστικόν, ατομικοί φάκελοι υπαλλήλων, εγκύκλιοι, πρωτόκολλα, στατιστικά στοιχεία κ.ά..
Αντίγραφα στελεχών: άδεια μεταφοράς καπνού ή τουμπεκίου, άδεια κατοχής καπνού.
Φυλλάδια: Ετήσιον Δελτίον Στατιστικής Γενικής Διεύθυνσης Φορολογίας.

Διάφορες υποθέσεις της Εφορείας Καπνού και καπνοπαραγωγών της Σάμου.

Βιβλία: Καθολικόν, Ευρετήριον σιγαρέττων, υφασμάτων, Βοηθητικόν καθολικόν, Ημερολόγιον. Ημερολόγια: σιγαρέττων, υφασμάτων, πωλήσεων, Ευρετήριον βιβλίου υφασμάτων, Βιβλίον καταθέσεων παρά δικηγόροις δικαστηρίων.
Φάκελοι: έγγραφα και αποδείξεις καταβολών.

Το αρχείο αποτελείται κυρίως από την εμπορική αλληλογραφία της εταιρείας «Μ.Χ. Καραθανάσης & Σία» και καλύπτει κυρίως τις περιόδους 1896-1915 και 1925-1930. Δεν υπάρχει κανένα τεκμήριο από το διάστημα 1916-1924.

Η αλληλογραφία είναι με Έλληνες και ξένους πελάτες -ιδιώτες και εμπόρους- συνεργάτες, προμηθευτές, αντιπροσώπους, μεταφορικές εταιρείες, τράπεζες, πρεσβείες και προξενεία, κ.ά. Οι πελάτες είναι κυρίως ξένοι. Το αρχείο παρουσιάζει αυξημένο ενδιαφέρον για το εμπόριο τσιγάρων και δευτερευόντως καπνών στα τέλη του 19ου και στις αρχές του 20ού αιώνα, την ελληνική και ειδικότερα τη σαμιακή καπνοβιομηχανία καθώς και για τις εμπορικές πρακτικές της εποχής.

Αν και το αρχείο δεν δίνει πληροφορίες για την εσωτερική οργάνωση της εταιρείας, η εκτεταμένη αλληλογραφία με συγγενείς (κοντινούς ή μακρινούς), οι οποίοι εμπορεύονται τα τσιγάρα Καραθανάση σε διάφορα μέρη του κόσμου δείχνει ίσως τη σημασία που έπαιξαν τα συγγενικά δίκτυα στην εξάπλωση της δραστηριότητας της εταιρείας.

Τα τσιγάρα Καραθανάση φαίνεται ότι είχαν ιδιαίτερη απήχηση στους ευρωπαίους διπλωμάτες της εποχής, καθώς οι παραγγελίες από πρεσβείες και προξενεία είναι συχνές.

Στο φάκελο 11.1, συνημμένα σε επιστολή, υπάρχουν δείγματα τσιγαρόχαρτων διαφόρων υλικών, χρωμάτων και ποιοτήτων, δίνοντας εικόνα της ποικιλίας τσιγαρόχαρτων που υπήρχε.

Ενδιαφέρον επίσης παρουσιάζει η εμπορική αλληλογραφία με διάφορους Έλληνες προμηθευτές καπνών, παραγγελιοδόχους και μεσάζοντες. Αρκετοί από αυτούς εδρεύουν στη Σύρο, γεγονός που δείχνει ότι το νησί διατήρησε μερίδιο στο διαμετακομιστικό εμπόριο της περιοχής ακόμη και στις αρχές του 20ού αιώνα.

Το αρχείο παρέχει ακόμη στοιχεία για την σαμιακή οικονομία στα τέλη του 19ου και στις αρχές του 20ού αιώνα.