Το αρχείο περιλαμβάνει:

Α. Αλληλογραφία: πρωτόκολλα αλληλογραφίας, αλληλογραφία Λιμεναρχείου με την Λιμενική Αστυνομία, την 5η Περιφερειακή Διοίκηση Λιμενικού Σώματος (5η ΠΕ.ΔΙ.Λ.Σ.), την Εισαγγελία Πρωτοδικών, τη Διεύθυνση Λιμενικής Πολιτικής, τη Διεύθυνση Λιμενικών Υποδομών, τη Διεύθυνση Προστασίας Θαλασσίου Περιβάλλοντος, τη Διεύθυνση Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας, τη Διεύθυνση Πληροφορικής και Νέων Τεχνολογιών, το Τελωνείο Νεάπολης, το Λιμενικό Σώμα Μονεμβασίας και το Λιμενικό Σώμα Αγίας Πελαγίας, γενική αλληλογραφία περί της λειτουργίας των φάρων Μαλέα και Γυθείου, έγγραφα για την αντιμετώπιση της λαθρομετανάστευσης, τη μεταφορά σορών, την εφαρμογή του κεκτημένου Schengen, έγγραφα περί ελέγχου ελαιοτριβείων και τουριστικών εγκαταστάσεων
Β. Πρακτικά - Αξιολογήσεις: πρακτικά καιρικής κατάστασης, έγγραφα περί αξιολόγησης δραστηριότητας Λιμενικών Αρχών
Γ. Στοιχεία Νομοθεσίας – Παραβάσεων - Προστίμων: πίνακες προστίμων σε πλοία και εγκαταστάσεις ξηράς, έγγραφα περί κυρώσεων αναφορικά με την παράβαση της νομοθεσίας για την προστασία αιγιαλού και παραλίας, έλεγχοι εφαρμογής διατάξεων και νομοθεσίας της Ευρωπαϊκής Ένωσης, έγγραφα περί καταχωρίσεως λέμβων και μηχανών με ένοχες βεβαιώσεις, έγγραφα ελέγχων χρήσης αλκοόλ από χειριστές και κυβερνήτες σκαφών, μηνιαίες εκθέσεις για το οργανωμένο έγκλημα, έγγραφα περί αλιευτικών παραβάσεων
Δ. Στοιχεία πλοίων και πληρωμάτων: φάκελοι πλοίων «Αγιαννάκης», «Αρχάγγελος», «Βιτσέντζος Κορνάρος» «Ελαφόνησος», «Πορφυρούσα», «Παναγία Κοίμησις», «Μυρτιδιώτισσα», μηνιαία δελτία κίνησης θαλαμηγών, ημερολόγια σταθμού VHF, έγγραφα περί δρομολογίων πλοίων και προσεγγίσεων κρουαζιερόπλοιων, μπλοκ για άδειες ανέλκυσης και καθέλκυσης σκαφών και για άδειες εισόδου στην αποβάθρα, βιβλία ημερήσιας αναφοράς πληρώματος, έγγραφα περί εφοδιασμού φορτηγών δημοσίας χρήσεως με ηλεκτρονικό σήμα
Ε. Στοιχεία Αλιείας: δελτία αλιευτικής δραστηριότητας, ερασιτεχνικές άδειες αλιείας
ΣΤ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί διαγωνισμού κατάταξης δοκίμων, έγγραφα Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Ενώσεων Προσωπικού Λιμενικού Σώματος, ατομικοί φάκελοι προσωπικού Λιμεναρχείου Νεάπολης Βοιών, έγγραφα περί βαρδιών του προσωπικού
Ζ. Οικονομικά Στοιχεία: μπλοκ είσπραξης υπέρ του ειδικού λογαριασμού κεφαλαίου Λιμενικής Αστυνομίας, αποδεικτικά είσπραξης Ειδικού Κλάδου Οικονομικής Ενίσχυσης Μερισματούχων Ναυτικού (ΕΚ.Ο.Ε.Μ.Ν.), αποδεικτικά είσπραξης Λιμενικής Αρχής υπέρ Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού, δικαιολογητικά δαπανών προσωπικού, μισθολογικές καταστάσεις προσωπικού.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλιάρια ενσήμων, χρηματικοί κατάλογοι, έγγραφα περί φαρικών τελών, μισθολογίων - αποδοχών- οδοιπορικών εξόδων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα που αφορούν σε πρόστιμα και παραβάσεις αλιευτικού κώδικα
Γ. Στοιχεία Πλοίων: καταστάσεις πληρωμάτων, δελτία κατάπλου πλοίων, ναυτολόγια
Δ. Αλληλογραφία: έγγραφα που αφορούν στην έκδοση αδειών αλιείας, διαβιβάσεις στατιστικών Λιμεναρχείου, επιθεωρήσεις λιμενικών σταθμών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Λιμενικές Αρχές και τον Οίκο Ναύτου, έγγραφα που αφορούν σε άνεργους ναυτικούς, έκδοση ναυτικών φυλλαδίων και χρηματαποστολές
Β. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια μισθοδοσίας προσωπικού του Λιμεναρχείου, έγγραφα που αφορούν σε οικογενειακά επιδόματα, σε συντάξεις και συλλογικές συμβάσεις εργασίας, οικονομικά έγγραφα Γραφείου Διαχείρισης και Γραφείου Κίνησης
Γ. Στοιχεία Πλοίων: έγγραφα σχετικά με τον έλεγχο εμπορικών πλοίων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, βιβλία αναφοράς προσωπικού
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: δελτία κινήσεως σκαφών, δηλώσεις σκαφών, φύλλα ελέγχου επαγγελματικών αλιευτικών σκαφών, έγγραφα μεταβιβάσεων, ανανεώσεων, μεταβολών, καταργήσεων αδειών σκαφών, έγγραφα μεταλεμβολόγησης, βιβλία ημερησίων αναφορών πληρωμάτων
Γ. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις και δικαιολογητικά για έκδοση ατομικών αδειών αλιείας, διαταγές και εγκύκλιοι για τρόπους ψαρέματος, έγγραφα περί αλιείας κοραλλιών, οστράκων και σπόγγων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γενικό Νοσοκομείο Σπάρτης, τις Λιμενικές Αρχές και τον Οίκο Ναύτου, έγγραφα περί χρηματαποστολών, αποδημίας - μετανάστευσης και ναυτολογίων
B. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλία ταμείου, έγγραφα απολογισμών, έγγραφα δαπανών σε φάρμακα και ανεργία, έγγραφα περί μισθοδοσίας και συνταξιοδότησης προσωπικού Λιμεναρχείου
Γ. Δικαστικά Στοιχεία: έγγραφα σχετικά με τιμωρημένους και διωκόμενους ναυτικούς
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: εγκύκλιοι κατάταξης στο λιμενικό σώμα, ατομικοί φάκελοι προσωπικού Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Γραφείο Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί εορτασμού παγκόσμιας ημέρας περιβάλλοντος, προστασίας της θαλάσσιας χελώνας και των κητοειδών, δορυφορικών συσκευών καταγραφής στιγμάτων
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού, δικαιολογητικά υγειονομικής περίθαλψης
Γ. Στοιχεία αλιείας - Γραφείο Αλιείας: έγγραφα εργαστηριακών εξετάσεων ψαριών, έγγραφα περί αλιευτικών συλλόγων
Δ. Δικαστικά Στοιχεία - Γραφείο Ανάκρισης: πίνακες υπηρεσιών των εισαγγελικών λειτουργών, πίνακες πραγματογνωμόνων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: πίνακες, δελτία συμβάντων, έγγραφα περί ελέγχων σε ταχύπλοα σκάφη, θαλάσσια μέσα αναψυχής, λουτρικές εγκαταστάσεις και αιγιαλούς, έγγραφα περί αγορανομικών ελέγχων, τήρησης κανόνων καπνίσματος, κυκλοφορίας οχημάτων στις χερσαίες ζώνες λιμένων, παραβάσεων κώδικα οδικής κυκλοφορίας, μεταφορέων Ευρωπαϊκής Κοινότητας
ΣΤ. Στοιχεία Πλοίων - Γραφείο κατάπλου – απόπλου πλοίων : δελτία κατάπλου κρουαζιερόπλοιων
Ζ. Στοιχεία Ναυτικών: δικαιολογητικά απογραφής ναυτικών.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: προκηρύξεις πρόσληψης, πίνακες υπηρεσιών προσωπικού Λιμεναρχείου, έγγραφα περί υπαλληλικών και συνδικαλιστικών θεμάτων
Β. Στοιχεία Πλοίων: πίνακες κρουαζιερόπλοιων
Γ. Αφίσες: περί καθαριότητας των παραλιών, ληπτέων μέτρων υγιεινής για την προστασία από κορονοϊούς και τον ιό Ebola
Δ. Στοιχεία ναυτικών: καταστάσεις ναυτικών προσφερόμενων για ναυτολόγηση, δελτία απογραφής ναυτικών, αιτήσεις και δικαιολογητικά έκδοσης ναυτικών φυλλαδίων, έγγραφα περί ναυτικής ικανότητας
Ε. Στοιχεία αλιείας: αιτήσεις - υπεύθυνες δηλώσεις ανανεώσεων ερασιτεχνικών αδειών αλιείας, έγγραφα περί αλιείας ξιφία, ερυθρού τόνου και μεγάλων πελαγικών ψαριών
ΣΤ. Αλληλογραφία: έγγραφα περί προστασίας της θαλάσσιας χελώνας.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: ημερολόγια μηχανής πλοίων Λιμενικού Σώματος, ημερολόγια πετρελαιοκίνητων και ιστιοφόρων πλοίων, φαροδείκτης γεωγραφημένων ακτών, έγγραφα κατάπλου πλοίων, καταστάσεις επιβατών οχημάτων και εισιτηρίων, έγγραφα περί διαλύσεως σκαφών άλλων λιμεναρχείων
Β. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με Οργανισμούς Τοπικής Αυτοδιοίκησης, έγγραφα περί θαλασσίων ερευνών, θαλάσσιου τουρισμού, μεταφοράς σορών, μεταφοράς εκρηκτικών υλικών, απογραφών υλικών και εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα περί εγκρίσεων νυχτερινής απασχόλησης, μετακινήσεων αξιωματικών για επιθεωρήσεις, βιβλία ασθενών, βιβλία κίνησης και περιπολιών
Δ. Οικονομικά Στοιχεία: πινάκια δαπανών, έγγραφα επιχορηγήσεων καυσίμων
Ε. Στοιχεία Παραβάσεων: ενστάσεις – αναφορές επί παραβάσεως Κώδικα Οδικής Κυκλοφορίας (ΚΟΚ), κάρτες επιβατών πλοίων εμπλεκομένων σε αδικήματα, έγγραφα ανακρίσεων.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία: αλληλογραφία με το Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (Ν.Α.Τ.), έγγραφα περί εορτασμού Ναυτικής Εβδομάδας, αναγγελίας θυελλωδών ανέμων, στρατολογίας
Β. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα και βιβλία περί διαγωνισμού κατάταξης λιμενοφυλάκων
Γ. Οικονομικά Στοιχεία: πιστοποιητικά αποζημιώσεων, έγγραφα περί φαρικών τελών και οδοιπορικών εξόδων προσωπικού
Δ. Στοιχεία Πλοίων - Πληρωμάτων: έγγραφα περί θαλαμηγών, κατάπλου πλοίων, αποκόμματα εισιτηρίων πλοίου γραμμής Γυθείου – Κυθήρων, ημερήσιες αναφορές πληρωμάτων, έγγραφα Κλάδου Ελέγχου Εμπορικών Πλοίων (Κ.Ε.Ε.Π.)
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου – Λιμενικών Αρχών: Εκθέσεις Επιθεώρησης Λιμενικών Αρχών, έγγραφα επιθεώρησης Λιμεναρχείου Γυθείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: αποδείξεις, τιμολόγια, έγγραφα που αφορούν σε μισθολόγια προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Στοιχεία Πλοίων και Πληρωμάτων: έγγραφα δρομολόγησης πλοίων και επιθεώρησης εμπορικών πλοίων, δελτία κινήσεως πλοίων, ποινολόγια πληρωμάτων
Γ. Αλληλογραφία: έγγραφα εισερχόμενα και εξερχόμενα, έγγραφα που αφορούν στις τοπικές συγκοινωνίες.

Το αρχείο συγκροτείται από φακέλους αλληλογραφίας του Λιμεναρχείου με την Αστυνομία και τον Οίκο Ναύτου, σχετικά με: ναυάγια, αλιεία, γυμνιστές, ρύπανση, εορτασμούς, απογραφή ναυτικών, ακτοπλοϊκές συγκοινωνίες, έκδοση αδειών τραπεζοκαθισμάτων και εκπαίδευση προσωπικού Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Αλληλογραφία του Λιμεναρχείου με τον Οίκο Ναύτου και τη Λιμενική Αστυνομία
Β. Οικονομικά Στοιχεία: βιβλία εσόδων, έγγραφα οδοιπορικών εξόδων, δικαιολογητικά οικονομικής διαχείρισης, έγγραφα αποζημίωσης μελών Τοπικού Κλιμακίου Επιθεώρησης Εμπορικών Πλοίων (Τ.Κ.Ε.Π.), τιμολόγια ιατρών, δικαιολογητικά καυσίμων χερσαίου πλωτού
Γ. Στοιχεία Προσωπικού: προκηρύξεις προσλήψεων στο Λιμεναρχείο και αιτήσεις υποψηφίων, έγγραφα υγειονομικής περίθαλψης προσωπικού του Λιμεναρχείου.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα για διαγωνισμό δοκίμων λιμενοφυλάκων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού
Β. Οικονομικά Στοιχεία: συγκεντρωτικοί πίνακες και δικαιολογητικά καυσίμων, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και εκπαιδευτικών επιδομάτων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Γ. Στοιχεία Πλοίων: μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, δελτία απόπλου και κινήσεως του πλοίου «Μυρτιδιώτισσα», πίνακες με αποπλεύσαντα πλοία από το λιμάνι του Γυθείου, έγγραφα ανανεώσεως άδειας σκαφών
Δ. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα κλήσεως μαρτύρων
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου: πρωτόκολλα διοικητικής Επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα για διαγωνισμό δοκίμων λιμενοφυλάκων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου
Β. Οικονομικά Στοιχεία: συγκεντρωτικοί πίνακες και δικαιολογητικά καυσίμων, δικαιολογητικά οδοιπορικών εξόδων και εκπαιδευτικών επιδομάτων προσωπικού του Λιμεναρχείου
Γ. Στοιχεία Πλοίων: μηχανογραφικές καταστάσεις εισιτηρίων, δελτία απόπλου και κινήσεως του πλοίου «Μυρτιδιώτισσα», πίνακες με αποπλεύσαντα πλοία από το λιμάνι του Γυθείου, έγγραφα ανανεώσεως άδειας σκαφών
Δ. Δικαστικά Στοιχεία: δικογραφίες, έγγραφα κλήσεως μαρτύρων
Ε. Επιθεωρήσεις Λιμεναρχείου: πρωτόκολλα διοικητικής Επιθεώρησης.

Το αρχείο περιλαμβάνει τα εξής:
Α. Οικονομικά Στοιχεία: έγγραφα περί μισθώσεως κατοικίας Λιμενάρχη
Β. Αλληλογραφία: έγγραφα Γραφείου Προστασίας Θαλάσσιου Περιβάλλοντος, έγγραφα περί ελέγχου ξενοδοχειακών και τουριστικών εγκαταστάσεων - ελαιοτριβείων - ελαιουργείων, παράδοσης και παραλαβής οπλισμού, προστασίας της θάλασσας και των ακτών από ρύπανση, εορτής Αγίου Νικολάου
Γ. Στοιχεία Παραβάσεων - Γραφείο Γενικής Αστυνομίας: έγγραφα διοικητικών παραβάσεων κανονισμού Λιμένος, παραβάσεων αλιείας, διοικητικών παραβάσεων.
Δ. Στοιχεία Προσωπικού: έγγραφα μηνιαίων συσκέψεων, ατομικοί φάκελοι προσωπικού του Λιμεναρχείου, έγγραφα περί επικαιροποίησης προσωπικού.
Ε. Γραφείο Πλωτών – Χερσαίων Μέσων: διαταγές απογραφικής τακτοποίησης περί πλωτών Λιμενικού Σώματος.