Το αρχείο Άγγελου Παπακώστα περιλαμβάνει μεταξύ άλλων :
1) Προσωπική αλληλογραφία Γιάννη Βλαχογιάννη,
2) Υλικό μελετών του Άγγελου Παπακώστα: για την έκδοση Άνθη Ευλαβείας, τις Παναγίες του Παπαδιαμάντη, την Ιστορία της πολιορκίας των Ιωαννίνων, τα Πολιτικά Απομνημονεύματα του Κωλέτη εξ ανεκδότου χειρογράφου Ψαλίδα αποκειμένου εις τα ιστορικα αρχεία Βλαχογιάννη. Επίσης, υπάρχει διάσπαρτο υλικό που αφορά στην ιστορία της Ηπείρου.
3) Ποικίλο υλικό που προέρχεται από τη Συλλογή Βλαχογιάννη. Ενδεικτικά, αντίτυπο της έκδοσης Άνθη Ευλαβείας (1708, ανατύπωση Λειψίας 1766), τα πρωτότυπα χειρόγραφα Ψαλίδα, Βηλαρά και Φιλητά, αντίτυπα της Ομήρου Βατραχομυομαχίας του 1864, της Ιστορίας της Ελληνικής Επαναστάσεως υπό Θωμά Γόρδωνος του 1849, υλικό για τον Αριστοτέλη Βαλαωρίτη, καθώς και σπαράγματα από το προσωπικό αρχείο του Ανδρέα Καρκαβίτσα, το οποίο είχε περιέλθει στον Γιάννη Βλαχογιάννη.

Αυτή η σημαντική συλλογή που αφορά στην περίοδο της οθωμανικής κατάκτησης, του Αλή Πασά στα Ιωάννινα, καθώς και των γιων του Βελή και Μουχτάρ Πασά, περιλαμβάνει 1500 δημόσια και ιδιωτικά έγγραφα σχετικά με θρησκευτικά, νομικά, οικονομικά, κοινωνικά, διοικητικά και οικογενειακά ζητήματα, καθώς και με διάφορες στρατιωτικές επιχειρήσεις (1802-1820).

Αρχείο Βασίλειου Ζώτου Μολοσσού που περιλαμβάνει:

1. Αλληλογραφία, φύλλα εφημερίδων "Εθνοφύλαξ" (2 και 20/8/1863, "Αυγή" (19/8/1864), "Πρωινός Ταχυδρόμος" (19/10/1864), "Παλιγγενεσία" (17/8/1864) καθώς και υπόμνημα προς το Συνέδριο του Βερολίνου του Συλλόγου προς διάδοσιν των Ελληνικών Γραμμάτων περί των πληθυσμών Ηπείρου, Θεσσαλίας και ιδίως της Μακεδονίας.
2. Χειρόγραφη ιστορία της Ηπείρου (Ηπειρωτικαί Επιγραφαί, Ιστορία από του Πύρρου έως του Ιουστινιανού).

Αρχείο Μητροπολίτη Ιγνάτιου Ουγγροβλαχίας:

1. Τέσσερις (4) επιστολές: επιστολή του Εμ. Παπαδόπουλου από τη Ρωσία στις 15 Μαρτίου 1807 προς τους Καπεταναίους της Ελλάδας και Ηπείρου, επιστολή του κόμητος Γ. Μοτσενίγου από την Κέρκυρα στις 19 Μαρτίου 1807 προς τους Καπεταναίους της Ελλάδας και Ηπείρου, επιστολή του ίδιου από την Κέρκυρα στις 19 Μαρτίου 1807 προς τον Μητροπολίτη Ιγνάτιο, επιστολή καπεταναίων από την Αγία Μαύρα (Λευκάδα) στις 3 Απριλίου 1807 προς τον Ιγνάτιο.
2. Συνθήκη Επτανησίων και Αλή Πασά στην Κέρκυρα στις 9 Νοεμβρίου 1803.
3. Έγγραφα της Φιλομούσου Εταιρείας των ετών 1813, 1815, 1817 και 1820 και της Φιλεκπαιδευτικής Εταιρείας του 1836.
4. Εξήντα εννιά (69) επιστολές προς τον Ιγνάτιο των ετών 1799, 1807, 1816 έως 1827.
5. Ογδόντα πέντε (85) επιστολές προς τον Ιγνάτιο στη γαλλική γλώσσα των ετών 1809-1827.
6. Είκοσι μία (21) επιστολές και έγγραφα προς τον Ιγνάτιο σχετικά με την Επανάσταση των ετών 1819-1827
7. Διάφορα:
   -Τεύχος με αντίγραφο των Πρακτικών της Β' Εθνικής των Ελλήνων Συνελεύσεως, ήτοι του υπ΄αριθμ. 12 του Κώδικα των Νόμων περί Οργανισμού των Ελληνικών Επαρχιών.
   -Αντίγραφο του υπ' αριθμ. 12 του Κώδικα των Νόμων.
   -"Πρακτικά της Β΄ Εθνικής των Ελλήνων Συνελεύσεως".
   -"Πρόσκαιρος γενικός Οργανισμός της Πελοποννήσου και των άλλων μερών της Ελλάδος μέχρι της αποκαταστάσεως του Έθνους",
   -"Διαταγή της Ημέρας" Αλέξανδρου Υψηλάντη εν Ριμνίκω (Μολδοβλαχίας) τη 8η Ιουνίου 1821,
   • Δίφυλλο που συντάχθηκε στο Λιβόρνο στις 30 Νοεμβρίου 1827 και περιέχει συμφωνητικό των ομογενών του Λιβόρνο περί βοηθείας των αιχμαλώτων Ελλήνων.
     -"Grece, cause de sa Resolution et son Etat Actuel. Le 1/13 Octobre 1822. Pise (Πίζα)",
     -"La Grece en 1823". Pise (Πίζα) le 18/30 Avril 1824,
     -Το Σύνταγμα της Α' Εθνικής Συνελεύσεως,
     -Ίσον (αντίγραφο) από το μπουγιουρντί του Βεζίρ Η(Ο)μέρ Πασιά Εφεντός μας, Νεχώρι 8 Απριλίου 1823.
     -"Traduction de la Lettre de Lord Thomas Erskine au Comte de Liverpool au sujet des Grecs".
     -"Copie de la lettre de M. Eynard au Gouvernt grec. Geneve 27 Fevrier (1826?)".
     -Αντίγραφο επιστολής του Eynard στα γαλλικά προς την Ελληνική Κυβέρνηση εκ Beaulieu στις 27 Νοεμβρίου 1826.
     -"Declaration aux Puissances Chretiens" εκ Κορίνθου τη 15 Απριλίου 1822 εκδοθέν υπό του Εκτελεστικού.
     -Αντίγραφο των πρακτικών της Συνελεύσεως της Δυτικής Χέρσου Ελλάδος, Μεσολόγγι 4 Νοεμβρίου 1821.
     -"Το εκφωνηθέν λογίδριο παρά του Σχολαρχούντος διδασκάλου Κων. Βαρδαλάχου της εν Βουκουρεστίω Αυθεντικής Σχολής κατά την επισήμως γενομένη έναρξιν των μαθημάτων τη α' Σεπτ. 1820" και
     -¨Λογίδριον εκφωνηθέν παρά του εκλαμπροτάτου Πεηζαδέ Νικολάου Σούτζου κατά την επισήμως γενομένην έναρξιν των μαθημάτων εν τη Αυθεντική Σχολή τη εν Βουκουρεστίω τη α' Σεπτ. 1820".

Τμήμα αρχείου της οικογένειας Χώτζη:

1. Αλληλογραφία του Ιωάννη Χώτζη από το Παρίσι με τα αδέλφια του Νικόλαο, Κωνσταντίνο, Αικατερίνη, τους γονείς του, συμπατριώτες, κ.ά. των ετών 1875-1895.
2. Έγγραφα των ετών 1792-1934 που αναφέρονται στην Ήπειρο και την Κωνσταντινούπολη, στον Ιωάννη Χώτζη, επιστολή του πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Ιωακείμ στον Χρηστάκη Ζωγράφο (1874), πιστοποιητικά βαπτίσεων, πωλητήρια κ.ά.
3. Οθωμανικά έγγραφα και χειρόγραφα.
4. Φωτοτυπίες οθωμανικών εγγράφων.
5. Φάκελος Κωνσταντινουπολιτών των ετών 1936-1937 με έγγραφα, σημειώματα και άρθρα για την αποζημίωση των μη ανταλλαξίμων Κωνσταντινουπολιτών.
6. Σημειώματα διάφορα.
7. Χειρόγραφα:
   -Ημερολόγιο του 1878 του Ιωάννη Κ. Χώτζη με τίτλο "Μωσαϊκός Ανθών ανήκων τω Ιωάννη Κ. Χώτζη 1878" με 37 παρένθετες επιστολές, έγγραφα και σημειώματα.
   -"Annales de l' empire Ottoman par Lutfi Effendy (28 Historiographe [Vakaanamis] de l' empire Ottoman). Table des Matieres des I, II et III tomes. Table des Matieres Evenements des annees: 1241 (1825) 1242 (1826), 1243 (1827)".
   -"Annales de l' empire Ottoman par Lutfi Effendi...Tome II. Tables des Matieres evenements des annees: 1244 (1828) et 1245 (1829).
   -"Notes divereses sur prise de C/ple et les privileges nationaux et ecclesiastiques accordes aux Grecs de l' empire et a ceux de C/ple".
   -"Tablaux synoptiques de droits commercial. Paris 1879".
   -"Έτος Α'. Αριθ. 3 τη 13η Φεβρουαρίου 1912, ΜΑΘΗΤΙΚΟΣ ΑΓΩΝ, εβδομαδιαίο περιοδικό εικονογραφημένο".
   -"Σύντομος Οθωμανική ιστορία υπό Σελήμ Σαπίτ, Μέλος του Υψ. Συμβουλίου της Παιδείας".
   -Χφ, του οποίου σώζονται οι σελίδες 139-186, το οποίο περιέχει θρησκευτικό κείμενο από την Παλαιά Διαθήκη και τον βίο του Μωάμεθ.
   -Δίφυλλο "Και τούτο τη αληθεία θέλει χρησιμεύσει εν τοις διηγήμασιν αυτών".
   -Δίφυλλο "Με το κράνος βαρύ στο σκοτάδι"
   -5 φύλλα με τίτλο "Από τας σελίδας της Σερβικής Επαναστάσεως".
   -Δίφυλλο που περιέχει "Στοιχεία του Δημοσίου Δικαίου και της Πολιτικής Οικονομίας".

Συλλογή της Διαμάντως Σταρά:

1. Έγγραφα από την Ήπειρο των ετών 1813-1868, εκ των οποίων μπουγιουρντί των: Αλή Πασά (23 Μαρτίου 1813), Βεζύρη Ομέρ Πασά (23 Ιανουαρίου 1824, 20 Μαΐου 1824 και 2 Σεπτεμβρίου 1824), Βεζύρη Μεχμέτ Ρεσήτ Πασά (19 Ιουνίου 1828), (19 Ιουνίου 1828), Πασά των Ιωαννίνων (17 Οκτωβρίου 1841), που παρέχουν φορολογικές και άλλες ευκολίες στο Μήτζη Παπά Γιώργη Παπά από Γρατζανά,
2. Έντυπο που περιέχει αυτοκρατορικό φιρμάνι προς τον Μαχμούτ Νεδίμ πασά, 30 Σεπτεμβρίου 1875,
3. Φύλλο της εφημερίδας "Ιωάννινα", 2 Μαρτίου 1882.

Φάκελος 1: «Ιδιωτικά συμφωνητικά και δημόσια έγγραφα Συρράκου 1, 1794-1889». Περιέχει 49 έγγραφα, κυρίως δανειστικά, ενοικιαστήρια, πωλητήρια, ομολογίες, διαθήκες, διαταγές κ.ά., που αφορούν κατοίκους του Συρράκου Τζουμέρκων.
Φάκελος 2: «Ιδιωτικά συμφωνητικά και δημόσια έγγραφα Συρράκου 2, 1829-1911». Πρόκειται για συνέχεια του προηγούμενου φακέλου με 25 έγγραφα που φέρουν ενιαία αρίθμηση με τα πρώτα (αρ. 50-74): πωλητήρια, αφιερωτικά, χρεωστικά κ.ά..
Φάκελος 3: «Έγγραφα Δημογεροντίας Συρράκου, 1907-1911». Πρόκειται για 24 έγγραφα, εισερχόμενα και εξερχόμενα, της Δημογεροντίας Συρράκου, κυρίως πρόχειρα σημειώματα προς κατοίκους και διαταγές ποικίλου περιεχομένου.
Φάκελος 4: «Μπουγιουρντιά, φιρμάνια, προσταγές πασάδων, 1822-1838». Δέκα έγγραφα με διαταγές μπέηδων και πασάδων προς τους κατοίκους του Συρράκου, γραμμένα στα ελληνικά.
Φάκελος 5: «Οθωμανικά έγγραφα 1». Περιέχει 143 έγγραφα και έντυπα (πιθανόν ομολογίες και αποδείξεις πληρωμής) με οθωμανική γραφή.
Φάκελος 6: «Οθωμανικά έγγραφα 2». Περιέχει 143 έντυπα (πιθανόν αποδείξεις πληρωμής φόρων) με οθωμανική γραφή.
Στο ίδιο κυτίο με τα έγγραφα φυλάσσεται και ένα μετάλλιο της Εκατονταετηρίδος από την Ελληνική Επανάσταση, που φέρει επιγραφή «1821-1930. Το Συρράκον Τέκνοις Αγωνισταίς» στη μία όψη και «1821-1930. Η Πατρίς Ευγνωμονούσα» στην άλλη.

Συλλογή Ιωάννη Χώτζη:

1. Επτά (7) επιστολές και έγγραφα από το αρχείο Δασίου.
2. Δέκα (10) επιστολές της περιόδου πριν από την Επανάσταση του 1821.
3. Έντεκα (11) έγγραφα της εποχής του Αλή πασά, λογαριασμοί και διαταγές (1810-1815).
4. Λογαριασμός (1805).
5. Λογαριασμός (1807).
6. Επτά (7) επιστολές και ένας (1) λογαριασμός αναφερόμενος σε Φαναριώτικες οικογένειες.
7. Σημείωμα (1808).
8. Ιδιωτικό κατάστιχο, που περιέχει σημειώματα και λογαριασμό (1800-1809).
9. Σημείωμα (1812).
10. Παλιό αντίγραφο διατάξεων της Φιλόμουσου Εταιρείας.
    11-12. Κατάλογοι.
11. Φορολογικός πίνακας που εμφανίζει το αντίτιμο των δημόσιων κτημάτων του σαντζακίου Ναυπάκτου,
12. Διαταγή με οπισθόγραφο των μαστόρων "'όπου δουλεύουν στο κάστρο Παντοκράτορα" (Πρέβεζα, 1818),
13. Τεύχος (1829).

Συλλογή του Φώτου και της οικογένειας Τζαβέλα που περιλαμβάνει:

1. Χειρόγραφο σημειωματάριο και ημερολόγιο του Φώτου Τζαβέλα από 14 Φεβρουαρίου έως 22 Απριλίου 1792, υποδείγματα επιστολών, ενθυμήσεις γεννήσεων προσώπων της οικογένειας, λογαριασμούς, κ.ά.
2. Χειρόγραφο σημειωματάριο με οικογενειακές ενθυμήσεις.
3. Επιστολές (Αλή Πασά, Χασάν Τζαπάρη, Νότη Μπότσαρη, Γ. Κίτζου, Ιωάννη και Αυγουστίνου Καποδίστρια, διαφόρων Αλβανών και Σουλιωτών κ.ά.), ομολογίες, αποδείξεις, δανειστικά, τεζκερέδες, έγγραφα της ρωσικής κατοχής των Επτανήσων, της δεύτερης Γαλλοκρατίας των Επτανήσων, της Επανάστασης του 1821, της Καποδιστριακής περιόδου, της Οθωνικής περιόδου, κ.ά.